NCBI下载的数据，用samtools生成的fai文件和视频课里面的不一样，后生成gene_chr。txt是空文件。
老师好，在参照转录组分析后数据挖掘课程里介绍的利用Heatmapper在线网站绘制基因ID时，热图右侧只显示数字1，2，3，不显示基因ID，但是Excel表格中，已经按照第一行样本名称，第一列基因ID名的格式整理了，请问如何解决这个...
从pfam找到基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？...
...后在进行物种分类与组成部分时候，运行特定引物的分类数据库命令qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier $dbdir/my_classifier/silva-138-ssu-nr99-338f-806r-classifier.qza \ --i-reads $workdir/2.feature_table/repset-seqs.qza \ -...
...分析之后，使用课程中的方法和脚本，用课程资料的样本数据练习，很流畅，很成功。 随后尝试建立自己的参考基因组（~3.4G）index。尝试了很多次，总是自动killed，生成的ht2文件总是会少1-2个，会生成几个rf文件。 splicesite和e...
在学习GWAS课程，章节3-05数据质控这一节时候，执行上述命令报错，报错为 Exception in thread "Thread-3" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.lang.String.toCharArray(String.java:2899) at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.BasicStats.processSequence(Ba...
... Linux系统上MaxQuant软件的安装与使用 鉴于蛋白质质谱数据通常较大，有时候在Windows系统里进行maxquant搜库会花费十几个小时，效率较低而且对笔记本硬件要求较高。有条件的可以去linux系统上使用MaxQuant进行搜库分析， ...
...kageMapView/vignettes/LinkageMapView.html library(LinkageMapView)#示例数据data(carrot)head(carrot)carrot=carrot[order(carrot$group),]outfile="genetic_map_ruler.pdf"lmv.linkage.plot(carrot,outfile,ruler = TRUE,lg.col = "lightblue1")outfile="genetic_map_noruler.pdf"lmv.linkage.plot(carrot,outfi...
...Annotation upload → upload data for coloring leaf labels，填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列：location，color，commands，由制表符分隔。第三列可有可无。l 第一列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点,...
...号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错，
...直安装不成功，这个分析之前做过很多次（由于反复修改数据），都没有出过问题，请问是什么问题呢，该怎么解决？
...下载。 想问下，这种情况下，我是否可以在ncbi的proetin数据库搜索该物种并下载所有属于该物种的蛋白质，输入orthofinder进行分析。
miRNA测序遇到两个问题： 1.mibase数据库小鼠的前提和成熟miRNA参考基因组怎么找？是直接查找下载里边的吗？搜小鼠的该怎么搜索 2.代码中-k 接头序列，如果是Illumina双端测序样本选择P5还是P7，或者是样本的R1R2分开测
老师就是这个阈值计算，您的R里面需要提供3个参数，能否指导下这三个参数分别是什么呢？或者有没有示例数据和代码呢？这个我研究了好久都没搞懂 谢谢老师！ https://www.omicsclass.com/article/1305就是这个链接里面的R代码
下面是某篇文章中的热图，原始转录组数据是每个处理都有三个重复，但热图中却没有体现出重复，是对三次重复表达量取了平均值绘制的吗？取得话应该怎么取呢？