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文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...是很好看呢？其实这种图我们也是可以画出来的。 在 如何绘制SNP密度图 文章中，我们利用R中的 CMplot 包绘制了SNP密度图，其实 CMplot 包还可以绘制曼哈顿图哦！这里就来说说具体怎么操作吧。 CMplot 包链接：https://github.co...

文章 打破部门壁垒，提升跨部门协作效率，让沟通更加有效

...己的个人目标努力，而忽视了公司的总体目标。 三、如何做好跨部门协作 一个企业无论规模大小，内部必然需要成立相互独立的部门，通过合理分工，才能实现每个部门单元有效运作，实现企业目标和组织绩效。所以，...

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...肠GEO数据挖掘案例解读-植物篇（拟南芥重金属）GEO数据如何挖掘？案例解析！胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解IF:8.8|TCGA+ceRNA+肝癌文献解析IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路（GWAS Catalog）

文章 如何处理矫正GEO数据批次效应（batch effect）

...成为干扰实验结果的因素，这个效应就是batch effect。 如何检测是否存在这种效应呢 最简单的就是记录实验中时间这个变量，然后对差异表达的基因进行聚类，看是否都和时间相关，如果相关就证明存在batch effect。 同样，如...

文章 提取miRNA前后500bp序列

在提取miRNA前后500bp序列时，若没有其位置信息，提取会比较麻烦，可用以下方法提取： 1.首先利用blast软件将miRNA的前体序列与基因组比对，获取前体序列的位置信息，比对方法： makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -t...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...图是一篇文献中展多分组差异分析的结果图，今天教大家如何使用R语言绘制一张类似的图。 加载需要的包 # 1.安装CRAN来源常用包 #设置镜像， local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repo...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

...ing.gff3文件正常生成了，请问warning对结果有影响吗，应该如何解决？谢谢！ agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute gene_biotype --value protein_coding -t '!' -o ga_protein_coding.gff3 Indeed we changed the ID for this L1 feature to be unique ...

文章 IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路（GWAS Catalog）

...肠GEO数据挖掘案例解读-植物篇（拟南芥重金属）GEO数据如何挖掘？案例解析！胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解IF=6.58|铁死亡相关lncRNA预测头颈部鳞状细胞癌预后文献解析

文章 使用evolview美化进化树

...最后来一个组合图，看看设置的效果，当然我只是教大家如何使用，美观度上还是不足，见谅： 相关课程：基因家族分析实操课程   和 linux系统使用 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家...

文章 R语言基础入门—数组

...    8   11ROW3    5    9   12 访问数组元素 有关如何访问数组元素，请参考以下代码实现 - # Create two vectors of different lengths.vector1 <- c(2,3,5)vector2 <- c(7,8,9,11,11,12)column.names <- c("COL1","COL2","COL3")row.names <-...

文章 一文教你绘制九象限图

在多组学数据分析中，如何高效地揭示不同组学之间的关联是研究的关键。九象限图是一种直观的可视化工具，能够帮助我们清晰地展现两组变量之间的分布模式和潜在的生物学机制。 什么是九象限图？ 九象限图通过将两...

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...据所有细胞的相似性进行树状图聚类。 这里介绍几个比较重要的参数会影响结果： group_by_cluster参数，以下是官方说明 If group_by_cluster=FALSE, the dendrogram on the left is a hierarchical clustering of all non-reference cells. The first color column indi...

文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...拟南芥的共生草（三年17个地点共收集了16种草种），并比较了拟南芥根部和草根部之间的微生物群落组成（图a）。拟南芥和共生草中，一些微生物菌群组成分化受到限制。（图b）。拟南芥和共生草的微生物OUTs对比，反映了根...

文章 微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！

...分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。Alpha多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映丰富度和均匀度的综合指标。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度...

文章 Perl 子程序(函数)

...是一个 if, while, for, foreach, eval字符串。 以下实例演示了如何声明一个或多个私有变量： sub somefunc {     my $variable;    # $variable 在方法 somefunc() 外不可见     my($another,@an_array,%a_hash);    # 同时声明多个变量 } 实例#!/usr/b...