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文章 gff文件格式不标准的修改脚本

...Parent属性值生成修改后的行,并输出;    3.将处理后的结果写入输出文件。 这个脚本的重难点和知识点如下: 正则表达式的使用:这个脚本使用了多个正则表达式来匹配和替换不同的模式。正则表达式是一个非常强大的工...

文章 SCI文章绘图及数据统计暑期班

...生的基本技能。数据在统计分析之后,最重要的就是要把结果可视化的展示出来,而R语言也有非常强大的绘图功能,很多高水平杂志当中漂亮的图都是应用R语言绘制的. R 言培训 R语言这么强大,大家都很想学习。但是R语言...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌(NSCLC)(GSE127465)

...ry \ --vars.to.regress nUMI percent_mito --high.variable.genes 2000 结果展示: 单细胞转录组分析课程推荐:https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6

文章 Treemix 软件:群体基因交流分析的得力工具

...构。 .covse.gz: 协方差矩阵的标准误差(standard errors)。 结果绘图 1.树图 2.残差图 参考资料: 软件下载:https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/downloads/ https://yanzhongsino.github.io/2022/03/20/bioinfo_geneflow_TreeMix/ https://www.jianshu.com/p/92...

问题 电脑内存不能升级,运行Rstudio内存一直上升,请问还有其他方法解决这个问题吗。

... have been already downloaded > # 整理数据,FileNameData为R保存结果,方便下次再次提取数据 > prepare.met <- GDCprepare(query = query.met, +                       save = TRUE,  +                       save.filename = FileNameData, +      ...

文章 简述一代、二代、三代测序技术在应用上的区别

...早利用数据,完成成果转化,才是最大的经费节约!看懂结果,分析数据少不了生物信息学的帮助。组学大讲堂(专业生信培训机构,学员突破1.5万人,18年金云奖唯一获奖生信团队)精心制作了29门生物信息视频教程,涵盖转...

文章 python特殊属性和方法的详解与运用

...法, __dir__() 方法将非常有用。通常,调用 dir(x) 将只显示正常的属性和方法。如果 __getattr()__方法动态处理color 属性,dir(x) 将不会将 color 列为可用属性。可通过覆盖 __dir__() 方法允许将color 列为可用属性,对于想使用...

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

...tsv -t subtype.hclust \ > --case S1 --control S2 -p S1_vs_S2.limma 结果展示:火山图:

文章 蛋白表达的影响因素及规避方法?

...稀有密码子来提高重组蛋白的表达可能会起到适得其反的结果。   5、mRNA二级结构 mRNA如果形成大而稳定的二级结构如发卡结构和茎环结构,尤其是起始密码子附近的稳定二级结构,将会影响mRNA在翻译过程中核糖体的结合和延...

文章 总结:组织芯片在肿瘤研究中的应用及制备步骤

...织标本在基因组、转录组、蛋白质组甚至细胞水平的检测结果。 组织芯片的优劣势 组织芯片相对于传统的组织切片优势十分明显,规模大、通量高、标准化,组织芯片上的组织样本实验条件完全一致,有极好的质量控制,同...

文章 在R里绘制地图

...r_palette)+  guides(color=FALSE)+  xlab('Longitude')+ylab('Latitude') 2 结果 maps maps 包是 R 语言中用于绘制地图的一个基础包,它提供了简单的地图数据和绘图功能,适合用于绘制静态地图。 1 简单绘图 绘制世界地图: map("world", fill = TR...

文章 rbsurv对生存分析的单因素进行鲁棒性检验

...0, n.iter = 10,n.fold = 3,gene.ID =row.names(rust_test)) # 鲁棒性分析结果 > fit$model Seq Order Gene nloglik AIC Selected 0 1 0 0 269.17 538.35 110 1 1 AC092614.2 261.86 525.71 * 2 1 2 RP11_415F23.3 256.66 517.32...

文章 qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

...物扩增子分析课程实操     微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

文章 Infercnv|单细胞转录组拷贝数分析

...infercnv.r -i data/cnv/merged.rds --downsample 100 -g 0 1 2 -o cnv_result 结果展示: 输入文件准备:本脚本所必需的输入文件只有一个,即经聚类注释后的seurat对象,为rds文件。 更多脚本参数设置及说明,通过-h参数获得以下帮助信息: us...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...all_vars(.>150)) %>% head() # 筛选所有变量均大于150的行,结果为空 mtcars %>% filter_all(any_vars(.>150)) %>% head() # 筛选存在变量大于150的行, # 针对变量名称为d开头的所有列,筛选存在变量能整除2的所有行 mtcars %>% filter_at(vars...