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文章 QIIME1格式转换

faprotaxs数据库注释得到的过程报告如何转化成绘物种分类功能热图所需的输入文件？ 1.对过程报告整理： grep 'OTU' -B 1 faprotax_report.txt | grep -v -P '^--$' > faprotax_report.clean perl otu.pl -iclean faprotax_report.clean -o1 func_otu.txt -o2 func_nums....

文章 删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的元素索引下标，而相同元素...

文章 centos7用户管理 linux

...密码安全性 3.1. /etc/passwd  文件存储用户信息文件 数据用冒号隔开： tail -1 /etc/passwdomicsclass:x:1001:1001::/home/omicsclass:/bin/bash omicsclass 用户名 x 密码占位符 1001 用户的UID，它都是用数字来表示的 1001 用户所属组的GID...

文章 barplot()R语言绘制状图

数据： OTU IDCRWMembrane Transport0.1232550610.1314609080.136381709Carbohydrate Metabolism0.1185871220.1152349450.101467081Amino Acid Metabolism0.0990784610.1023070980.098133001Replication and Repair0.0640276080.081496790.077107142Energy Metabolism0.0630605790.0669996830.055660175Translation0....

文章 Linux生物信息分析环境搭建

...信息分析，但不知道怎么入门？先来搭个环境吧！想分析数据，但是分析不了？先来搭个环境啊！搭建好环境，后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows，而很少使用Linux，然而做生物信息分析是需要用Linux的啊,而且...

文章 TCGA差异表达分析结果，构建ceRNA调控网络

...Cytoscape中，就可以构建ceRNA网络了。 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 QTL定位方法介绍

...不连锁。如下图所示，每一行是一个样本的基因型与表型数据，每一列为不同的标记，按照A基因型和B基因型进行分组看看Yield的均值在两组之间是否有差异，这就是最简单的单标记关联定位法； 但是单标记作图定位法有缺点...

文章 转录组比对软件HISAT2的使用说明

...z,bzip2压缩格式）   <SRA accession number>  支持对NCBI SRA数据的下载，采用逗号分隔不同SRA号   <sam>      比对结果SAM 文件的输出 (默认: 标准输出)   <m1>, <m2>, <r>  支持输入一个用逗号隔开的文件列表，也...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 纠错软件-HECIL

...rection of Long Reads using Iterative Learning):  这是一款基于二代数据比对，采用迭代学习的方法对pacbio 等长读长序列进行纠错的软件。该软件的第一作者居然是来自IBM。 1. 软件的安装 安装比较简单，从github 上下载下来即可。 git c...

问题 您好，我用cytoscape 的BinGO进行GO富集分析时，参照你们提供的无参 GO注释的demo, 怎么运行不了？请您指教

...39  ，我做的是非模式植物的，用你们的demo，准备GO 注释数据，(species=sss_aa)(type=consortium)(curator=GO) i0_HQ_W_c10162/f2p0/728 = 0015078 i0_HQ_W_c10176/f5p0/771 = 0006457 我这个格式有错吗？ 谢谢， 照你们的demo描的，但是运行没有结果。请问何原...

文章 bam文件排序

...变文件大小。由于 RNA-seq 中基因表达量的关系，RNA-seq 的数据比对结果 BAM 文件使用 samtools 进行 sort 之后文件压缩比例变化会比 DNA-seq 更甚。

文章 PASA报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc

...中PASA是转录组注释的常用软件。 报错： 把三代转录组数据投入PASA是出现报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc 报错原因： 1. 转录本fasta文件存在名字相同的序列 2. 转录本序列名字中存在"/" 解决方法...

问题 参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级染色体，各染色体大小分布非常不均匀

根据测序得到的pacpio和hic数据，根据咱们的T2T课程，主要利用hifiasm和Allhic软件进行初步组装和染色体挂载，结果显示19条染色体大小极不均匀，出现了一条超级染色体，如下图：希望帮忙看看分析代码问题（附件：1组装流程简...

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

这是我用docker 镜像下载完成后的数据，更换成课程使用的HNSC也无法产生表达的总结数据，更换网络也不能改善 更换网络同样无法改善 代码没做太多修改，是什么参数除了问题吗 表达的原始数据应该成功下载 运行过程： F...

文章 Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

...因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一个MultipleSequenceAlignments文件夹，里面有一个SpeciesTreeAlignment.fa文件，是orthofinder生成好的物种单拷...