问题 TCGAbiolinks使用求助 Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) Error: $ operator is invalid for atomic vectors

...pare函数的时候，出现报错，请各位给予分析或者 Starting to add information to samples  => Add clinical information to samples Add FFPE information. More information at: => https://cancergenome.nih.gov/cancersselected/biospeccriteria => http://gdac.broadinstitute.org/...

问题 t2t基因组，转录组数据注释

...MoMa/Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3  -g /work/data/Ath.fasta  -x  ara.cds.faest=ara.cds.fa  #该物种完整的est 基因表达序列 可以到NCBI 上下载（cds），也可以自己提取####################有参的转录本预测############################################hisat2-b...

问题 gatk callSNP 和bcftools call snp 哪个会更好一些，bcftools得到的 all raw vcf.gz ,也是使用4.snp_indel的过滤1/2/3 步骤进行过滤嘛？ 过滤1：gatk VariantFiltration过滤2：vcfutils.pl过滤3：vcftools。

问题 老师您好，我想咨询下关于这篇文章中《华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析？的gemTo10X.r脚本，不知道您是否方便发一下？还有这样转换成10×格式后会在分析上面产生一些报错吗？

问题 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dialing index.docker.io:443 container via direct connection because has no HTTPS proxy: connecting to index.dock这是

问题 基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

计算机使用的是公共集群，使用conda配置的环境，使用conda安装的qualimap。 使用sbatch提交命令 运行命令如下，因为字数限制将软件路径和文件路径都省略了： #!/bin/bash conda activate mapping ls ${bwadir}/*.sorted.dedup.bam | while read id do ...

文章 boxplot绘图分面

...数据转换 score=df %>%   pivot_longer(cols = -riskGroup, names_to = "Drug", values_to = "IC50") ggplot(subset(score,IC50<200), aes(x = riskGroup, y = IC50, fill = riskGroup)) +  geom_boxplot()+ #geom_jitter(width = 0.1,alpha = 0.3) + facet_wrap(~Drug, scales = "free") +   th...

问题 利用Heatmapper在线网站绘制基因编号时不显示基因ID，只显示数字1，2，3...

...Heatmapper在线网站绘制基因ID时，热图右侧只显示数字1，2，3，不显示基因ID，但是Excel表格中，已经按照第一行样本名称，第一列基因ID名的格式整理了，请问如何解决这个问题？

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

代码如下： from Bio import Entrez import time import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed # 设置你的邮箱（NCBI 要求） Entrez.email = "your_email@example.com" Entrez.tool = "PubMedYearStatsTool" def search_p...

问题 基因组比对

...equences) clustered into 27,222 groups, of which 4,292 contained sequences from all species, 3,266 were angiosperm-specific and 462 Eudicot-specific. Patterns of gene-family sharing among asterids and among woody species are shown in Fig. 1b, c. For 38,852 ash proteins, 30,802 clustered into 14,099...

问题 GO富集气泡图和柱状图一样报错

...an(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   EOF within quoted string 2: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   number of items read is not a multiple of the number of columns Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, GO$Pvalue == 0,...

问题 合并提取后的domain序列之后，linux系统中的clustalw不能读出蛋白信息

...ustalw不能读出蛋白信息。如下图：第一张图是Sequence Input From Disc输入的WRKY_domain.fa文件，回车后可以出现序列对应的蛋白名称和AA长度；第二张图是Sequence Input From Disc输入的合并后的domain.fa文件 sequence is pearson下面显示的是空白，...

文章 R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

...(ggplot2) library(cowplot) library(RColorBrewer) pairjoin <- function(x){   ran=x  ran[length(ran)]=">=11"  ran=ran[-1]  ran} #统计频率，并把大于11的 归类到一起： data=table(data)data[data>10]=11MassStatN <- with(hist(data, breaks=seq(0, 11, by = 1), plot=FALSE), ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...ormalization \ -p GSE146771 --resolution 0.5 -d 30 \ -o 02.cluster --integrate.method harmony --batch.id Sample \ --vars.to.regress nUMI percent_mito --high.variable.genes 2000 结果展示： 单细胞转录组分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6

问题 怎么将tped格式里面的chrA01 chrA02 chrA03...转换成数字1 2 3....