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问题 请问老师我做WGCNA这一步TOM = TOMsimilarity(adjacency);卡主不动。

第一套数量比这套大多了,都能正常跑,这一次数据量一般,不知道为什么一直卡着不动。

文章 TCGA中转录因子的调控分析

...道该转录因子是不是对癌症的生存率有影响 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程: 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

问题 TCGA中比如说我要下病例报告,slide,还有msi怎么下载?

这个临床数据下载挺全的,但是胃癌相关的:病例报告,slide,还有msi怎么下载? https://www.omicsclass.com/article/1125

问题 求助老师,转录组分析定量没有双端reads比对上是怎么回事

老师好:我的是双端测序的下机数据,每个样本三个重复,每个重复两个reads,是没有将两个reads拼接合并导致的吗?

文章 rockes7 共享目录设置

...(rw,async) 权限说明: rw  可读可写。ro  只读。sync  将数据同步写入到内存和磁盘中。async  将数据会先暂存于内存中,必要时才写入磁盘。no_root_squash  若客户端使用root用户操作共享文件夹的时候,具有最大权限。root_squash...

问题 用R的pathview函数下载KEGG信号通路图的时候报错

 只有在下载这一个KEGG图时报错,其他的都没有问题,用的数据是一样的

问题 LDdecay

... 老师,用上面这个命令,但是跑出来是0,用的是自己的数据,前一步都还正常,不知道popid.txt如何设置,这里是按照示例文件,放了所有样品的集合,但是跑出来是如下这样 the Number of subPop samples[found in VCF] is 0 sub Group Populati...

问题 转录组WGCNA分析中,要做模块与性状相关性图,怎么定义性状?

请问:现在我取了花蕾的六个发育时期,两个生物学重复,现在怎么定义性状数据

文章 read.xlsx读取Excel文件

...ackages("xlsx")library('xlsx')library('xlsxjars')library('rJava') 准备的数据文件read.xls涉及两个sheet > sheet1 = read.xlsx("read.xls",1) ##sheet对应第一个> sheet1 Samples Num1 A 12 B 23 C 3 > sheet2 = read.xlsx("read.xls",2) ##sheet对应第二个&...

文章 高通量转录组学技术的 应用及研究进展

...室技术发展成一个基因组学研究所依赖的,快速产生海量数据的常规手 段,正在逐步走向临床诊断。    High Throughput sequencing/    next generation sequencing/deep       sequencing  测序通量越来越高,测序成本越来越低。  2010年已...

文章 itol添加圆环分组和节点标签时位置调整

...在准备好三个输入文件后,直接上传。导致可视化后三圈数据之间位置相互影响,调整某一圈位置时其它圈位置也会放大或缩小。 最后选择了单个文件上传,在调整好上一圈标签的位置后再导入下一个文件,这样就不会相互影...

问题 SNP过滤问题

...n Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢?代码是课上的代码:vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  \     --minQ 30 --minGQ 80 -...

文章 blast在linux上的用法

... blastall的常用参数 -p:执行的程序名称 -d:检索的数据库名称 i:要查询(要研究的物种序列)的序列文件名(Query File),fasta格式 -e(数学):期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10,意指比对结果中由于随机偶...

问题 如何评价系统进化树的构建的结果

老师,您好,我现在通过转录组测序的数据找到某个蛋白质家族中的不同成员在两个实验对象中具有差异,所以想对这个蛋白质家族成员构建系统发生树,具体操作是从网上下载了她们的DNA序列和蛋白质序列,导入至maga软件中...

问题 如何评价系统进化树的构建的结果

老师,您好,我现在通过转录组测序的数据找到某个蛋白质家族中的不同成员在两个实验对象中具有差异,所以想对这个蛋白质家族成员构建系统发生树,具体操作是从网上下载了她们的DNA序列和蛋白质序列,导入至maga软件中...