... 1）首先系统中docker安装与使用方法见课程： 2）镜像搜索、下载、启动使用方法： > docker search omicsclass #搜索组学大讲堂提供的所有镜像NAME DESCRIPTION ...
...近等基因池，这就排除了环境及人为因素的影响，使研究结果更为准确可靠。BSA法克服了很多作物难以得到近等基因系的限制，并且比近等基因系法省时省力，是一种非常实用的基因标记定位的方法，应用非常广泛。与BSA相结合...
...pe类型如果同时针对两种分组ID 和type进行，可以获得如下结果： > temp=aggregate(dat[,2:4],by=list(dat$ID,dat$type),FUN=sum)> temp Group.1 Group.2 sample1 sample2 sample31 A 1 1 2 22 C 1 5 5 83 D 1 ...
...据。 1. 直接下载：数据量小于5G的时候适用 ① 检索：搜索一个sra号，进入RUN的详情页 ② 下载到本地：选择download一栏会直接下载到本地，不想下载到本地请看③ ③下载到服务器：复制下载链接到linux上下载 wget -c -b https:/...
...exprSize = checkSets(multiExpr)# 统计样本数量和基因数量 运行结果： > multiExpr=read.csv("5000.csv",header=T,comment.char = "",check.names=F) > datTraits=read.csv("Trait1.csv",row.names=1,header=T,comment.char = "",check.names=F) > allowWGCNAThreads() Allowing multi-threadi...
...-g subtype.hclust \ --celltype "B cells" "T cells" -o immu -n ssgse 结果：
...能发基因家族文章吗，答案是肯定可以的，刚刚到pubmed上搜索了一下，发的文章还是挺多的： 基因家族分析作为低投入高产出的发文思路，受到广泛关注，分析的人也越来越多，我们也对基因家族分析课程针对之前学员经常...
... 6/10 = 0.60chr2 2500 9/10 = 0.90 创建 BED 文件 将计算结果保存为 BED 文件 methylation.bed： chr1 1000 1001 0.50chr1 2000 2001 0.50chr1 3000 3001 0.80chr2 1500 1501 0.60chr2 2500 2501 0.90 使用...
...scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE12417 -o GSE12417-array --skip 27 结果如下：
... 运行infer_experiment.py 进行数据统计 2.4 统计结果中，如果read1和read2 比例比较接近，则为普通的问题，如果两者的比例差别比较大，则为链特异性文库，一般文库的链特异性达到90% 可以认为文库是合格的。 如果...
...wn'),'Normal')) table(deg_common$regulate_g) # 合并转录组和蛋白质结果 merge_df <- merge(dep_common, deg_common, by.x='protein_id', by.y='#ID') # 基于调控关系进行分组 merge_df$type <- paste(merge_df$regulate_p, merge_df$regulate_g,sep = '_') types <- c('Down_Down','Do...
...确率为97.50%，对健康土样本的准确率为62.50%（I）。这一结果说明通过随机森林建立的模型得到的分类器对枯萎病发病和健康土壤的微生物群落特征进行了良好的区分。 总结 机器学习的文章，至少需要三组数据，训练数据集...
... = "TCGA-CHOL",files.per.chunk=10, method='api') # 保存整理下载数据结果 gene.data <- GDCprepare(query = query,directory = "TCGA-CHOL" ) #获得样本数据信息 sample.info.list=colData(gene.data)@listData sample.info=as.data.frame(sample.info.list[1:10]) #获得基因信息数据 ge...
...序列时才会体现速度优势，少量序列会感觉非常慢，而且结果也没有hmmer的更准确，尤其是对远源注释方面。
这是下载的数据： 这是我想要的结果：以样本名命名文件夹(3521-SR-2) 链接三个文件： 3219-SR-1 barcodes.tsv.gz features.tsv.gz matrix.mtx.gz 这里的步骤关键是如何批量提取文件中的样本名字，以下是我的提示语 让ai给我生成...