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问题 蛋白结构域完整性的验证

...用NCBI中的CDD工具发现它的NBS结构域是完整的,但是用Pfam数据库验证又不是完整的,让人很迷惑。 到底该怎样去判断一个基因中包含的某个蛋白结构域是否完整呢?

问题 关于wgcna模块内基因数目的问题

...于table出来的数目。 我不知道哪里出问题,我看也没有数据剔除。请老师回答下。

问题 ITS测序的OTU聚类分析

...程讲解了不建议生成该文件),但是出现了下图的报错(数据库我已经换成了unite),只生成了biom文件但是没生成“rep_set.tre”,请问是哪一步出错了,谢谢!

文章 R语言、ggplot2的简单绘图(1)

#包的安装 install.packages("ggplot2") #包的加载 library(ggplot2) #用内置数据画散点图 a<-ggplot(diamonds,aes(carat,price))#赋值给a a+geom_point() #出图 注:需在英文状态下输入 如果错误,请联系我,谢谢!先试试能用不这个!

问题 pi_smooth_line_plot.r作图问题

您好,课程中讲解的是将示例数据中的wild和cultivated两个文件分开作图的,请问可以将两个文件作到一张图么?

文章 Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

...#安装和配置psutil和matplotlib包 二、配置GetOrganelle自带的数据库(SeedDatabase 和LabelDatabase) get_organelle_config.py --add embplant_pt       #配置高等植物质体基因组库get_organelle_config.py --add embplant_mt       #配置高等植物线粒体基因...

问题 qRT-PCR的结果中Ct值在25-32之间

如题,qRT-PCR的结果中Ct值在25-32之间,请问这样的数据能用吗?

问题 蛋白质全长多序列比对

...序列比对看看,结果发现序列缺失,如图:,但是前期在数据库看的时候确实有这个结构域如图,打开WRKY_pep_final_aligned文件后发现是这种情况:,但是其他序列比对后是,感觉是muscle -align WRKY_pep_final.fa -output WRKY_pep_final_aligned.fa...

问题 plink怎么设置样本的PPID,MID,Sex信息?

我的家系信息和性别信息在.ped文件中都是缺省值,但我实际的数据是有家系和性别的,保存在一个txt中,可以把他放到.ped文件中吗?

问题 我做的是Smartseq3,请问分析的流程和10xGenomics 一样么

比如数据提取过程,分析过程等

文章 annovar的染色体识别问题

...释之前,要尽量把染色体改成数字的形式,如果是NCBI的数据,也可以查询到NC编号对应的数字:

问题 老师您好!

老师您好!我用你们提供代码在GDC里面下载数据时候出现错误,错误代码如下: GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/...

问题 在转录组中找糖苷酶基因

老师:您好,我想在我的转录组数据中找相关的糖苷酶基因,由于基因组注释文件缺失,没办法利用基因组来找。我想知道用什么方法可以找全糖苷酶基因,望指教。我现在都是手动,从NR注释中查找与糖苷酶相关的基因,但是...

问题 基因组去冗余的选择

请问一下老师,我用hifi数据组装了一个植物基因组大小是307Mb左右,然后有330条contig。后面我用purge_dups和purge_haplotigs分别去冗余了,但purge_dups去冗余后有28条contig,purge_haplotigs去冗余后有69条contig,两种结果的BUSCO评估是一样的...

问题 基因家族鉴定

...几条也是连WRKYGQK结构都不全,也准备删掉,但是前面在数据库查看的时候为何不全的结构还是会显示WRKY结构域呢?还有一些序列比如这条,一条链是WRKYGQK完整结构,另外一条不是,但是最后显示的是另外一条不完整结构的WRKYGK...