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文章 TCGA的ENSEMBL编号转换成gene symbol

...1", "ENSG00000001084", "ENSG00000001460", "ENSG00000001461", "ENSG00000001626", "ENSG00000001630") # 采用bitr 命令进行ID的转换 > gene_ids <- bitr(test_id, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "GENENAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db") 'select()' returned 1:1 mapping between keys and colum...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

NG-熊猫群体进化-2012·        文章:Whole-genome sequencing of giant pandas provides insights into demographic history and local adaptation·        基础数据:34只熊猫,4.7x覆盖深度 NC-牦牛群体进化-2015·        文章:Yak whole-genome resequencing reveals...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

...ttps://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html 常见错误2： The website encountered an unexpected error. Please try again later.PDOException: SQLSTATE[08006] [7] FATAL: no pg_hba.conf entry for host "::1", user "drupaladmin", database "sitedb", SSL on FATAL: no pg_hba.conf entry...

文章 零假设与备择假设

...结果的反面，即把希望证明的命题放在备择假设上。 （2）将可能犯的严重错误看作第一类错误，因为犯第一类错误的概率可以通过a的大小来控制。犯第二类错误的概率是无法控制的。如医生对前来问诊的病人作诊断时，可能...

问题 基因组注释提取，gff3_file_to_proteins.pl 序列出错，跟官网给的序列不一致

...的蛋白序列fa文件中，搜索这一条序列： >ENSBTAP00000002107.8 pep primary_assembly:ARS-UCD1.2:10:91495432:91504569:-1 gene:ENSBTAG00000001605.8 transcript:ENSBTAT00000002107.8 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:DIO2 description:iodothyronine d...

文章 利用samtools截取基因组上指定位置的序列

...ATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >chr2 another chromosome ATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGC  可以使用seqtk转换： seqtk seq -l 50 -L 50 input.fa >input1.fa 最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔； chr1 66 5 30 31chr2 28 98 14 15 ...

文章 ggplot2主题theme参数

ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x,  axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x,  axis.text.x.top, axis.text.y, axis.text.y.right, axis.ticks, axis.ticks.x,  axis.ticks.y, axis.tic...

文章 扩增子16S/ITS/18S微生物多样性课程更新-机器学习随机森林分析

...了这部分内容： 延伸阅读： 1. 微生物测序原理 2. 肠道“君”与人类二三事（科普） 3. 什么是OTU 4. alpha多样性 5. GraPhlAn树状图 6. OTU网络图MENA 7. beta多样性解读8. 一文读懂微生物多样性中的各种排序分析方法异同...

文章 百度网盘 for Linux ——BaiduPCS-Go用法

...ios都是有的 https://github.com/qjfoidnh/BaiduPCS-Go/releases/tag/v3.9.2 下载完成后解压缩，然后加到环境变量里就可以直接使用了用法官网都有，我给大家举个几个最常见的功能1，login 谷歌或微软游览器登上网页版百度网盘以后，键入f12 ...

文章 CentOS linux的环境变量配置

...生效，可以重启系统，或者执行 source /etc/profileecho $PATH 2.修改/etc/environment，将影响全局。/etc/environment文件与/etc/profile文件的区别是：/etc/environment设置的是系统的环境，而/etc/profile设置的是所有用户的环境，即/etc/environment与用...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

“ 2025年3月 BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Dietary selection of distinct gastrointestinal microorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)...

问题 使用xpclr_smooth_line_plot.r绘制时，没有报错，但没有图片生成

xpclr_smooth_line_plot.r -i all.chr.xpclr -F $FAI -f 19226500  -n all.chr.xpclr.smoothline --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required packag...

文章 真菌 ncRNA 基因特征及坚定方法

...ntified by RNAmmer(Lagesen, Hallin, Rodland, Staerfeldt, Rognes and Ussery 2007). Instead, they are identified by a combination of RFAM and BLASTN against a rRNA database. This approach has been used for the annotation of multiple fungal mitochondrial genomes, such as Cryptococcus gattii R265(D’...

文章 组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

...ate a .chain file for liftOver. python -m jcvi.formats.chain fromagp JM-2.swapped.agp assembly.fasta contigs.fasta The assembly.fasta and contigs.fasta are two FASTA files from scaffolded assembly, and contigs, respectively. This generates assembly.swapped.chain file which you could then ...

文章 导师放养，没有实验经费，该怎么办？

...。 至于借了之后，还能不能还，那就看你的人品了。 2，让熟人帮你借 第一种方法虽然成功率很高，但是也会遇到“一票难求”的境况， 而且各种年级群、校友群里面，“聊天灌水”的人很多，很有可能你的消息就被顶没了...