...没错，就是那种——平时不露面不管你，一露面就催你出结果的那种。。。。 真是一言难尽。。。 学霸姐姐就曾经听到了某位学弟的吐槽：他的导师半年多没有去实验室了，几位师兄师弟穷得都快用不起实验耗材了。。。 想...
...顺序要与layout中基因组顺序一致。 最后就可以画图了，结果如图所示：
...异。在 GWAS 中，通常假设与 HWE 的差异是基因分型错误的结果。病例中的 HWE 阈值通常不如对照组中的阈值严格，因为在病例中违反HWE法则可表明。GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq
...，例如MaxQuant 对数据进行处理。最终得到样本中的蛋白质结果及其表达量信息； 2. 不同生物样本之间蛋白质表达量的差异分析 通过R脚本对蛋白质表达量数据进行差异分析，得到具有显著差异的蛋白质数据集。同时绘制火山...
...进行过滤，并试验了使用nohup和不使用nohup后得到的文件结果比较，使用nohup得到的vcf文件结果有异常不能进行后续分析，具体如下： 1）不使用nohup时的代码 vcftools --gzvcf rice.raw.vcf.gz --recode --recode-INFO-all \ --stdout --maf 0.05 --max-...
...地址分别为SRR，SRR+前三个数、SRR号、SSR号.sra 得到如下结果： 最后，将链接粘贴到迅雷下载即可， 是不是很方便？ Tips: 如果下载上百个样品，手动粘贴就太累了。在Linux下可以实现一键自动产生下载链接，输入文件...
...(T1D) 和溃疡性结肠炎 (UC)。作者使用这些数据的GWAS的关联结果，利用cFDR的方法发现这些疾病关联的多效基因。QQ图展示多效富集 分别绘制以10 种自身免疫性疾病为主要性状，ALS为条件性状的条件分层QQ图，发现曲线随着与条件...
...PCLR分析：https://www.omicsclass.com/article/1334#python 版本的xpclr,结果说明见： https://github.com/hardingnj/xpclrfor i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do #不同的染色体分别计算 xpclr --format vcf --input $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ --sample...
... 与Yugu1_T2T.genome_Seita.9G455500格式不一致。 下面是这两个结果文件
...并非是一个单一的工具，而是通过整合多个LTR预测软件的结果，过滤其中的假阳性LTR-RT，得到高质量的LTR-RT库，因此需要配合LTRharvest, LTR_FINDER, MGEScan 3.0.0等软件使用。其中LTRharvest软件运行耗时很长，而用LTR_HARVEST_parallel则可以...
...两个高海拔样品和三个低海拔取样地点： 遗传多样性结果 对各混计算diversity，Tajima’s D，Fst 等遗传参数发现：低海拔群体diversity 高，Tajima’s D趋于0，说明受到的选择压力小，而相反，处于高海拔的群体，diversity相对低...
...户不太注意的点上进行“微创新”。比如操作进行优化，显示更加人性化等等。 凭着“工匠精神”召唤，以及罗永浩巧舌如簧的宣传，锤子手机一经出世便受到了广泛的关注。 可惜的是，罗永浩的项目管理能力并不如...
...metadata.group.tsv -g subtype.hclust -o immu --ylab fraction --no.xaxis 结果示例：
... && $i != "NA") {print "Line", NR, $0; break}}' trait.txt 得到结果如下，会展示出表头及除了数字和NA之外的所有字符以及所在的行数，之后就可以根据这些出错的地方检查修改表型数据了。
老师您好，我在运行这一步的时候，结果文件只有ID信息，没有后续的位置信息，请求老师帮忙解答问题出现在哪里？