...这样的,这是我拿到的VCF文件,我想生成SNP表来进行GWAS分析,我有一下几个问题: 1.REF和ALT如果显示碱基数量大于一个,但是只有一个有差异,那我在生成SNP表格的时候是按照那个不一样的表示吗? 2.关于样本的命名:每一个...
awk的正则表达式匹配中,如果要使用外部shell变量,先在变量外加双引号,再加单引号即可,如: for i in read write print; do cat file.txt | awk '{ if ($7~/'"$i"'/) {print $0} }'| wc -l ; done 在写shell脚本时,经常会使用到awk程序。但是有些...
今天的《转录组代谢组结果解读及个性化数据分析》课,安老师在课程最后面说到:在RStudio上用setwd()命令可以修改数据资料路径,我在D盘建立了新的空的文件夹20251124_data和20251124data,用setwd("D:/20251124_data")和setwd("D:/20251124data")...
这是因为你在docker容器里面删除数据,容器一直挂在后台导致quota没有及时更新 应该及时清除容器,这样quota才刷新存储限额: docker rm -f $(docker ps -qa) #删除所有容器 参考:https://unix.stackexchange.com/questions/156897/why-does-du-...
图1是基因组评估问题,图2是进行hifiasm三代组装出现的问题,, k的取值对评估结果影响大吗,比如k取17或者19
老师,您好,在学习《动植物基因组组装与注释分析实操》中的基因组重复序列注释时,想确认两个问题: (1)为什么不直接用genome.fa做注释,而是先用contig.fa做注释,然后再用liftOver将contig repeat GFF 转换成 genome repeat gff? ...
我想检测根际土及根内生真菌多样性?需要注意什么?
...的数据, ID TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13 TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31 TCGA-BR-7715-11A-01R-2055-13 TCGA-EQ-8122-01A-11R-2343-13 TCGA-BR-7704-11A-01R-2055-13 TCGA-VQ-A91Y-01A-11R-A414-31 TSPAN6 5.607434 4.574163 14....