找到约 15 条结果

文章 add a Convex Hull with module

...e.sub.module), alpha = 0.9, color = "#000000", show.legend = TRUE, shape = 21) + scale_size(range = c(2, 6), name = "degree") + scale_fill_manual(values = myColor, name = "module") + scale_edge_width_continuous(range = c(0.1, 0.3), name = "abs(correlation)") + scale_edge_colour_manual...

问题 泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

...mapped.txt文件   anchor=pangene.${i}.lifted.anchors;   awk '{ print $2}' $anchor | sort -u > ${i}.mapped.txt;   # 未能比对上的基因合并到模板里，组成新的模板，再和下一个基因组比对   awk '{if(ARGIND==1) {val[$0]}else{if(!($4 in val)) print $0}}' ${i}.mapped...

文章 maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

使用方法: Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -h usage: /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r [-h] -i maffile -m metadata -g group [-a additive [additive ...]] ...

问题 检查数据是否正确

...,check.names=F)allowWGCNAThreads()ALLOW_WGCNA_THREADS=4memory.limit(size = 20000)# 检查数据是否正确：exprSize = checkSets(multiExpr)# 统计样本数量和基因数量 运行结果： > multiExpr=read.csv("5000.csv",header=T,comment.char = "",check.names=F) > datTraits=read.csv("Tra...

问题 用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

...令： for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \     -O ${i}.${Chr}.g.vcf.gz \ ...

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...里也有显著性检验的p值 输入文件格式见例子中的df1与df2 library(psych)cor.result <- corr.test(df1,df2,method = method,adjust = adjust)result.r <- cor.result$rresult.p <- cor.result$p 但是如果有时候数据量非常大，比如有上千上万个，用上述方法...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...用并发表高水平文章的例子： The ISME Journal, [IF 9.49]  2020-07-17DOI：https://doi.org/10.1038/s41396-020-0720-5 实验背景 镰刀菌枯萎病作为土传病害的典型代表，在世界范围内的多种作物频繁爆发。在过去的几十年里，相关学者进行了大...

文章 2019国自然解读：关于CRISPR/Cas9的项目数据怎么样？

8月16日，大家翘首以盼的2019年度国家自然科学基金项目评审结果揭开面纱，共有41752个项目获得资助，总金额高达213亿元，可谓是历年之最。 而这其中，生命科学部获批资助6478项(不含杰出青年基金项目)，批准资助金额共计32.7...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

..., method = "random") png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300) plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", ylab = "Number of species") boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = ...

问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后，rmblast使用报错。

...atMasker/RepeatMasker-4.1.5/Libraries/test/RepeatMasker.lib > /dev/null 2>&1

文章 Bedtools的简单使用—文件格式转换

...教程：bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentation。 基因组特征可以是功能元件（如基因），基因多态性（SNP、INDEL、SV）等，最基本的基因组特征是其所在的染色体、起始位置、终止位置、正负链特征，...

文章 TCGA数据库中临床样品编号详解（Barcode）

...很是难以理解(例如：TCGA-3M-AB46-01A-11D-A410-08,TCGA-3M-AB47-01A-22D-A410-08,TCGA-B7-5816-01A-21D-1600-08,TCGA-B7-5818-01A-11D-1600-08)，但是这个编号里面又蕴含了很多关于样品来源的信息，如果了解样品编号原则，就可以很好的区分样品，有利于数据...

问题 我在文献中读到这么一段话，是关于某一基因家族在某植物各个组织器官中表达的，请老师帮我看看这是怎么做的

...sues were selected: root, leaf, bud, flower and so on .RPKM values were log2-transformed. 这是描述做植物各个组织器官各基因的表达量的，请问这是怎么做的？

文章 AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法

...的话就相当于白做了，怎么解决呢? 接着往下看↓ 《2》如图：快捷键Shift+Ctrl+S存储为SVG格式，然后点击保存。 《3》保存以后界面就会出现上图保存参数，按照我的选择：文字(SVG)、子集化(无)、图像位置(链接)、包含切片...

文章 lncRNA调控预测

...测，也可以下载该数据库里的数据，进行本地的预测。 2. lncRNA-RNA互作预测分析：LncTar lncRNA除了跟miRNA进行相互作用以外，还可以通过碱基互补配对的方式同其他类型的编码或者非编码RNA 进行相互作用。LncTar网站就可以对这种...