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文章 Rocky 9.1修改IP地址

...你的连接名称,可以通过运行 nmcli connection show 查看。 2.进入编辑模式后,你可以使用如下命令来设置新的IP地址、子网掩码和网关: nmcli> set ipv4.addresses 192.168.1.100/24nmcli> set ipv4.gateway 192.168.1.1nmcli> set ipv4.dns 8.8.8.8 这...

问题 请问老师我跟着重测序课程做到了VCF过滤这步,是不是三种方法任意使用一种方法过滤就好.

#过滤1:gatk VariantFiltration   #过滤2:vcfutils.pl  #过滤3:vcftools  请问老师这三种工具是不是选择任意一种进行就好,还是按照课程这三步骤都要运行一遍.

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

...t",check.names=FALSE,fill=T,na.strings="")colnames(All_DEG_venn)<-c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16") #去除数据中的NA,以免多计数 All_DEP_ID=apply(All_DEG_venn,2,na.omit)datav<-Venn(All_DEG_venn)plot(datav,doWeight=F,type="ellipses")

文章 HPA:人类蛋白图谱数据库

...因在不同组织和器官中的表达情况      以PAX8为例 2.    SINGLE CELL TYPE ATLAS     单细胞类型图谱包含13种不同人体组织的单细胞RNA测序(scRNAseq)数据,以及内部生成的免疫组织化学染色组织切片,显示相应的空间蛋白表...

文章 蛋白结构预测

...模板匹配、折叠识别和自由建模,来预测蛋白质结构。 2. 原理: I-TASSER使用以下步骤来预测蛋白质结构: 线程: I-TASSER首先使用线程技术搜索已知蛋白质结构的数据库,找到与目标蛋白质序列相似的模板。这一步是基于蛋白质...

问题 抱歉打扰,我在做circos时遇到了下面问题,看到了您也遇到相似问题,想知道您是如何解决的,期待您的回复。

...   To see where Circos looks for the file, use       circos -debug_flag io   To see how configuration files work, create the example image, whose   configuration and data are found in example/. From the Circos distribution   directory,       cd example       ../bin/circo...

文章 【前沿研究】肺癌转移机制的新靶点-- lncRNA AC026904.1

...大学第一附属医院倪斌等人在ENVIRONMENTAL TOXICOLOGY杂志(2019IF:2.825)上发表了一篇名为“Long noncoding RNAs AC026904.1 is essential for TGF-β-induced migration and epithelial-mesenchymal transition through functioning as an enhancer of Slug in lung cancer cells”的...

文章 subset_column.r 根据ID列表,取对应列的数据:

...要处理的表格,第一列会都成行名 TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13 TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31 TSPAN6 19.71229 15.16812 58.95336274 112.4479129 TNMD 0.128679 0 0 0.417115888 DPM1 166.1934 229.3096 1...

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

...功 > A=c(1,1,1,1,1,1,1)> scale(A)     [,1][1,]  NaN[2,]  NaN[3,]  NaN[4,]  NaN[5,]  NaN[6,]  NaN[7,]  NaNattr(,"scaled:center")[1] 1attr(,"scaled:scale")[1] 0> hclust(scale(A))Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exce...

文章 R 包 hdf5r 安装出错

...DLLpath = DLLpath, …):unable to load shared object ‘/home/caoyang/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-hdf5r/00new/hdf5r/libs/hdf5r.so’: libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory.这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已...

文章 华为是如何绝地反击,强势崛起的?(2

...上。 这是国内市场华为手机的市场份及销售变动情况。 最让我吃惊的则是同比增长,目前手机行业出于寒冬状态,这是众所周知的事情了,能保持同比增长率为正已经是不太容易的事情,而华为手机的同比增长率...

文章 PCAI型标尺与II型标尺

...相关性,需将PCA排序图执行II型缩放,即II型标尺(scaling 2)-相关双序图(correlation bioplot)。特征向量被标准化为特征根的平方根,关注的是变量之间的关系。双序图中对象之间的距离不再近似于多维空间内的欧式距离,代表变...

文章 进化树中如何添加热图?

...000#define labels for each individual field columnFIELD_LABELS A1 A2 A3 B1 B2 B3MARGIN 0STRIP_WIDTH 25COLOR_MIN #ff0000COLOR_MAX #0000ffUSE_MID_COLOR 1COLOR_MID #ffff00DATA155864 1.33118766397716 1.17857919899514 -0.409551070843932 -0.630306286554169 -1.04604589954572 -0.4238...

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...得借鉴:A: HKT基因在葡萄不同组织中的表达(Fasoliet al., 2012). 不同的基因在不同的组织中表达模式不相同。B:盐处理后HKT基因响应表达:高粱不同亚种 Berthomieu et al., 2003; 杨树不同亚种 Garciadeblás et al., 2003 葡萄中QPCR验证胁迫...

问题 利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

...  for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do  for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \     -O ${i}.${Chr}.g.v...