问题 老师，您好。在转录组学和代谢组学做联合分析时，必须要在同一通路下分析，还是相关通路都能分析，如转录组的植物激素信号转导（ko04075）和代谢组的植物激素合成(ko01070)能联合分析吗

问题 MCSCANX分析和串联重复分析

...串联重复基因出来的文件，genome.blocklink.txt我用的是McscanX分析出来的文件，这样可以么？ （因为我用McscanX分析后，再用get_tandem_gene.pl脚本筛选串联重复基因并未筛选到，所以我想用筛选串联重复章节的文件绘制基因家族内的串...

问题 blast进行复制基因查找分析

1.blast进行复制基因查找分析时为什么选择cds序列进行分析？而不是整个基因组序列分析？ 2..blast进行复制基因查找，得到的结果只是Tandem duplication ？基因家族加倍与复制（MCScanX分析）可以分析得到segmental duplication 和Tandem duplic...

问题 我做circos图的时候发现因为两个基因距离太近因此没法显示全，只显示一个，请问我除了视频教学的方法手动添加还有别的办法吗，我想通过调config的参数来达到这个目的，但是不知道怎么调

问题 A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有是两个domain,这种情况，比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适？不容易得到25个成员的全蛋白进化树？

问题 基因家族分析---没有蛋白序列可以做基因家族分析吗？

例如：只有***.genomic.fna文件和***.gff文件，能通过blast搜索家族基因吗？如何搜索呢个？

问题 老师你好，我想问信息检索的问题，同样查询NBS蛋白序列，想用他俩的NBS序列与拟南芥的NBS序列做blastp。搜索页面出现的关键字不一样？他们有什么关系吗？我该怎么下载？谢谢老师。

问题 基因家族分析时,,可以以gtff文件代替gff文件分析吗

问题 bioconductor常用包 安装

...:devtools’:    installWarning message:程辑包‘BiocManager’是用R版本3.6.2 来建造的 > BiocManager::install("digest")错误: Bioconductor version '3.8' requires R version '3.5'; see  https://bioconductor.org/install

问题 老师您好，我发现基因家族课程里共线性分析只有基因组内的分析，没有基因组间的分析操作实例演示，二者操作起来有什么注意的吗

文章 string数据库下载的文件

...综合评估得出的，具体的评估方法可以根据具体的研究或分析需要而有所不同。通常情况下，这个分数越高，表示两个基因之间的相互作用可能性越大。

问题 Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异，Adonis检验P值小于0.05，怎么看结果？

Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异，图中分不开，但是组间距离显著性分析PERMANOVA，anosim和permdisp,以及Adonis检验P值小于0.05，这样结果怎么看？

问题 run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess clean.sorted.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这条代码跑不出来，报错原因如图所示，

问题 老师你好，我做的是野生稻，栽培稻的某个基因家族对比分析，如果在进行共线性分析时，我要不要选取一个中间物种，比如拟南芥，然后分别与拟南芥绘制两个共线性图谱分析，还是就拿野生稻和栽培稻绘制一个图谱进行共线性分析好呢？

文章 rsync 介绍

...络带宽的使用。"--delete": 这个选项用于删除目标服务器上不存在的文件和目录。这是非常有用的，可以确保源和目标之间的完全一致性。 以下是一个示例命令，用于同步本地目录 "/local/dir" 和远程服务器的 "/remote/dir" 目录： rsy...