...析，基本上能够锁定关键的基因和lncRNA 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》
... 参数说明： -i 基因表达量 ， 建议用TPM标准化之后的数据： IDTCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31NUP5018.6550531.5923228.2338228.76485CXCR464.85805125.12356.3524469.98976NT5E111.481869.858779.373...
...道，经过log2转换过。然而下面出现了log2（G/R），完全使数据的正负性发生了改变，进而影响了我对logFC的判断，不知道该探针到底是上调还是下调了。
...tte = "Set1" )# 边框色,貌似不能变为无边框 #准备韦恩图数据列表，一列为一组ID data<-read.table("data.txt",header=T,check.names = F,stringsAsFactors = F,sep="\t",fill=T,na.string="") x<-as.list(data) x<-lapply(x,na.omit)
...国际顶尖学术期刊上的论文， 学霸姐姐觉得，这个实验数据，价值真的不是很高， 借助实验数据的手段，分析“诚信”这类道德判断方面的问题，算不上什么高明的方法， 并且，作为发表在《science》这样顶级学术期刊上的...
老师课中 用到的泛基因列表为上面这张，我根据课程泛基因集构建做出的表为下面这个，为什么格式也不一样呢？另外，课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格，老师说提前下载的，请问哪里可以下载呢？
利用《群体遗传进化课程》提供的原始数据，步骤如PCA，structure等都能重复出结果，但LDdelay绘图时，出不了图。 教程中此步本应该输出更多文件，包括LD绘制图，但是实际只输出了以上3个文件。
应该如何解决？代码与报错如下，数据来源：ncbi的参考基因组注释文件。 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome --seqType CDS >$species.cds.fa#提取pep序列/share/work/biosoft/TransD...
我手里的数据只有这种。
..."Danio rerio" 指定物种为斑马鱼，物种名必须在NCBI物种分类数据库(Taxonomy)中，推荐使用拉丁学名# -pa 12 使用12线程运行RepeatMasker# -s 慢速搜索，灵敏度比高0~5%，速度慢2-3倍# -xsmall 软屏蔽，将重复序列变成小写字母，而不是N或者X。...
...列较短，所以在线即可快速完成。具体操作如下。1 输入数据2 结果展示 本次我选用misa格式文件，其格式如下所示 ID SSR nr. SSR type SSR size start end Sd 1 p1 (A)11 11 1549 1559 Sd 2 p5 (ATTTA)3 ...
...，GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立，所以GO其实分为3个子数据库，做富集分析时，不同类别分开做。 下图中5个方块表示有显著富集的GO term；通常我们会设置10个最显著富集的go term ，那么图中就会有10个方块； KS全称是：K...
faprotaxs数据库注释得到的过程报告如何转化成绘物种分类功能热图所需的输入文件？ 1.对过程报告整理： grep 'OTU' -B 1 faprotax_report.txt | grep -v -P '^--$' > faprotax_report.clean perl otu.pl -iclean faprotax_report.clean -o1 func_otu.txt -o2 func_nums....
在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的元素索引下标，而相同元素...
...密码安全性 3.1. /etc/passwd 文件存储用户信息文件 数据用冒号隔开： tail -1 /etc/passwdomicsclass:x:1001:1001::/home/omicsclass:/bin/bash omicsclass 用户名 x 密码占位符 1001 用户的UID，它都是用数字来表示的 1001 用户所属组的GID...