问题 我使用OrthoMCL处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt，出现了问题，不知道怎么解决

问题 请问STRINGTIE输出的gene_abund文件中，不同样本的gene id 顺序不一致该怎么解决呢

问题 老师，我自己运行的下载命令和视频课中运行的下载命令不一样，我运行的没有下载，请问这是什么原因

问题 组装完成后，要用到quickmerge对不同的软件组装的结果进行合并，但是总是出现路径不正确，需要怎么处理呀，老师

问题 老师您好，我做MCScanX 进行blast建库时总是报错，文件前加上绝对路径也还是报错显示文件不存在

问题 老师好，我才开始接触生信。我先在NCBI下载了大豆的G基因的fasta文件。然后和水稻基因序列进行blastn对比得到了result2.txt 的文件结果。再通过Perl脚本运行得到evalue值小于e-5的基因ID名称文件。前面都能运行。现在我需要用Bioperl利用得到的符合条件的基因ID名称文件查找各ID对应的序列，但是网上的我试了很久，一直不行，老师能帮我看看嘛？

文章 picard进行ReorderSam时报错

...sam文件中的染色体进行重新排序： java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -jar picard.jar ReorderSam -I bam -O bam -SD dict 下面是两种常见的报错和解决办法: 1.bam has invalid uncompressedLength 以上问题的出现通常是由于bam文件无法和索引文件产生对...

问题 WGCNA计算MEdiss时报错

MES这个变量应该是正常生成了 但不知道为什么就是运行不下去 一直报错 换了数据格式也是报错的，不知道为什么，用自己的数据文件格式跟课堂给的数据格式对照过，没有问题，也把数据替换进示例文件中，都是这一步报错...

问题 请问转录组测序得到的同一基因序列在不同数据库得到的注释为什么不一样？

我做转录组测序，结果中有2个基因序列，它们在NR库中得到了相同的注释（gb编码相同），在Swissprot中得到的注释却不同。能解释一下数据库比对的原理吗？为什么会出现这种现象？

问题 借助转录组辅助基因组注释

...s --MAX_INTRON_LENGTH 1000000 这步时报错， minimap2 TRINITY_GG_8151_c3_g1_i1 122192 1151017 chr9_RagTag 1 + ? OK 30632781-30633198 99.8 100 41716.4 orient(a+/s?) align: 30632781(1)-30633198(418) minimap2 TRINITY_GG_17288_c9_g1_i1 248811 1151018 chr9_RagTag 1 - ? OK 30634002-30634247 100 1...

文章 Linux shell字符串截取

...最左边）一个 / 号及右边的字符 截取结果是    http: 5. 从左边第几个字符开始，及字符的个数 代码: echo ${var:0:5} 其中的 0 表示左边第一个字符开始，5 表示字符的总个数。 截取结果是  http: 6. 从左边第几个字符开始，...

文章 i遗传进化

########################################################### #XP-EHH 分析  https://github.com/szpiech/selscan cd  $workdir/05.select_sweep mkdir xpehh cd xpehh #vcftools --gzvcf $workdir/00.filter/clean.vcf.gz --plink --out myplink #selscan 不允许缺失 vcftools --gzvcf  $workdir...

问题 vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改

问题 原始数据标准化以后做的DEG跟原始数据直接做的DEG不一样，做标准化的意义是什么？

问题 请问一下用CoNet构建网络第一步不添加分类信息，应该哪一步加入，具体格式是什么样的？