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文章 R语言基础入门—因子

...上创建因子。 # Create the vectors for data frame.height <- c(132,151,162,139,166,147,122)weight <- c(48,49,66,53,67,52,40)gender <- c("male","male","female","female","male","female","male")# Create the data frame.input_data <- data.frame(height,weight,gender)print(input_data)# Tes...

问题 使用RNA-seq有参转录组课程提供的demo数据，进行参考基因组索引建立后与老师得到的结果不一致

如题，使用RNA-seq有参转录组课程提供的demo数据，进行参考基因组索引建立后与老师得到的结果不一致，请问是什么原因？我得到的没有5和6，而且1和2是空文件。

问题 16S课程 02.feature_table #16S 分析 deblur

...   --p-sample-stats \     --p-jobs-to-start 10 \     --p-min-reads 2 \     --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qza  \     --o-table deblur-table.qza \     --o-stats deblur-stats.qza There was a problem loading '../01.import_data/demux-joined-filtered.qza' as an artifa...

文章 在线绘制circos的数据格式说明

...的行都被视为注释，而不是解析。空白行也被忽略。 2.缺失的字段使用连字符“-” 代替。 3.数据文件开头可包含一行，指明列段的顺序。要正确地解析该文件，您必须使用col order检查row。 同样地，前导行可指定行顺序。...

文章 OTU互作网络分析用MENA

...： Deng, Y., Jiang, Y. H., Yang, Y., He, Z., Luo, F., & Zhou, J. (2012). Molecular ecological network analyses. Bmc Bioinformatics, 13(1), 113. 沈烽, 黄睿, 曾巾,等. 分子生态网络分析研究进展[J]. 环境科学与技术, 2016(s1):94-98. 相关推荐：微生物16S/ITS/18...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

...点位置信息和外显子位置信息，之后用如下命令： hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME} 结果如图所示： 最后系统自动kill掉了建索引的进程，请问这该怎么解决？谢谢！

文章 比较3种差别表达方法对TCGA转录组数据的分析

...都是采用edgeR 软件包进行的分析， 有学员问我，采用DESeq2 和limma 的方法也可以进行差异表达的分析。当然，这两个软件也是可以进行差异表达分析，关键点是，这三款软件对同样的数据进行差异表达分析，差别有多大。 我们...

文章 rocks7 SGE任务管理配置

集群中的主机分2种：控制节点（mater）和计算节点（slave）。其中控制节点只在一台机器上部署，该控制节点也同时作为计算节点；其它主机全部是计算节点。计算资源是由host的slots构成。可以选取集群中部分的hosts，定义为hos...

文章 假如腾讯阿里消失了，这个社会将变成什么样?

...。 合理并且有效地运用项目管理软件，不仅可以让我们工作井然有序地进行，还能最大程度保证项目目标的达成。我推荐使用CORNERSTONE，它提供了包括任务/需求/测试管理、迭代规划、缺陷追踪、报表统计、团队协作、WIKI、共...

文章 超快的文件传输软件trzsz

...z 然后如果是windows用法和lrzsz差不多,直接trz,tsz就行 iTerm2 -- 参考 Trzsz-iTerm2 安装文档。tabby -- 安装 tabby-trzsz 插件即可。electerm -- 升级到 1.19.0 以上的版本即可。ttyd -- 升级到 1.7.3 以上的版本，并且启动时加上 -t enableTrzsz=true，非...

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

...ernational Genomics Consortium Ovarian serous cystadenocarcinoma IGC 02 MD Anderson Cancer Center Glioblastoma multiforme IGC 04 Gynecologic Oncology Group Ovarian serous cystadenocarcinoma IGC 05 Indivumed Lung adenocarcinoma IGC 06 Henry Ford Hospital Glioblastoma mul...

文章 IF=29|苔藓植物的超泛基因组分析

“ 苔藓植物全世界约有22000种。迄今为止，55个苔藓植物目中只有8个进行了基因组测序，为了进一步了解陆生植物基因组进化过程，这篇文章测序、组装并注释了123个高质量且高度完整的苔藓植物基因组，从而对苔藓植物进行...

问题 诱变材料且以自交M6代，可不可以采用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

以上 2 张图片是我在网上搜索得到的关于 QTL-seq 原理。但是为什么诱变得到的材料，就不能够用 QTL-seq 来分析？ 我说获得的 EMS 诱变材料已经是自交 M7 代的材料了，也不能用 QTL-seq 来分析么？因为 Mutmap 方法需要自交，所以感...

文章 ncbi sra数据批量下载

...文件直接传给prefetch，类似 prefetch --option-file sra_ids.txt 2，我这边网络不知道咋回事，进刚才那个页面特别慢，因此再分享一个服务器里直接操作的方法，这个需要你服务器里有perl 先下载安装  E-utilities 这个。 网址： https://ww...

问题 WGCNA分析过程中做样品聚类树与形状热图时遇到问题

做性状热图的那一步时，出现了： Error in numbers2colors(datTraits, signed = FALSE) :    'lim' must be finite. In addition: Warning messages: 1: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to min; returning Inf 2: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to min; re...