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文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...动完成脚本grep            通过ID/name/sequence/sequence motif搜索序列，允许错配head            打印第一条序列help            打印帮助信息locate          定位序列，或者motifs，允许错配mutate          编辑序列(点突变、插入...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）

... 文献思路 文献中的思路是先用Batch CD-Search批量提交序列搜索保守结构域，把感兴趣的（文献中是RdRp结构域）结构域的对应序列提取出来，然后进行多序列比对（也可继续剪切），最后基于的数据转换成通常用的snp数据，再进...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...计贡献率CCR")pca.res=rbind(pc,xx)write.csv(pca.res,file="04.PCA分析结果.csv")#表型数据聚类分析dist_mat <- dist(genotype.mean[,2:5], method = "euclidean")clustering <- hclust(dist_mat, method = "complete")plot(clustering,labels=genotype.mean$基因型,xlab="sample",ylab="Height"...

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

...用iPSC WT KCs / FBs生成的3D HSEs进行组织学比较。 H＆E染色显示正常的表皮和真皮形态。在移植后2个月，使用LH7.2抗体通过免疫荧光（IF）染色（绿色信号）证明了C7的沉积。在校正的，突变的和WT异种移植物上对角蛋白14，角蛋白10...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

...造成干扰，就达到目的了。 而育种值效应，获得试验结果，是为了估计这些试验品种的好坏，这次试验，仅是品种的样本在参加试验，需要通过样本推断总体，本身就具有概率风险，统计上习惯称为随机效应。 线性方程组...

文章 CORNERSTONE对话腾讯&华为敏捷专家

...文化的核心是它的创始人。就像当年为什么李彦宏能做好搜索引擎，因为他本身的技术就很牛逼。   腾讯产品创新之道 腾讯的产品创新之道由三部分组成， 即产品、研发和运营，这是一个闭环的过程。第一步，先由产品远距...

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

.../var/data/work/4.expression/gene_read_counts_table_all_final.tsv 出来的结果如图： 缺少上下调的变化，返回看edgeR等安装步骤发现了如下几个警告： > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor version 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), ?biocLite for help ...

文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

...选取了柚木（Tectona grandis ）、葡萄（grape）来做ks分析。结果如下图，从Ks峰图和进化树可以看出：（1）葡萄和一串红在Ks值约 1.6 处核心双子叶植物共有的全基因组三倍化事件；（2）柚木在Ks值约Ks = 0.6–0.8 (WGD-3)处发生了单独...

文章 华为是如何绝地反击，强势崛起的？（2）

...方面的持续投入。 根据第三方数据公司Counterpoint的报告显示，华为手机业务获得的利润在全球也是排名第三，虽然没有2016年和2017年的数据，但是从色块的长短我们可以看出华为的利润增速的非常快的而与之相对的苹果处于上...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...fy (non-R) library path for dynamic library loading in R?。成功测试的结果如下：> library(igraph) > > g <- make_graph("Zachary") > > ## We put everything into a big 'try' block, in case > ## igraph was compiled without GLPK support > > ## The calculation only...