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问题 重测序过滤

老师您好,我公司返回来的过滤数据All.filtered.vcf.gz有441.37GB,之后根据课程0.1:vcfutils.pl  过滤掉indel附近的snp,all.varFilter.vcf.gz是173.01GB,#0.2:vcftools的结果文件clean.vcf是101.63GB,最后LD过滤之后剩余2.94GB,感觉过滤之后小了很多...

文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了!

...无需编程,分析脚本已封装好,复制粘贴即可分析自己的数据,边学边练,现场指导; ② 云服务器上教学,报名即送3个月云服务器使用权限,不用苦恼电脑配置不足,家庭版电脑系统不兼容问题,发送指令由服务器分析,自...

问题 P值与矫正后P值

最近分析的好多组数据矫正后P值都是这样,或者干脆全部是1,用limma包分析的,请问这是什么原因导致的呢?能不能直接用P值呢?

文章 IF=13.80 | 岗巴羊胃肠道微生物群落动态变化及其在植物生物量降解中的功能分析

...维的潜在功能,为高原反刍动物的消化机制研究提供重要数据支持。 02 — 研究结果 1. 数据获取和MAG分析 该研究在西藏自治区岗巴县(海拔4700米)的一处村庄农场开展,选用18只1岁龄、体重相近的岗巴公羊,随机分为三组...

问题 R语言ggplot2 做气泡图

报错如下,我的表格里的Pvalue 值设置单元格格式为数值了,仍然不行,需要怎么设置这列数据的格式呢?

问题 bandage中节点的深度

问题一:在bandage中节点的深度有500X,但实际上我的测序数据只有30X,为什么bandage中和实际的深度是不同的呢? 问题二:在bandage中,不同节点的测序深度差别很大,最低的深度有500X,最高的深度有5000X,请问是什么原因造成了...

问题 mapman Mercator注释碱基序列过长如何解决?

mapman Mercator注释碱基序列过长,fasta文件中“N”过多如何解决? 损失数据太多,无法继续。道友前辈们有什么解决办法么?

问题 gtf文件如何提取FPKM TPM

请问在Windows系统怎么从转录组的gtf文件(如图)提取FPKM TPM的数据?咱们课程的R一直下载不了BALLGOWN的R包,这个方法可以吗?具体该怎么操作?

问题 请问老师TCGA不同的癌症可以一起分析吗?

比如我把TCGA肺鳞癌和肺腺癌的全部数据下载,整体进行标准化处理,这样合理吗?

问题 求助mRNA ID 批量+1问题

你好,我在分析转录组数据是出现如下问题: 查资料发现你也遇到类似问题,看老师给出的解决办法:mRNA ID和基因ID相同了,你把所有的mRNAID后面批量加一个.1,请问你这个问题解决了吗?

问题 samtools sort 时候报错

您好,我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa,得到的sam文件用samtools sort的时候报错,fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因?SAM文件这样的,谢谢!

问题 LD绘图

...Stat ${i}.stat     Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld 数据是50k的山羊SNP芯片,位点有43000个snp,做出来的图如下:感觉这个图不太正常,是哪个参数设置的不对吗?

问题 关于基因家族的鉴定

...某个物种的胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶,胰蛋白酶采用PFAM数据库提供的HMM文件鉴定,胰凝乳蛋白酶因为pfam上没有提供相应的结构域,所以采用了下载其他物种的胰凝乳蛋白酶进行blast,最后进行结构域验证的方法。最后发现鉴定...

问题 mapman秩和检验表格解读

...们的p-value值吗,越低显著性越高,是吗?2、Elements这项数据,有的和图中的方块数是相同的,有的值又比方块数少?{方块是20个,Elements是13},这是为啥?望指教,谢谢!! 

文章 ggplot包中geom_histogram()报错

再使用geom_histogram绘制频率分布直方图时遇到以下报错: 开始以为R包更新导致报错,后来检查发现输入文件有问题。 报错原因为输入文件中掺杂字符串,导致输入数据格式有问题。