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文章 一键搞定批量序列提取TBtools！

...方框内输入fasta文件所在路径和文件名，例如：C:\Users\10792\Desktop\aaa.fasta；或者点击右侧黄色方框输入fasta文件 2、输入ID ID的格式是每个ID占一行输入ID所在的文件,可以直接在下图方框内输入ID，或者点击右侧黄色方框导入ID文...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本与基因组的比对

...p -d ipoBat4 -f samse -n 0 -t 16 --cross-species --max-intronlength-ends 200000 -z sense_force hq.fastq > hq_isoforms.fasta.sam 2> hq_isoforms.fasta.sam.log 常用参数说明如下： -D : 指定参考基因组的gmap 建库目录 -d : 指定gmap 建库中的名称 -f : 指定输出...

文章 ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

利用ggplot2进行x、y坐标轴互换只需借助coord_flip()即可，譬如，以ggplot2绘图代码 https://www.omicsclass.com/article/92   为例，添加一个坐标互换函数，实现互换 library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E")B = c(90,34,56,99,15)C = c(5...

文章 MA plot 绘图计算公式

...对应差异表达分析获得的差异对比组之间基因表达变化log2FC A可以利用差异对比组的FPKM进行计算，以R和G来表示差异对比组的话，可以取R组基因的平均FPKM和G组基因的平均FPKM进行计算。也包括多个R包可以实现MA图绘制: affy (ma.pl...

文章 Linux环境下从百度网盘上传、下载数据

....doubanio.com/simple pip install bypy -i https://pypi.doubanio.com/simple 2. 授权     首先把数据上传到百度网盘，打开浏览器，登陆百度网盘，保持此页面。     回到linux系统，输入 bypy info     从Linux输出屏幕中得到一个链接，复制到...

问题 TCGA的RNA-seq count annotation过滤，有些不知道是否需要删除

...tient_annotation：Observation:General:This subject was duplicated by TCGA-24-0981; 0981 was redacted and this one retained 2. patient_annotation：Notification:Item in special subset:This is part of the ovarian triplet set. 3. aliquot_annotation：CenterNotification:Item flagged DNU:QC Warning- ...

问题 在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

table_annovar.pl ./ -buildver all_sample_INS_DEL.vcf.gz -out all_sample_INS_DEL -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput ##报错如下，all_sample_INS_DEL.vcf.gz和unknow相关文件见附件 归档.zip NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish ...

问题 医学癌症TCGA-生存分析课程相关问题-表达数据cpm计算log标准化后数据为什么变成了负值？

...码后，得到数据如下图 norExpr_cpm <- cpm(norExpr,prior.count=2, log=TRUE) cpm标准化后，数据中有很多是负值，这是不是有问题呀？因为课程里提到cpm计算后数值比较大，所以选择进行log进行数据标准化。 而且后续进行单因素cox回归...

问题 单倍型分析报错

... 报错界面如下： 运行的命令如下： Rscript /work/scripts_v2/hap_analysis.r -v site.recode.vcf -g $GFF -p $trait4 -G data/group_delete.txt -c 7 -s 207511 -e 207555 其中的site.recode.vcf文件： 其中的$GFF： 其中的$trait4如下： 其中的data/group.txt ：

问题 执行ALLHiC分组不成功

...}g${K}.txt sample.clean.clm done 报错## 排序和方向优化 [root@90227036c754  20:53:04 /work/my_LQ28473/30.ALLHiC1]# for K in `seq  1 $k`; > do >     allhic optimize sample.clean.counts_GATC.${k}g${K}.txt sample.clean.clm > done 20:53:16 mustOpen | CRITIC  open sample.cle...

文章 ggplot2不同几何对象所能对应的图形属性

...ype,size,x,y geom_bar bin colour,fill,linetype,size,weight,x geom_bin2d bin2d colour,fill,linetype,size,weight,xmax,xmin,ymax,ymin geom_blank identity geom_boxplot boxplot colour,fill,lower,middle,size,upper,weight,x,ymax.ymin geom_contour contour colour,linetype,size,weigh...

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

...己的序列（fasta文件），上传成功之后点击next 2.根据需要选择不同类型的重复序列，注意把“Edit distance” 和 “Hamming distance” 的参数清空，不然后续容易出错，然后点击Next 3.选择自己需要的格式，建议选第一个，...

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解！

...，根据目标基因的表型分别选取一定数量的植株，构成 2个亚群或集团。将每群的 DNA等量混合，形成两个相对性状 的“基因池”（gene pool），然后用合适的分子标记对两个基因池进行分析，在两群间表现多态性的分子标记遗传...

问题 老师好，我在利用在SNP设计dcasp标记时得到的primers.result.xls文件为空。

... BstNI,PspGI,19 One nt can be changed to fit enzyme NlaIII,CviAII,FatI,132 change position and primer end postions are  298 [299] CAPS found with enzyme  ScrFI,StyD4I,66 CAPS found with enzyme  FspEI,530 One nt can be changed to fit enzyme MspJI,530 change position and primer end postions a...

文章 鉴定组装植物病毒——系统详尽的植物病毒学！

...病毒学研究里程碑式巨制。 书本主要内容 此书共20章，共289页，前6章内容主要介绍病毒检测及鉴定的技术方法，包括微阵列芯片、RT-PCR、QRT-PCR、多重PCR、RT-LAMP（环介导等温扩增法）等，介绍甚是详尽，甚至引物序列、...