找到约 15 条结果

问题 IsoSeq3分析中用lima去除测序引物和barcode没有结果

在用IsoSeq3分析时 1）ccs --minLength=200 --minReadScore=0.75 --minPredictedAccuracy=0.8 --numThreads=20 --noPolish --minPasses=1 --reportFile=test.ccs_report.txt test.subreads.bam test.ccs.bam  2）lima test.ccs.bam adapter.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi  在第二步生成的...

文章 获取virtualbox COM对象失败的处理办法

... win+r 快捷键打开 “运行”，输入regedit 打开注册表 2，找到 HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{00020420-0000-0000-C000-000000000046} InprocServer32 修改 第一行（默认）的值为 C:\Windows\system32\oleaut32.dll 3，找到HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{00020424-0000-0000-C00...

问题 请问转录组测序得到的同一基因序列在不同数据库得到的注释为什么不一样？

我做转录组测序，结果中有2个基因序列，它们在NR库中得到了相同的注释（gb编码相同），在Swissprot中得到的注释却不同。能解释一下数据库比对的原理吗？为什么会出现这种现象？

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

...能结合二代和三代的数据一起分析： 1.  环装RNA的分析 2. 转录起始位点的分析 3. 新基因分析 4.  可变剪切分析 5. 反义转录本分析 6. 可变ploy A 位点分析   除了分析这些内容，关键的是该软件还能够绘制比较漂亮的结果...

文章 对R包的操作（查询、版本、更新等）

...）         可以指定具体的安装路径和包的下载链接 2、加载 library()或require() (括号内指定包的名字） 3、包的查询         查询已安装的所有的包：library() 或installed.packages()（括号内为空，区别以上两项）         查询具...

文章 R语言补齐缺失值进行 聚类分析 PCA分析

... = T,row.names = 1,sep="\t") df=log1p(df) res.comp <- imputePCA(df,ncp=2) clustering <- hclust(dist(res.comp$completeObs), method = "complete") plot(clustering)

问题 为什么我hifiasm组装出来的文件基本都是空的呢？

..._output.fastq   #get primary contigs in FASTA awk '/^S/{print ">"$2; print $3}' hifi.asm.bp.p_ctg.gfa > hifi.asm.bp.p_ctg.fasta    这是运行代码

问题 mcscanX 绘制共线性圈图报错family_circle_plotter

...ager/ERFfamily/MCScanX1/family.ctl -f /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2_family.txt -o /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2.PNG 报错截图： 输入文件截图： 路径检查：

问题 转录组测序结果qPCR验证的log2FC怎么算的

老师，您好，我想问一下您这里https://www.omicsclass.com/article/446介绍的qPCR验证测序结果，其中相关性分析里Log2(FC)qPCR的值是三个样本的log2FC取均值吗？因为测序结果就一个FC，但是qPCR每个样本都有一个2^-△△Ct值呀？

问题 SeparateChromosomes2划分连锁群不合理怎么解决

我分析的群体是果树的F1，具有25条染色体，因此我想要分成25个连锁群。利用zcat p.call.gz | java -cp /mnt/e/QTL/20240813HLVCF/my_genetic_map/01.PrepareData/Lep-MAP/bin SeparateChromosomes2 sizeLimit=30 numThreads=10 data=-  lodLimit=$lod usePhysical=1  0.000000000001 >...

文章 【Linux】查看文件中的某几行（中间几行）

...00行开始显示，显示100行以后的head -n 100：显示前面100行 2、sed命令 sed -n '5,10p' filename   # 只查看文件的第5行到第10行。 3、grep命令 grep -C 5 Error filename  # 显示file文件中匹配Error字符串那行以及上下5行 grep -B 5 Error ...

文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...ana root microbiota. （拟南芥种群根微生物的大陆范围采样）2015年到2017年每年拟南芥开花阶段，作者沿着纬度梯度取样。其中，在瑞典有四个采样点，在德国有六个采样点，在法国有三个采样点，在意大利有一个采样点，在西班牙...

文章 miRNA合成以及miRNA命名

        MicroRNA （miRNA） 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNA也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个...

文章 MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits

... 1. 报错信息 在运行第六步（-S 6）的时候出现报错： 2. 报错原因 发现第六步执行： 在MITE_Hunter_worker3.pl这个文件中check发现在比对之前都没有问题，但是比对的时候选择的软件不存在了，所以未能生成aln文件 3. 解决办法 ...

文章 写论文崩溃？常委会委员建议：取消本科生、研究生发表论文的规定

...然无可厚非， 但是没有发论文就意味着你没有进行研究工作吗？显然也是不太合理的。 大家支持取消，或者不支持取消，都有各自的道理，可能是因为大家处于不同的阶段， 但是，有一种观点，学霸姐姐不是很接受， 那就...