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文章 blast在linux上的用法

...阈值,缺省值10,意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果大于10,E值越小结果越可靠 -o:查询结果输出文件名 -m:比对结果显示格式选项,缺省值为0,即pairwise格式。另外还可以根据同的需要选择1~6等同的格式...

文章 使用官方gdc-client软件下TCGA数据

...ss-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下对应的版本,这里下windows版本。 2)将下的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、...

问题 试了很多版本,但就是挂上,无法共享文件夹,出现no such device

文章 ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 iTOL绘制好看的系统发育树

...像别人的那样漂亮吗? 来,我给你推荐一款强大好用的在线软件绘图工具—iTOL,让你的论文也有颜值担当! iTOL简介 iTOL是一款进化树在线展示及注释工具,操作比较简单,但功能非常强大。仅能够对进化树实现调整树枝、...

问题 老师,您好!根据您得帖子,我在BinGO分析做GOmaping时还是能完成,希望可以得到您得指导!十分感谢您!

https://www.omicsclass.com/article/339 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化。这是老师您写的帖子,我分析得是非模式植物,所以知道怎么整理GO注释得文件,希望得到您得指导,十分感谢您!

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问题 老师,我在提环基因序列cds以及pep时出现了插件报错的情况,检查过文件了,都有的。想问问是什么问题?而且您看我的那些中间文件,总是会出现某个txt文件内容为空的情况,只要用拟南芥的,就会这样

老师,我重新弄了新文件夹,从头来了一遍,可以替换了,但是做hmm的时候,显示我的文件存在是,然后我回去检查,用ee查看了文件就显示出这个了

文章 使用grep函数判断数组元素的有无

grep函数的使用: grep (/EXPR/, @array) #其中EXPR表示需要匹配内容的正则表达式,@array表示待匹配的数组,反向匹配使用grep (!/EXPR/,@array) 若使用标量接收返回结果,返回值为匹配的次数,使用数组接收,则返回值为匹配到的数组元...

问题 Cytoscape的CoNet插件相关性阈值的设定

        在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算时,我想设定pearson,spearman系数>0.6的边构建网络。         请问老师设置参数的时。是在进行permutation时设置,还是在进行Bootstrap时设置。此外我发现在设置相关性参数后...

文章 蛋白3D结构预测 3D Protein Structure Prediction

...型构建(模建)的步骤: ① 目标蛋白序列与目标序列的匹配:应用 FASTA 或 BLAST 搜索软件,在 PIR 、 SWISSPROT 或 GENEBANK 等序列库中按序列同源性挑选出一些同源性比较高的序列,然后把挑选出的序列与目标序列基序多重匹配,...

问题 老师,一般在鉴定基因家族成员时,成员最少为多少个就可以做家族分析,还是管多少个都可以做,我想着少于5个的话是是做出来的那些图就太好看了,就适合做了

文章 Perl数组排序--sort()函数

... } @words; 这里为了比较,我们调用lc函数返回参数的小写版本。然后cmp比较这些小写版本并决定原始字符串谁先谁后。 结果是 $VAR1 = [ 'bar', 'foo', 'moo', 'Zorg' ]; Perl对数值排序 如果对数值数组使用so...

文章 CORNERSTONE对话腾讯&华为敏捷专家

...这个循环的效率足够快,一个APP理论上来说都是两周一个版本,而像H5,小程序,WAP这种网页类的一般都是一周一个版本或者两周一个版本,如果按照这个循环规律去执行,那么一个产品如果是双周一个版本,那么在一年内大概...

文章 perl自动获取网页上的信息

...    my $content = $resp->decoded_content;         # use Regex get page title from $content         if ( $content =~ m{<title>(.*)</title>}si ) {             # <title>(.+?)</title> (.+?) match title string, use () to store this str at a special variable $1 (...