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文章 HMMER ——hmmsearch 用法，参数

...的介绍，简单来说，hmmer是使用隐马尔可夫模型，在序列数据库中搜索同源序列，并进行序列比对的工具箱，拥有比blast更高的准确性和相同的速度。常用的Pfam数据库(已经合并到interpro当中，只不过interpro下载之后是压缩文件，)...

问题 老师就 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的这个我还有点疑惑，https://www.omicsclass.com/article/1305就是这个网站里面的解答

老师就是这个阈值计算，您的R里面需要提供3个参数，能否指导下这三个参数分别是什么呢？或者有没有示例数据和代码呢？这个我研究了好久都没搞懂 谢谢老师！

文章 第三期《基因家族分析实操》直播课开始报名了！

...的KA/KS；9、和其他物种进行共线性分析；10、结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。 100%好评的课程推荐 组学大讲堂，专业生物信息培训团队，网课学员超过25000人，更累计举办过十三期线上线下基因家族分析实操培训...

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

...夫去把控的限制因素，只有掌握了更多关于时间和工作的数据，我们才能更好地执行计划，在预算范围内按时完成项目。 燃尽图就是用来反映此类项目数据的工具，常用于敏捷软件开发中，如Scrum。它可以呈现剩余工作量和可...

文章 群体遗传进化进化树分析方法：

...ps://www.omicsclass.com/article/671 视频课程推荐： 重测序数据自主分析：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076

问题 有参转录组自主分析学习过程中遇见的问题

...水稻的转录组。在整个分析的过程中，我是从Ensembl Plants数据中下载的基因组文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa）和基因组注释文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3），然后利用命令：gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3 -T -o Oryza_sativa.gtf将g...

问题 tgsgapcloser报错

我使用ont数据填gapfill，将fq转换成fa之后，出现下面的报错：[root@dd575523c318  14:41:32 /work/kangding_ont/06.gapfill_hap1/ONTReads]# INFO  :   Run tgsgapcloser. from /share/work/biosoft/TGS-GapCloser/TGS-GapCloser_v1.2.1 ;           Version : 1.2.1 ;           R...

问题 Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

对GEO数据进行mas5处理时报错。。不知道如何处理？？ Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

文章 阿里云短信发送API笔记

...ss_id)    # 短信签名    smsRequest.set_SignName(sign_name)     # 数据提交方式# smsRequest.set_method(MT.POST) # 数据提交格式    # smsRequest.set_accept_format(FT.JSON)     # 短信发送的号码列表，必填。    smsRequest.set_PhoneNumbers(phone_numbers)    # 调...

文章 IF=8.5|一千多个酵母基因组分析揭示基因家族进化的独特轨迹

...因组进化的主要驱动力。文章以所有已知的酵母基因组为数据集，研究其基因家族进化轨迹，研究结果强调了基因家族收缩在酵母代谢、基因组功能和物种形成进化中的重要作用，并表明基因家族进化轨迹在主要真核生物谱系之...

问题 热图绘制

...的不是基因名，而是上传文件的基因序号。如何解决上传数据为 ILK 7.274683988 7.240108712 7.287955812 6.694527288 6.666643785 6.620998575 7.957770275 7.992678384 7.944750216 PDGFC 5.017582968 5.006435419 4.959821845 4.159978193 4.588230948 4.3...

问题 用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

...完成了5条染色体（一共12条染色体，一个样本大致是12G的数据量），还是太慢了，我有几百份的样本。老师看有别的方法吗？

问题 用enrichGSEA和用官方GSEA软件跑出的多条通路都是相反的，是为什么呢

...h GSEA的输出文件） #图二三 是软件跑的结果补充：我的数据里是有4组，并非treatment/control两组而已，无重复，四个独立组，出DEG时，只选其中两个，不考虑其他两组。然后发现，在软件GSEA，因为要上传cls文件，提供组别信息...

问题 老师您好，我是刚接触生物网络分析的小白，在我做otu table 共存网络分析时出现下面这种情况：

...同的代码都可以正常运行，但是我却不行，我猜想可能是数据格式的问题，但是修改了很多遍依然没能解决这个问题，希望老师可以不吝赐教，谢谢

文章 细胞STR鉴定有用吗？发论文一定要做STR鉴定吗？

...胞库以及日本的JCRB细胞库等为STR 分型提供了各细胞株的数据供对比。 　　STR基因位点由长度为3~7个碱基对的短串连重复序列组成，这些重复序列广泛存在于人类基因组中，可作为高度多态性标记，被称为细胞的DNA指纹，其可...