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问题 请问GCTA运行报错，打不开软件怎么回事呢？

[root@iZZ software1]# ls gcta_1.94.0beta  gcta_1.94.0beta.zip [root@iZZ software1]# cd /software/gcta_1.94.0beta -bash: cd: /software/gcta_1.94.0beta: No such file or directory

文章 利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

...TR区域，大概几kb。 #maize.csv 文件部分行 11430 1538 178 18_599 196 200B 2369 29MIBZ2 2FACC 2FADB 2MA22 2MCDB # dachucao.csv 文件部分行 5A1 5A2 5A3 5A4 5A5 5A6 5A7 5B7 5B8 5B9 5D9 5E10 5E11 5E12 5E7 2. Vcftools 进行计算 vcftools --vcf chr_4_impute...

问题 使用xpclr分析出现TypeError: ufunc 'true_divide' not supported for the input types'

.../public/home/weijiehong/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/allel/io/vcf_read.py:1048: UserWarning: error occurred attempting tabix (Could not load .tbi/.csi index of my_pop_cucu/00.filter/clean.vcf.gz); falling back to scanning to region   'scanning to region' % e) /public/home/weijiehong/min...

文章 R 安装magick 报错

...b64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so: undefined symbol: _ZN6Magick5Image5writeEPNS_4BlobERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEEm Error: loading failed Execution halted ERROR: loading failed * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/magick’ ...

文章 TCGA 临床随访信息follow up 各列介绍：

TCGA 临床随访信息各列查询：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Dictionary/viewer/#?view=table-definition-view&id=follow_up  typeproject_idsubmitter_idcases.submitter_iddiagnoses.submitter_iddays_to_follow_upadverse_eventadverse_event_gradeaids_risk_factorsbarretts_esophagus_goblet_ce...

文章 记录一个数据下载：GSE12417

Rscript ../tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE12417 -o GSE12417-array --skip 27直接下载会报错，这里手动下载：#手动下载 matrixwget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL5...

问题 关于基因受选择计算

...我用到的命令是 vcftools --vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000 然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overlap，然后去看是否受到选择是对的么？ 另外，如...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

...geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347%5Fcounts.Rds.gz -O GSE210347_counts.Rds.gz wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347%5Fmeta.txt.gz -O GSE210347_meta.txt.gz wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE210nnn/GSE210347/suppl/GSE210347...

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

...GCThreads=5 -Xmx50g " SplitNCigarReads -R /share/work/database/ref/Triticum_aestivum/IWGSC_v2.1/iwgsc_refseqv2.1_gene_annotation_200916/iwgsc_refseqv2.1_assembly.fa -I /share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/2.bam_process/CH.bam.dedupped.bam -O /share/nas1/renzx/...

文章 openssl 安装

...pt复制#指定对应版本进行卸载 yum -y remove openssl-1.1.1g-15.el8_3.x86_64 代码语言：javascript复制#可以去该地址下载自己想要的版本的OpenSSl https://www.openssl.org/source/old/1.0.2/openssl-1.0.2u.tar.gz 代码语言：javascript复制#解压 tar -zxvf openssl-1.0.2...

文章 cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

...套JAVA的版本。  5. 下载之后在本地电脑中得到“Cytoscape_3_10_2_windows_64bit.exe”的应用程序，直接点击安装即可，在选择安装路径时放在全英文路径下。 6. 安装好之后点击“Cytoscape.exe”运行即可。 三、Cytoscape插件的安装 Cy...

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

愁死了可，不知道下载哪几个文件

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题

...低质量的reads等等，质控数据统计汇总：python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc 运行报错：ImportError: No module named _sysconfigdata_x86_64_conda_cos7_linux_gnu，请问怎么解决？

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...

问题 get_gtf.pl 脚本修改请教

...ensemble上的有差别 我想提取这段基因的内外含子结构但get_gtf.pl      提不出来 这是gff文件第九列信息样子 ID=cds39033;Parent=rna44550;Dbxref=GeneID:105319604,Genbank:XP_011415503.1;Name=XP_011415503.1;gbkey=CDS;gene=LOC105319604;product=neprilysin;protein_id=...