老师您好,我公司返回来的过滤数据All.filtered.vcf.gz有441.37GB,之后根据课程0.1:vcfutils.pl 过滤掉indel附近的snp,all.varFilter.vcf.gz是173.01GB,#0.2:vcftools的结果文件clean.vcf是101.63GB,最后LD过滤之后剩余2.94GB,感觉过滤之后小了很多...
...无需编程,分析脚本已封装好,复制粘贴即可分析自己的数据,边学边练,现场指导; ② 云服务器上教学,报名即送3个月云服务器使用权限,不用苦恼电脑配置不足,家庭版电脑系统不兼容问题,发送指令由服务器分析,自...
最近分析的好多组数据矫正后P值都是这样,或者干脆全部是1,用limma包分析的,请问这是什么原因导致的呢?能不能直接用P值呢?
...维的潜在功能,为高原反刍动物的消化机制研究提供重要数据支持。 02 — 研究结果 1. 数据获取和MAG分析 该研究在西藏自治区岗巴县(海拔4700米)的一处村庄农场开展,选用18只1岁龄、体重相近的岗巴公羊,随机分为三组...
报错如下,我的表格里的Pvalue 值设置单元格格式为数值了,仍然不行,需要怎么设置这列数据的格式呢?
问题一:在bandage中节点的深度有500X,但实际上我的测序数据只有30X,为什么bandage中和实际的深度是不同的呢? 问题二:在bandage中,不同节点的测序深度差别很大,最低的深度有500X,最高的深度有5000X,请问是什么原因造成了...
mapman Mercator注释碱基序列过长,fasta文件中“N”过多如何解决? 损失数据太多,无法继续。道友前辈们有什么解决办法么?
请问在Windows系统怎么从转录组的gtf文件(如图)提取FPKM TPM的数据?咱们课程的R一直下载不了BALLGOWN的R包,这个方法可以吗?具体该怎么操作?
比如我把TCGA肺鳞癌和肺腺癌的全部数据下载,整体进行标准化处理,这样合理吗?
你好,我在分析转录组数据是出现如下问题: 查资料发现你也遇到类似问题,看老师给出的解决办法:mRNA ID和基因ID相同了,你把所有的mRNAID后面批量加一个.1,请问你这个问题解决了吗?
您好,我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa,得到的sam文件用samtools sort的时候报错,fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因?SAM文件这样的,谢谢!
...Stat ${i}.stat Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld 数据是50k的山羊SNP芯片,位点有43000个snp,做出来的图如下:感觉这个图不太正常,是哪个参数设置的不对吗?
...某个物种的胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶,胰蛋白酶采用PFAM数据库提供的HMM文件鉴定,胰凝乳蛋白酶因为pfam上没有提供相应的结构域,所以采用了下载其他物种的胰凝乳蛋白酶进行blast,最后进行结构域验证的方法。最后发现鉴定...
...们的p-value值吗,越低显著性越高,是吗?2、Elements这项数据,有的和图中的方块数是相同的,有的值又比方块数少?{方块是20个,Elements是13},这是为啥?望指教,谢谢!!
再使用geom_histogram绘制频率分布直方图时遇到以下报错: 开始以为R包更新导致报错,后来检查发现输入文件有问题。 报错原因为输入文件中掺杂字符串,导致输入数据格式有问题。