文章 linux下安装java

...，我装的是1.8版本的java包。 yum install java-1.8.0-openjdk.x86_64 装好了就能用java命令了。 配置下JAVA_HOME配置文件： vim /etc/profile把下面填进去 #set java environmentJAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.151-1.b12.el6_9.x86_64JRE_HOME=$JAVA_HOME/jreC...

文章 非小细胞肺癌（GSE123904）

....ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件： LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX701METASTASISLX666METASTASISLX679PRIMARY_T...

问题 16s分析导入数据遇到同样的问题，请问您解决了吗?

There was a problem importing /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt:   /work/omicsclass/ampliseq-q2/qiime2_2022.8/data_2/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 3 and column "forward-absolute-filepath" could not be fo...

问题 补充细节： 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

... 老师您好，请问我按照给的代码运行脚本后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总是显示 文件大小为0，打开时显示“格式错误，文件已损坏”。请问这该怎么解决呢？非常感谢 老师，我刚重新运行后，看到错误...

问题 https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v4_dicots/，这个网站怎么用？求解，谢谢

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，这怎么解决呀

文章 Perl 子程序(函数)

...其他编程一样接受多个参数，子程序参数使用特殊数组 @_ 标明。 因此子程序第一个参数为 $_[0], 第二个参数为 $_[1], 以此类推。 不论参数是标量型还是数组型的，用户把参数传给子程序时，perl默认按引用的方式调用它们。 实...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等

...色体(线粒体基因组)，记下对应的RefSeq（Scaffold序列号）NC_007897.1                                                     （太长了，省略中间部分）                                                斑胸草雀基因组染色...

问题 老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

...list index out of range File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/parallel_task_manager.py", line 209, in Worker_RunCommands_And_Move fn(fns) File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/trees_msa.py", line 262, in trim_fn trim.main(fn, fn...

问题 泛基因家族-结构分析

老师， 我的泛基因组中，有三个品系的基因组命名有“_”，如图所示。 所以我进行这个操作时那三个品系都被删除了，我应该怎么改一下"s/_/\t/g"|这个命令啊。 #提取基因的位置坐标信息 cat ${svgene}_gene.list|sed "s/_/\t/g"|while ...

问题 python rpy2 报错

...oft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/methods/libs/methods.so: undefined symbol: R_dot_GenericError: package or namespace load failed for ‘utils’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/utils/libs/utils.so':  /share/work/...

文章 外显子比对率太低，参考基因组索引建立refFlat.txt文件有问题：

统计基因区域覆盖比例命令： /share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/share/work/database/ref/Saccharomyces_cerevisiae/Yeastgenome/refFlat.txt INPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394...

问题 circos 分析

...是错误的日志内容： *** CIRCOS ERROR ***      cwd: /work/cm01_reseq_demo/8.circos      command: /biosoft/miniconda/envs/reseq/bin/circos -conf      /work/cm01_reseq_demo/8.circos/circos.conf -outputdir      /work/cm01_reseq_demo/8.circos -outputfile circos  CONFIGURATIO...

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

问题 请问大家有没有遇到过这种情况，根据某一模块的MM和GS散点图筛选的hub基因会分布不同的module，也就是说不全在该module下