...课程简介：从Linux基础到reads比对基因组、call SNP等重测序数据处理，再到群体遗传进化和GWAS关联分析，主流分析内容一课尽揽。 课程价格：原价：4480元/人；限时优惠4080元/人。 团报优惠：2人及以上减200元/人。 参加本次培...
...写或值得分析的内容；RCSB（https://www.rcsb.org/）这个网站数据蛮全，能搜到相应的蛋白结构，但不知道有没有可以写的东西，有没有相应的参考文献呢？ 例如像这篇文章所呈现的 （备份）erz51112.pdf 谢谢老师！
...owcell当中；那么问题来了，这样丢掉了很多片段，我们的数据是不是不能覆盖所有的基因（RNA-seq）或者基因组（重测序）？ 这个不必担心，因为我们的文库DNA量足够的大（PCR扩增），测序的量也是过量的，只要这两个过程够随...
NCBI下载的数据，用samtools生成的fai文件和视频课里面的不一样，后生成gene_chr。txt是空文件。
Aspera Connect软件是NCBI提供的可快速上传数据的软件，下载地址：https://www.ibm.com/aspera/connect/ 1.下载安装 打开后界面如下： 点击下载，会弹出如下窗口： 先点击安装扩展，跳转到如下界面，添加到浏览器。如不能添加请先更...
老师好，在参照转录组分析后数据挖掘课程里介绍的利用Heatmapper在线网站绘制基因ID时，热图右侧只显示数字1，2，3，不显示基因ID，但是Excel表格中，已经按照第一行样本名称，第一列基因ID名的格式整理了，请问如何解决这个...
从pfam找到基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？...
...后在进行物种分类与组成部分时候，运行特定引物的分类数据库命令qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifier $dbdir/my_classifier/silva-138-ssu-nr99-338f-806r-classifier.qza \ --i-reads $workdir/2.feature_table/repset-seqs.qza \ -...
...分析之后，使用课程中的方法和脚本，用课程资料的样本数据练习，很流畅，很成功。 随后尝试建立自己的参考基因组（~3.4G）index。尝试了很多次，总是自动killed，生成的ht2文件总是会少1-2个，会生成几个rf文件。 splicesite和e...
在学习GWAS课程，章节3-05数据质控这一节时候，执行上述命令报错，报错为 Exception in thread "Thread-3" java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.lang.String.toCharArray(String.java:2899) at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.BasicStats.processSequence(Ba...
... Linux系统上MaxQuant软件的安装与使用 鉴于蛋白质质谱数据通常较大，有时候在Windows系统里进行maxquant搜库会花费十几个小时，效率较低而且对笔记本硬件要求较高。有条件的可以去linux系统上使用MaxQuant进行搜库分析， ...
...kageMapView/vignettes/LinkageMapView.html library(LinkageMapView)#示例数据data(carrot)head(carrot)carrot=carrot[order(carrot$group),]outfile="genetic_map_ruler.pdf"lmv.linkage.plot(carrot,outfile,ruler = TRUE,lg.col = "lightblue1")outfile="genetic_map_noruler.pdf"lmv.linkage.plot(carrot,outfi...
...Annotation upload → upload data for coloring leaf labels，填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列：location，color，commands，由制表符分隔。第三列可有可无。l 第一列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点,...
...号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错，
...下载。 想问下，这种情况下，我是否可以在ncbi的proetin数据库搜索该物种并下载所有属于该物种的蛋白质，输入orthofinder进行分析。