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文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...中KUP基因家族鉴定 首先，作者从UniPort and RGAP蛋白质收录数据库网站中分别下载拟南芥和水稻中KUP家族基因的蛋白序列作为种子序列建立KUP基因家族基因的HMM隐马尔科夫模型；基于这个模型再利用hmmer搜索木薯基因组当中所有的K...

问题 如何计算LD衰减到一半时的衰减距离？

老师，这个二分之一r仿4的数据是从哪个文件中可以看到？是stat.gz这个文件里还是ld.bin.gz文件里？

问题 用iTOL美化进化树时出现如下问题，求解答。

修改分支颜色时，就显示如右上角无法保存修改，拖拽数据时，也显示无法识别，用自己的文件和实例文件都是这样，求解答。

问题 关于基因组注释中mysql 语句创建用户的问题

老师您好，我在用mysql 语句  创建用户 使PASA可以访问数据库时，出现如下错误该如何解决

问题 荧光定量验证转录组结果该怎么看？

...请教您，我做荧光定量验证转录组的结果，分析荧光定量数据的时候发现转录组中说明差异基因上下调情况基本一致，但我做差异显著性分析时，发现试验组和对照组的基因都没差异，这种情况转录组结果是准确的吗？

问题 WGCNA模块数量过少是为什么

老师们好，用几个GSE数据集的DEGs（约300个）做wgcna找hub gene, 结果出来只有两种module（蓝青），，感觉结果有点奇怪……这种正常吗？是因为基因数量太少了吗

问题 老师您好，我在hisat2建立索引时报错，向您求助

尝试过两个数据库的fasta文件，都不行，这是怎么回事呢

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用（linux）

...docker服务：https://www.omicsclass.com/article/1186 4.2 下载公共数据库docker HUb上的docker镜像 从 Docker Hub 中搜索符合条件的镜像。 docker search qiime 从公网docker hub 拉取（下载）image   pull：拉 ：  例如qiime软件就有提供docker镜像...

文章 共线性分析绘图报错

...有共线性分析画图的步骤，重新画了好几次都是错误的，数据也都从新输入了好几回。就一开始的获取基因对应的蛋白序列信息是从文件互传上传服务器的，所有生成文件核对了少了个后缀是tandem的文件，请问是哪里出错了 获...

问题 医学癌症TCGA-差异基因表达分析课程代码报错

老师您好，我按照课程里面的代码，运行到保存数据的时候出现了报错，麻烦您帮我看下这个问题咋解决呀，我看不懂什么原因，谢谢了

问题 关于qRT-PCR的两个疑问

有一些问题想咨询下问题1：怎么判断自己跑出来qRT-PCR数据是否可用？①比如Ct值大小是否有要求？多少合适？②SD有什么要求？问题2：qPCR比较两组差异时t test应用paired还是unpaird

问题 单细胞测序细胞通讯分析

进行猪样本的单细胞测序数据进行细胞通讯分析时，cellphonedb method statistical_analysis meta.tsv normalize.data.tsv \   --counts-data hgnc_symbol   --iterations=100 --threads=1，这个代码里面 --counts-data hgnc_symbol 中的"hgnc_symbol"需要修改吗？改为什么...

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...的GO或者kegg富集分析，需要基因组当中所有基因的GO与KEGG数据库的注释信息，对于做模式物种的人来说很简单，有现成的注释结果，直接使用就可以，比如人里面可以直接用clusterProfiler进行基因集的富集分析；但是，对于非模式...

问题 基因组survey时K值的选择

请问我不知道我测序的物种基因组多大，利用二代数据进行survey时，K值设置17，19，21时基因组大小、杂合度差异都很大，这种情况我应该选择K值为多大呢？

问题 ggplot2安装成功后library("ggplot2")报错

具体情况是这样的，说我字体数据库里没有这样的字体，这种情况怎么解决？