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文章 群体基因交流分析的几个统计值

...因交流的基础方法。 原理：通过比较四个种群的（P1, P2, P3, 外群），检测"ABBA"和"BABA"模式的不平衡性。显著偏离零的D值表明P2/P3或者P1/P3之间存在基因交流。 ABBA：等位基因在 P3 和 Outgroup 中匹配，但与 P1 和 P2 不同（支持 P1-P3 ...

文章 linux下perl及bioperl安装

...载地址：http://www.perl.org/get.html 安装： tar zxvf perl-5.26.1.tar.gzcd perl-5.26.1/./Configure –de -Dprefix=/opt/perl5   #目的安装目录makemake testmake install 测试： perl –v 有perl的信息即安装成功。 bioperl安装 perl版本要求高于5.6.1 perl...

文章 tar.gz 文件很大，但是我只想要其中的一个文件，如何指定解压对应的文件

...在压缩包里面所在的路径就行： tar zxvf file.tar.gz report/2.assembly/unigene.fa 顺便学一个，如何知道压缩包里面有哪些文件： tar -tf  file.tar.gz

文章 fastq文件转换成fasta 文件perl

die "perl $0 <fq1><OUT1>" unless(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[0] |" or die "$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');open my $GZ1 ,"| gzip > $ARGV[1]" or die $!;my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fasta');m...

文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。该工具主要针对芯片数据，借助R 及Limma包完成分析过程，用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分析结果。 以下内容，将利...

问题 基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

...adir}/${name}.sorted.dedup.bam > ${bwa_qcdir}/${name}.map.stat.txt   #2.片段inner size，片段选择是否异常   $picard CollectInsertSizeMetrics -Xmx4g \       I=${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam \       O=${bwa_qcdir}/${name}.insert_size_metrics.txt \       H=${bwa_qcdir}/...

文章 博士单身的多吗？调查发现：博士平均恋爱次数是6.87次

...数据上来看，博士中，女博士的恋爱次数更高，平均为7.12次， 男博士只有6.47次，拖了女博士的后腿。。。。 学霸姐姐看到这个数据后的第一反应是： 谁把我的恋爱次数给平均了！！请还给我好嘛！！ 冷静下来，对于这个...

文章 解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题

...connect error 解决方案如下： 1. 从github 下载软件的zip 包 2. 采用devtools 从本地安装 devtools::install_local("proteusLabelFree-master") 通过本地安装，就可以解决该问题。

问题 老师，在泛基因家族分析结构变异的基因注释中，提取vcf文件有用信息列，$14是哪个

...ANNOVAR对结构变异进行注释awk -F"\t|;" '{if($0!~/^#/)print $1"\t"$2"\t"$14"\t"0"\t"0"\t"$5"\t"$9}' all_merge.vcf > all_merge.input该指令中，第三列的终止位置是怎么得到的，在老师的all_merge.vcf文件中并没有找到？ 另外，下面是我的vcf文件，该怎么...

文章 转录组的3种分析模式

... 基因或转录本表达定量 差异分析和功能富集分析 2. 有参，只分析已知的基因或转录本 针对有参考基因组和详细基因注释信息的物种，比如人，小鼠，拟南芥等，如果只是分析已知的基因或转录本，可以直接基于转录本...

文章 GSEA分析需要的文件及格式

...GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即可，因为GSEA网站已经给大家准备了功能基因集文件及芯片注释...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...HRM检测标的更加绝对，原理更加坚实，结论更加可靠。 2)更灵敏 可以检测5%的SNP，够用。基于PCR+Sanger测序的检测方法难以达到。 3)对序列要求低 这点主要是与基于限制性内切酶的PCR-RFLP对比来的。 4)通量高 对比单次反应检...

问题 请教：基因结构分析时，输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决？

...m_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.47.gff3 -out gene_exon_info.gff 图1 图2

问题 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

1.按照水稻的文章在Rice Resource Center获取了33个水稻的基因组文件 2.使用cat ../id.txt|while read ind;do ；agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff获取longest_isoform.gff发生报错

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

...w of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下： countToTpm <- function(counts, effLen) { rate <- log(counts) - log(effLen) denom <- log(sum(exp(rate))) exp(rate - denom + log(...