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问题 共线性分析得出的基因对可以用于kaks分析吗?还是只有串联重复的基因对才可以用于kaks分析啊?

共线性分析得出的基因对可以用于kaks分析吗?还是只有串联重复的基因对才可以用于kaks分析啊? 用blast得到的基因对都是串联重复基因吗?可以直接用于kaks分析吗?

问题 基因组里5UTR注释

您好!我想请问下数据库如NCBI里面的基因注释是通过算法预测的吗还是实验验证的?hg19与hg38同样的序列,但是在5UTR上的位置区域就一样,这个区域一样会导致启动子位置的选择也一样。

文章 做基因定位?大家可能忽略了这个最熟悉的技术

...位点。基于两个极端表型库中突变位点与抗病表型的关联分析,在A03染色体上关联到一个4M的区域。  检阅下BSR的结果是是靠谱?          在4M的关联区域,查找与抗病相关的功能基因,找到4个TIR-NBS-LRR家族的抗病基因...

问题 老师,请问一下,由于从NCBI下的数据中的基因、蛋白和染色体名称的同导致用你给的W.sh文件的脚本提取出转录本ID,该怎么办?

问题 老师我做比较基因组的时候,准备文件阶段时用Ensembl 下的基因组为什么跑出来cds和蛋白质文件,跑出来的结果都是0kb

01.prepare_data.sh.o

文章 Scanpy数据结构:AnnData

...: 可以存储其他数据层,如归一化后的数据或差异表达分析的结果。uns(未排序的数据): 用于存储其他未排序的数据和元信息 AnnData object with n_obs × n_vars = 6050 × 32285 obs: 'in_tissue', 'array_row', 'array_col', 'gender', 'age', '...

问题 vcftools 过滤等位基因。 老师,用的同样是vcftools过滤indel snp后生成的vcf.gz,然后进行等位基因过滤,生成文件很小是为啥啊,我看过滤条件也严格啊

vcf.gz是1.5G,等位基因过滤生成个900多B的文件,感觉是想要的东西

文章 为什么“@微信官方”会突然刷爆朋友圈?如何打造一场爆款活动?

...动中,出现的所有文档和图片信息都可上传至文件,通过在线预览的模式可随时查阅。       总结   在这个广告无处在的年代,用户也对品牌的营销有着更高的“戒备心”,但腾讯新闻能凭借这次给祖国庆生的机会突破...

文章 37门付费精品课程免费送!(此链接微信中打开体验更好)

...7门优质生信课程!! 在国外大部分生命科研人都会生信分析,在国内,越来越多的科研人也开始尝试自己分析数据。 生信高手自己就抵得上一个团队,尤其在海量数据充盈网络的时代,用别人的数据,发自己的文章,用最少...

问题 请问在运行利用exprs()获取表达矩阵 exprSet = exprs(gset)时,报错Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’知道什么原因?

请问在运行利用exprs()获取表达矩阵  exprSet = exprs(gset)时,报错Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’知道什么原因?

问题 我在构建进化树的时候,分类依据是拟南芥的分类和进化树本身的特点,但发现有的成员分类错误,采用ML法,校正参数Bootstrap设置为1 000次重复,结果出来后却发现,AtLC10本应该在第二组,AtLC13应该在第三组,但实际的结果恰恰相反,之后我又换了NJ法,结果还是理想,依然有成员分组混乱,知道我是哪里做的对,希望得到指导。(AtLC10:AT5G01190.1,AtLC13:AT5G07130.1)

问题 老师,我的gene-ID和mRNA-ID用mRNAid_to_geneid.pl提取出来,是一整行是好几列,是什么情况,您帮我看看这个要怎么弄?

问题 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH rapa --cscore=0.7 运行下去,出现下面的情况,请问是是我的python有问题?

问题 老师,在ensemble下斑马鱼和大黄鱼的时候,gff3文件和pep等的ID统一的,老师给的脚本无法使用,我现在还没能看懂脚本并修改(捂脸)

问题 Plot_MultiPop.pl -inList ld_stat.list -output ld_stat.multi 请问这一步要怎么设置,可以提高图片的分辨率呢? 有点清晰