找到约 15 条结果

问题 TCGA生存批量分析

数据事先整理好这样之后我利用这个代码运行,但是有个代码没看懂,就是log_rank_p那步,图中标红框的那个2代表的含义,

文章 IF5=7.8 |骆驼蓬属(Peganum)染色体水平基因组组装与群体遗传进化分析

...,文章整合了全基因组选择清除、基因组分化岛和转录组数据,以识别驱动物种分化的适应性基因。基因组选择清除发现多裂骆驼蓬的部分DNA修复基因(如POLD1)受到了强烈的选择作用(图b),并且表现出高度的分化(图c)。...

问题 GSEA分析为何

利用GSEA分析之后,出现的结果里面突然不明白,Table: GSEA details 里面应该是包含这个GO set的所以基因的意思,后面yes表示上传数据有这个基因 那个core enrichment含义是什么。。。。

问题 TSS转录起始位点确定。

请问除了在数据库里找到注释的方式外,还有其他方式能够找到TSS位点或什么实验能验证TSS位点不?

文章 轻松搞定Krona图

...视化可交互式的,他采用多图层饼图,可交互式探索层级数据,可动态的显示物种各水平的丰度信息。KRONA图看起来会很复杂,但其实绘制并不麻烦,通过安装插件在Windows当中完全可以自己搞定。话不多说,我们直入正文。 Kron...

文章 2020考研340万人:研究生毕业这么难,你们为啥还要考研?

...究生考试只剩26天了。。。 而你还在刷手机。。。 据数据推测,2020考研将难到吓人! 2019年考研人数是290万,增幅21.8%, 根据这一数据,有网友推断2020年考研人数将增至340万,比2019年多50万人, 考研人数增加,但是招生...

问题 wgd解析运行不了??

解析之前,已经按照课程要求准备了相应数据放置在文件夹内,然后运行wgd解析时候,出现未找到命令。这个是系统服务器未安装相应脚本或软件呢??还是???

文章 IF=4.8|对4种天南星科植物基因组进行WRKY基因家族分析,并分析其在魔芋中的表达

...了鉴定和分析。 之后以魔芋为研究对象,利用转录组学数据,检测了AkWRKY在不同组织和球茎发育阶段的表达情况。 01 — 分析内容 1. WRKY家族成员鉴定及理化性质的计算 文章利用BLAST比对和HMM搜索(PF03106)进行4个物种全基...

问题 下载srr文件

https://www.omicsclass.com/article/1703      用链接的方法下载srr, “data assess下面的数据可以直接复制链接到迅雷下载”,但是那个链接用迅雷和edge浏览器根本打不开,是什么原因呢?

文章 修改单细胞转录组分组

...library(qs)      # 用于快速读写R对象的包library(dplyr)   # 数据操作包# 从指定路径读取Seurat对象obj = qread("cnv_celltype_all.qs")# 使用dplyr包对对象的元数据进行操作obj@meta.data <- obj@meta.data %>%  mutate(    STAGE = case_when(        Stage ...

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明: usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                    ...

问题 bwa比对

单个样本有加测数据,bwa比对时候代码也能直接用吗?$BWA_INDEX  $workdir/data/clean/W${i}A/*1.fq.gz \         $workdir/data/clean/W${i}A/*2.fq.gz -t ${THREADS} -M \

问题 重测序

我在做重测序分析中的call SNP, 我发现一个山羊的测序数据call snp 运行了两天还没有结束,是不是我给的内存太小了,我的服务器的内存是128G, 我给了100G, 是不是太小,请问给多大合适,需不需要加大内存?

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误,求老师解答。

...mo中的基因数量不同,demo中319个基因,而自己练习生成的数据是92个,为了排除bug原因,尝试使用demo中normal_vs_tumor.DEG.final.tsv 进行KEGG富集,发现依然如上报错。使用chatgpt查询代码错误,提示检查输入ID和处理未映射的基因ID。...

问题 过度均一化?

...并之前一般我都会normalizeBetweenArrays矫正一下,每个芯片数据矫正后merge在一起,然后用combat的批次矫正,批次矫正后,在做差异分析前我又用normalizeBetweenArrays矫正一遍,这样行吗?