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文章 利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

...search(单个基因),或者Batch CD-Search(多个基因)。 2.预测单条序列的保守结构域,点击CD-search进入: 粘贴基因的蛋白序列,或者是核酸序列都可以,注意为fasta序列,如果你知道基因的GI或Accession号,也可以直接数据这些I...

文章 TCGA临床数据中的TNM分期,如何转换成WGCNA分析中的性状数据

...要改变,保持原有的值即可,比如年龄,复发时间等。 2. 分类数据 分类数据,需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0,1两种值,不同的分类转换成是与不是两种可能性。 举个例子,TNM分期, 假设T有3个分期分别为T1,T...

文章 muscle新版,旧版使用的一些差别

...,-out 后接输出文件 即:muscle  -in in.fa -out  out.fa 2.新版以muscle 5.1版为例:muscle -align input.fa -output aln.afa -align 后接输入文件 -output 后接输出文件 3.如果序列多,可改为: muscle -super5 input.fa -output aln.afa 4.SEED是其隐马尔...

文章 Rocks集群系统(cluster)的安装与管理维护

...t-ethers 然后在子节点设定网络启动。实现自动化安装。 2.添加用户 用一般的添加用户的命令进行操作。 adduser username passwd username rocks sync users 特别最后一行命令用来通知子节点添加的用户信息,否则该用户是无法登陆子节...

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...ent immunosuppressive environment in endometrial carcinoma. Front Immunol. 2023 Apr 4;14:1145300. doi: 10.3389/fimmu.2023.1145300. PMID: 37081869; PMCID: PMC10110842. 数据: 单细胞:Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data for 5 patients with EAC (GSE173682) 空间转录组:spatial transc...

问题 MUMmer共线性分析报错suffix tree construction failed: textlen=712946597 larger than maximal textlen=536870908

...maxmatch -c 100 -p nucmer ../reference.fasta ../query.fa 1: PREPARING DATA 2,3: RUNNING mummer AND CREATING CLUSTERS # reading input file "nucmer.ntref" of length 712946597 # construct suffix tree for sequence of length 712946597 # (maximum reference length is 536870908) # (maximum query length is 4...

问题 QTL-seq数据分析实操课程中命令中用到的qtlplot,如果不使用docker,怎么下载,从哪里获得

下面命令中用到的qtlplot怎么下载,从哪里下载安装到服务器上,不使用docker的情况下 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

文章 检查kegg的map是否能和差异基因对上

...下html里的信息: 1. 合并所有html cat pathway/*html > html 2. 找到含有基因和KO编号信息的行 grep "href='http"  html > info 3. 提取KO编号信息 awk -F "K" '{ print "K"$3}' h1 | cut -d "(" -f1 | cut -d " " -f1 > koawk -F "K" '{ print "K"$3}' h1 | cut -d "(" -f1...

文章 UpSetR包绘制多维的venn图

...FALSE); E <-sample(1:1000, 375, replace = FALSE); G <-sample(1:1000, 200, replace = FALSE); H <-sample(1:1000, 777, replace = FALSE); dataForUpSetPlot <-list(A=A, B=B, C=C, D=D, E=E, G=G, H=H) setsBarColors <-c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4') ### sort by degree upset(fro...

文章 perl中单引号与双引号区别

...引号: (1)双中有双,单中有单都需要 \ 转义。 (2)双中有单或单中有双均不需要转义。 (3)单引号直接了当,引号内是什么就显示什么,双引号则需要考虑转义或变量替换等。

文章 linux大文件分割 分开行数小文件 split命令

...割包后缀为数字的形式//-a x来设定序列的长度(默认值是2),这里设定序列的长度为1

文章 蛋白表达的影响因素及规避方法?

...克隆位点、终止子、融合标签、复制子等多种因素。   2、宿主菌选择不当 不同宿主菌的基因型不同,选择合适的宿主菌对某些特殊的载体进行蛋白表达至关重要。有时表达重组的毒素蛋白,对宿主细胞也有毒性,会造成质粒...

文章 使用Copilot自动在Rstudio中写代码

...pilot 会提供可能的代码补全建议,帮助你快速编写代码。2. 语法纠错:Copilot 可以检测并纠正代码中的语法错误,提供更准确的代码。3. 代码建议:除了补全代码外,Copilot 还可以提供代码结构、函数调用等方面的建议,帮助你...

文章 TGS-gapcloser 安装与使用

...ps://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser.git 如果已经安装了minimap2软件,在此次软链接一下软件地址 rm -rf TGS-GapCloser/minimap2ln -s MINIMAP2所在文件夹 TGS-GapCloser/ 编译 cd TGS-GapCloser/make 编译时出现问题: 解决: cd ./common/time# 在timetools...

文章 Putty修改配色方案

...修改注册表的方法。 1.打开注册表:运行——》regedit 2.找到对应的注册表文件,并导出:注册表地址 HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\Sessions\ *可以看到putty的配置信息其实是存在注册表中,一个Setting存一个注册表文件,还...