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文章 非负矩阵分解（cNMF）

...合结果可以用于各种功能分析。例如Jaccard相似性分析，比较基因功能集合与细胞类型的相似性，应用于癌症数据中可以帮助判断癌细胞的细胞来源以及研究癌细胞的异质性。另外，将功能基因集合进行富集分析（如GO和GEVA）可...

文章 R语言scale()标准化

...可以对数据进行处理，标准化（归一化）在一定的范围，比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般是一个矩阵，也可以是一个数值向量 center--是否中心化 scale--...

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...是在NCBI下载的）不知道老师们能不能出一期视频讲一下如何解决这个问题，以及怎么手动修改错误的数据

问题 最新qiime2教程16S注释报错

...s-results 运行过后出现下面的报错，请问各位大佬/老师该如何解决呢？ /biosoft/miniconda/envs/ampliseq-q2/lib/python3.8/site-packages/sklearn/metrics/pairwise.py:1776: DataConversionWarning: Data was converted to boolean for metric jaccard   warnings.warn(msg, DataConver...

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...总，现在使用命令collapse_samples.py，对样本进行组间差异比较，具体的组别为group和type，现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line，试过很多方法无法解决。###代码如下： mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #...

文章 merge_metadata_genexpdata.r 在metadata中添加基因表达数据

...用举例： 将免疫浸润的结果合并到metadata中方便后续做比较分析： Rscript $scriptdir/merge_metadata_genexpdata.r -m  ../08.Nomogram/nomogram_metadata.tsv -g ../03.TIME/immu/timer.res.tsv \   -b barcode -p metadata_risk_score_timer 脚本获取与使用课程：https...

文章 医学突破的先锋--CRISPR介导的HeLa细胞基因编辑 | 源井生物

...这些细胞在不断供应的营养物质下持续繁殖，并在不到24小时内生产出新一代的细胞。与许多肿瘤一样，Hela细胞具有错误组成的基因组，其中多个染色体有一个或多个拷贝：正常细胞有46条染色体，而Hela细胞包含76至80条染色体...

文章 perl 多线程

...";       }#输出程序结束的时间，和程序开始运行时间比较，看程序运行性能；print localtime(time),"\n";  #下面就是每个线程引用的函数；sub ss()  {   my ($t,$s)=@_;    sleep($t);       #sleep函数，睡觉；以秒为单位；    ...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

...检测,在基因组组装效果不理想的情况下，可以通过相互比较来自不同样本的恒定长度k的序列（称为k-mers）集，来识别更广泛的遗传变异类型，如 SVs 等。Voichek[7] 等人基于 k-mer 的 GWAS (rfGWAS)方法，对拟南芥、番茄、玉米等2000个...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...变异数据库(Database of Genomic Variants，简称 DGV)中的 SV 进行比较，输出该变异位点处已经被报导的 SV gwasCatalog：检测变异位点是否在以往的 GWAS 研究中被报导，表示该变异位点与哪些疾病相关联，“.”表示没有GWAS 报导 Repeat：重复...

文章 对组装结果中GAP左右批量设计引物

...primer3设计引物[2]3.用Epcr ，在fasta上电子PCR，去除有多处比较的引物,保证引物扩增的特异性[3][1] MISA:Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-derived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.).[2] Primer3: Untergasser A, Cutcutache I, Ko...

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用（linux）

... Docker 技术比虚拟机技术更为轻便、快捷。 下面的图片比较了 Docker 和传统虚拟化方式的不同之处。传统虚拟机技术是虚拟出一套硬件后，在其上运行一个完整操作系统，在该系统上再运行所需应用进程；而容器内的应用进...

文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

...挂载它，如果挂载，将它挂载在硬盘的第一个分区，应该比较稳妥。一般来说，挂载的分区只要100M大小就足够了 更多详细分区与磁盘管理  ： https://www.omicsclass.com/article/1173 3.2网络配置 配置主机网络固定IP，避免重启IP更...

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...编先给大家群体遗传进化分析内容中的进化树构建；教您如何利用重测序获得的SNP数据构建系统进化树，关于进化树的构建原理见：进化树构建原理。 构建进化树的软件 构建进化树的方法和软件很多，前面我们讲解构建进化...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...lpk glpk-devel 然后再安装：install.packages("igraph") 安装时间会比较长。如果仔细观察的话，会发现g++的命令中会指定加入-lglpk选项用于加入相关的库进行编译。g++ -m64 -std=gnu++11 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -o igraph.so AMD/Source/amd.o AMD/...