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问题 老师您好,我用get_gene_weizhi.pl提取到的基因位置txt文件里边少了第一列(对应的基因ID号),后边的几列信息都提取出来了。这种是什么原因啊

文章 数据分析实用技能—Excel函数使用—VLOOKUP:数据批量提取及数据合并

...所示,在sheet1中H2处输入VLOOKUP函数。函数中需要填写四个信息,A2为查找值,Sheet2!A:A为X基因家族数据表,1为X基因家族基因ID所在列,FALSE为精确匹配。 (2)函数向下填充之后得到结果如图所示,#N/A表示所在行的基因并不属于...

文章 判断GEO芯片数据是双通道还是单通道

...大致情况,譬如,进入具体的芯片介绍可以看到明显提示信息如不确认,可以选择其中GSE下的一个样品(GSM)进行判断:明显的单通道芯片数据,对应其中一个样品的数据,数据信号强度已经经过标准化并进行了对数转换(log2) 2...

文章 轻松搞定Krona图

...要查看某个样品或者分组中各物种在各分类水平上的丰度信息,可以用柱状图,分类学树状图(饼图),OTU table表格等展示。今天我们介绍另一个展示工具KRONA,能够很好的展示样品中物种的分类等级以及丰度信息,最重要的他...

问题 老师您好,我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错,出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决?

文章 转录组的3种分析模式

...考基因组的物种,需要发现新的转录本,比如:基因注释信息不完善的物种,需要完善基因注释信息或需要分析一些非编码RNA。 其分析步骤如下: Reads与基因组比对 基于比对信息组装转录本 基因或转录本表达定量 差异分...

文章 DevOps 在企业项目中的实践落地

...核心的步骤,把项目目标、优先级、负责人等一系列相关信息的明确安排,才能保障研发人员的工作完成度,降低后续沟通成本。 工作项的要展示很多的具体信息: (1)描述信息(标题、描述、附件、COMMENTS、所属迭代、所...

文章 Linux重定向以及nohup不输出的方法

...消息或其他内容输出到终端上显示给用户。 2:标准错误信息输出(stderr),默认情况下,它也与终端设备连接,用于输出错误、警告和其他与程序执行相关的问题。 通常情况下,标准输出和标准错误输出会直接输出到屏幕,我...

问题 老师您好,为什么在gwas最后的筛选关联区域SNP信息时,总报错错误信息如下,总是被杀掉,vcf文件应该是没有错的,截图如下,输入文件如下,请您帮忙查看,我该怎么修改我的命令

文章 组学大讲堂 高效率提问指南!

...明确、范围适中的问题肯定有人抢着答啦。 二、提供的信息要全面且经过筛选: 软件分析类问题应该能够反映出自己的“目的”、“已做过的尝试”、“发生了什么错误”等信息,让回答者能够全面的了解问题的前因后果。 ...

问题 老师,您好!全基因组选择,利用自己的SNP数据(芯片SNP)进行基因型数据处理,beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后,得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息

基因型数据格式

文章 拿到转录组分析结果后还应该干点什么?

...转录组文章,文末附详细分析方法!) 1. 筛选功能基因信息 我们往往需要根据基因功能(例如化学感受相关,脂肪代谢相关等)从基因总表中筛选出一个基因集,但想获取这些基因的全部信息(比如序列、注释、表达量)并...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(直肠癌)

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的基因表达数据(主要包括芯片表达数据,也包含一些高通量测序表达数据)。...

问题 老师请问一下这种图是怎么做出来的呢?我会做内含子外显子的图,也知道图上所得到的ghr-miR的信息,可是我无法把这二者像此图一样结合到一起

问题 基因 定位到染色体时,获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa