找到约 15 条结果

问题 gzip: Phaseolus_vulgaris.PhaVulg1_0.45.gff3: Protocol error

问题 有参转录组分析，合并样本count值文件报错。

python $scriptdir/merge_gene_count.py -p all_gene_count -f normal_rep1_gene.tsv -l normal_rep1 -f normal_rep2_gene.tsv -l normal_rep2 -f normal_rep3_gene.tsv -l normal_rep3 -f tumor_rep1_gene.tsv -l tumor_rep1 -f tumor_rep2_gene.tsv -l tumor_rep2 -f tumor_rep3_gene.tsv -l tumor_rep3 Traceback (most...

文章 对组装结果中GAP左右批量设计引物

...：perl高级编程课程 #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);use Bio::SeqIO;my $BEGIN_TIME=time();my $version="1.0";# ----------------------------------------------------...

文章 wgd syn 报错 KeyError: 6.0

...ft/python/Python3/bin/wgd", line 33, in <module>     sys.exit(load_entry_point('wgd==1.2', 'console_scripts', 'wgd')())   File "/share/work/biosoft/python/Python-v3.9.16/lib/python3.9/site-packages/click/core.py", line 1130, in __call__     return self.main(*args, **kwargs)   File "/...

文章 SAW华大时空软件使用

...tomics.tech/service/new-saw-operation-manual.htmlsaw count \    --id=Demo_Mouse_Brain \    --sn=C04042E3 \    --omics=transcriptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=/saw/datasets/mask/C04042E3.barcodeToPos.h5 \    --organ...

问题 为什么这两次是一个文件，只是改变了核数，输出的结果却不一样了

for i in Z102A; do > echo  "RUN CMD: bwa mem  $BWA_INDEX  $workdir/2.data_qc/${i}_1.clean.fq.gz \ >         $workdir/2.data_qc/${i}_2.clean.fq.gz -t 16 -M \ >         -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ >         |samtools view -bS -h - > $workdir/...

问题 vcftools无法使用

运行vcftools --gvcf 1kGP_high_coverage_Illumina.chr1.filtered.SNV_INDEL_SV_phased_panel.vcf.gz --plink chr1_3202_2022_phased时显示vcftools: /lustre/lishilin/anaconda3/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by vcftools)错误，但我没有管理员权限，该...

问题 vcftools无法使用

运行vcftools --gvcf 1kGP_high_coverage_Illumina.chr1.filtered.SNV_INDEL_SV_phased_panel.vcf.gz --plink chr1_3202_2022_phased时显示vcftools: /lustre/lishilin/anaconda3/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by vcftools)错误，但我没有管理员权限，该...

问题 flexbar2.2去接头的时候遇到的报错问题

...-min-overlap 7 --adapter-trim-end RIGHT --adapters /root/demo/refs/illumina_multiplex.fa --phred-pre-trim 13 --max-uncalled 300 --min-readlength 25 --threads 1 --source /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq.gz --source2 /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build3...

问题 报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

请教一下，我在构建进化树的时候出现这个报错，是不是因为我整理数据的时候有重复的单个文件呀？遇到这种情况，我应该怎么处理呢？

问题 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

老师您好，请问我按照给的代码运行脚本后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总是显示 文件大小为0，打开时显示“格式错误，文件已损坏”。请问这该怎么解决呢？非常感谢 老师，我刚重新运行后，看到错误提示是：Er...

文章 perl处理文件路径

...明：  1. 方法basename 只取文件名，例如 /wangq/project/4910_Epididymal.fq.gz 则输出 $filename ==> 4910_Epididymal.fq.gz; 2. 方法dirname 只取路径部分，例如 /wangq/project/4910_Epididymal.fq.gz 则输出 $path ==> /share/nas1/wangq/project;3. 方法filepar...

文章 inferCNV 测试

...你的cell来自多个病人建议按病人分组，并添加   --cluster_by_groups 参数，infer CNV会按病人分组再聚类 Rscript ../infercnv.r -i ../BCC_GSE123813.qs  \   -r "T_cells"   --annotations_file  ../cellanno_selected.tsv  --gene_location ../hg38_gencode_v27.txt \   ...

文章 rocks7 集群安装笔记

...里也提供度盘资源： 链接：https://pan.baidu.com/s/1nLjxZ0VnmbR_QUEfFS0rAA 提取码：87ds 2、镜像部署 镜像悉数下载完成并检查文件完整性无误后，我们来对镜像进行部署；下载的镜像文件存放：D:/rocks/roll-server/rolls 目录下； docker ...

问题 使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能的问题

老师，你好！在使用 singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda activate picrust2 命令激活picrust2功能时，会遇到如下图片所示意界面，按照提示运行singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif conda init <powershell>...