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问题 关于mapman使用过程的问题

...er add those bins manually to this pathway or choose a different Pathway! 数据ID和mapping文件里边的BIN已经是对应的了，但是相关的通路却打不开，这是为什么？

文章 组装"预实验" | 物种倍性分析

...的对照样品比较计算后可以获得DNA的倍性关系。 2. 测序数据分析 Smudgeplot： 从k-mer数据库中提取杂合k-mer对，然后训练这些杂合k-mer对。通过比较k-mer对覆盖度的总数CovA+CovB和相对覆盖度CovB/(CovA + CovB)统计杂合k-mers对的数量，解...

问题 比较基因组，无法获得pep和cds序列

在学习比较基因组课程中，我使用从葫芦库基因组数据库中下载的genome.fa,cds.fa,pep.fa,gff文件运行01.prepare_data.sh脚本时可以正常的获得gff文件，但是在提取cds和ped时，出现报错 报错如下

问题 isoseq3使用问题

 您好，我看了您发布的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》的文章，另外我在github 上也看了isoseq3的流程，发现您的文章中没有isoseq3 refine 这个步骤。不过虽然github上有这个步骤，但是isoseq3 中并没有refine 这个工具（...

问题 老师你好，请问如何把JGI的基因ID转换为NCBI的ID

例如这样的数据 GSVIVG01025691001 GSVIVG01026145001 GSVIVG01014236001 GSVIVG01021397001

问题 verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

...sembly文件，我看教程里似乎要组装后genome.fa文件进行与hic数据的比对，但是verkko的组装结果文件里似乎没有这个文件？

文章 data.frame参数check.names

R语言在读取数据 例如read.table 添加check.names=F 参数可以保证数据种特殊的字符正常读取： 如数据表头 “-”被认为是“."  > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2)         ID ...

文章 一文教你绘制GO富集分析弦图，简单又好看

...到特定功能术语涉及的基因集合。当面对复杂的基因表达数据时，这种全景式可视化有助于快速识别关键的生物学过程、发现潜在的功能协同效应，为后续实验验证提供清晰的研究方向。今天就带大家从 “零” 开始，用最常用...

问题 老师您好，我想分析植物miRNA的启动子，不知道怎么下手。

我做的核桃，数据是按无参基因组分析的，以拟南芥为参考基因组。现在核桃的基因组也已经公布了。请问，我应该怎么分析我的miRNA的启动子呢？

问题 你好，老师，我使用virusdetect这个软件的时候，为什么会容易报错。？

我用的RNA-seq的数据，并且也用hisat2建立索引了 但是比对的时候总是报错

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

...以下代码跑出来报错 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库：  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifier $silva_classifier \   --i-reads ../02.feature_table/repset-seqs.qza \   #--p-reads-per-batch 100 \   --p-n-jobs 30 \   --o-classification ...

问题 WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

老师，请问用自己的数据，前面处理都没有问题，运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables，运行给的filter部分代码后，总是显示0 variables，请问该怎么解决呢？谢谢

问题 进行GTDB注释时报错，报错信息为缺少参考基因组

老师您好，我在进行GTDB注释时，根据课程所给的代码下载了GTDB的数据库信息，但进行注释时，却出现了缺少参考基因组的信息，具体情况见下图。请问该如何解决？

文章 哪种生物信息学习方式最适合你？

随着数据分析在科研工作中重要性的逐步提升，越来越多的老师、同学投入到生物信息学习的浪潮中来。 可生物信息学是门综合学科，很多生物出身的人在计算机软件使用、统计学等方面基础十分薄弱，方法上也经常找不对...

问题 请问老师我做WGCNA这一步TOM = TOMsimilarity(adjacency);卡主不动。

第一套数量比这套大多了，都能正常跑，这一次数据量一般，不知道为什么一直卡着不动。