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文章 IF5=7.8 |骆驼蓬属(Peganum)染色体水平基因组组装与群体遗传进化分析

...,文章整合了全基因组选择清除、基因组分化岛和转录组数据,以识别驱动物种分化的适应性基因。基因组选择清除发现多裂骆驼蓬的部分DNA修复基因(如POLD1)受到了强烈的选择作用(图b),并且表现出高度的分化(图c)。...

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明: usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                    ...

问题 过度均一化?

...并之前一般我都会normalizeBetweenArrays矫正一下,每个芯片数据矫正后merge在一起,然后用combat的批次矫正,批次矫正后,在做差异分析前我又用normalizeBetweenArrays矫正一遍,这样行吗?

问题 有参转录组

我运行单个样品数据,导致出现红色部分。后来我把多个样品合并在一起再运行,则运行成功。所以出现红色部分的原因因为只有一个样品。如果是一个样品又该如何修改脚本内容。难道是下面一个参数?,但是修改了结果一样...

问题 wgd解析运行不了??

解析之前,按照课程的和脚本的要求准备了相应的数据。然后,wgd命令输进去后,显示未找到命令?到底是什么情况呢??是服务器上没有安装相关的脚本或软件嘛??

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误,求老师解答。

...mo中的基因数量不同,demo中319个基因,而自己练习生成的数据是92个,为了排除bug原因,尝试使用demo中normal_vs_tumor.DEG.final.tsv 进行KEGG富集,发现依然如上报错。使用chatgpt查询代码错误,提示检查输入ID和处理未映射的基因ID。...

问题 http://peppersequence.genomics.cn/

请问一下,为什么辣椒基因组数据库打不开?

问题 关于BLUP值计算的问题

只有一个性状的两次重复数据,如何计算BLUP值,以及能计算出遗传力,不会后续的工作了。

问题 genome

我想问一下,下载山羊基因组的时候,gff文件有两个一个Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz, 一个是Capra_hircus.ARS1.113.gff3.gz, 我想问一下这个两个有什么区别,我如果比对重测序数据的话,下载哪个比较好?

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

...这篇文章https://www.jianshu.com/p/0e48facb3786,我试着用自己的数据去跑这个流程,前面都很顺利,就是在比较男女之间基因表达差异那里出了错误,因为我的数据是从小米的根,茎,叶三个不同组织里得到的,所以我想比较这三个不...

问题 GATK硬标记过滤速度慢

老师好,请问如果加快GATK硬标记过滤的速度,发现一天几乎是只生成1-2G的数据,太慢了

文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...显著差异。” 01 — 基因组获取与注释 从 NCBI Assembly 数据库获取11个凤蝶属不同物种的基因组,并以P.bianor基因组为参考,去提升其它10个物种基因组的完整性。 从NCBI数据库获取来自凤蝶物种的134个RNA-seq数据集,针对物种...

文章 sklearn中使用pipeline重复处理测试集

...部步骤的流式化封装和管理,可以很方便地使参数集在新数据集上被重复使用。 可以用于下面几处: 模块化 Feature Transform 自动化 Grid Search 自动化 Ensemble Generation import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom sklearn.linear_model im...

文章 lm()多元回归分析结果解读

...***************************************** 现在有一批气象站点的数据,某研究想看一下站点的温度与高程和经纬度的关系,其实重点是温度随高程的变化(学界称之为气温直减率),具体的应用需求是建立温度与高程、经纬度的线性模...

文章 解读:2019年度高被引科学家名单透漏出哪些信息?

...功底的重要量化指标,通过每年度的“高被引科学家”的数据分析,甚至可以预测出诺贝尔奖得主。中国超越英国,排名第二!在2016年,中国“高被引科学家”人数还排在全球第4位,位于英国和德国之后,到今年,已经全面超...