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文章 鉴定组装植物病毒——系统详尽的植物病毒学！

...式检测及克隆..............................…9910. 植物siRNA测序数据中鉴定病毒siRNA及分析方法...........................11111. 高通量测序鉴定病毒..................................................…12512. 类病毒诱导RNA沉默产生的类病毒特异小RNA分析及...

问题 survey图

我做的是异源四倍体，我用的GenomeScope1.0 基因组评估（没用2.0），出来的图有两个峰，这是测序数据有污染吗？

问题 重测序比对

老师好，想问下用华大平台测的二代数据，用bwa mem比对到参考基因组上时，-R参数里的tPL后面该写什么？

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...esholds based on what the distributions look like for the truth set 评估数据来源：1000Genomes 中的 whole genome trio 基因组重测序数据分析视频课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码：

文章 非小细胞肺癌 （GSE139555）

数据下载与整理： wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE139nnn/GSE139555/suppl/GSE139555%5Fall%5Fmetadata.txt.gzwget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139555&format=file" -O GSE139555_RAW.tartar xvf GSE139555_RAW.tarcat map.txt|while read g s p;do  m...

文章 bugbase指定表型预测

.../ampliseq-q1:v1.2 2.生成指定表型的预测文件（运行默认为16S数据） make.user.table.r -i costom_pathway/ 参数说明 -i    准备好指定表型的文件目录 运行成功后，目录下会出一个过程文件intermediates（红色）和需要的指定表行预测文件...

问题 aspera下载报错

docker中用aspera下载ENA中的数据，提示授权失败，请教原因和解决方法。

问题 PSMC分析

请问老师，同一批处理的数据，16个地理种LNSY.pdf群，只有两个种群的结果正常，其他都是一条直线，检查bam文件也是正常的。这是什么原因呢？

问题 有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

老师，您好： 我在做有参转录组的数据分析的过程中，第五步发现一个问题。请老师帮忙解答一下，万分感谢。  [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ] [1] "create DEG_list object is over" [1] "the number of origin gene is 27781" [1] "the numb...

问题 重测率，比对率

在做重测序中，得到了每个样本的比对率，测序深度，覆盖度。怎样才能合并这些样本，一次可以得到几百份的数据。因为有几百个样本。

问题 segentation fault

我的linux是win10子系统ubuntu,运行PopLDdery就出错，并且我的数据及代码没问题，我用云服务器跑着测试过。

文章 基因ID 转换

经常遇到不同的数据库，采用不同的基因ID ，要想联合分析，需要统一ID，这就涉及到到ID的转换，介绍几个ID转换的网站:    1. UniProt ID mapping      2. DAVID     3. bioDBnet

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞转录组数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释，或...

文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...势（图c）。 文章链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31900452/数据链接：https://github.com/ththi/European-Root-Suppl此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-...

问题 提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

...个基因名称才对？ 基因组注释文件gff3中一开始显示的数据如下图： 各种染色体编号之后，还有bd_数字1×数字2。。这是某编号染色体的补充数据吗？？实在有点懵。