老师，您好： 我在做有参转录组的数据分析的过程中，第五步发现一个问题。请老师帮忙解答一下，万分感谢。 [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ] [1] "create DEG_list object is over" [1] "the number of origin gene is 27781" [1] "the numb...
我的linux是win10子系统ubuntu,运行PopLDdery就出错，并且我的数据及代码没问题，我用云服务器跑着测试过。
经常遇到不同的数据库，采用不同的基因ID ，要想联合分析，需要统一ID，这就涉及到到ID的转换，介绍几个ID转换的网站: 1. UniProt ID mapping 2. DAVID 3. bioDBnet
...影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞转录组数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释，或...
...势（图c）。 文章链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31900452/数据链接：https://github.com/ththi/European-Root-Suppl此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-...
...个基因名称才对？ 基因组注释文件gff3中一开始显示的数据如下图： 各种染色体编号之后，还有bd_数字1×数字2。。这是某编号染色体的补充数据吗？？实在有点懵。
老师好，我用的sqlite 数据库 DATABASE=../04.PASA_assembly/${species}.sqlite 在进行第一次比较时报错。
... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...
麻烦老师解答一下，这个跟数据量有关系吗？
计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！
...前3天， 并且文章的作者是——韩国人，这篇文章的自杀数据也是基于韩国的全国性数据， 文章介绍里面这样写道： “自杀是全球最重大的公共卫生问题之一，2016年，全球年龄标化自杀率为每年每10万人中10.5例(10.5/10万)。而...
分析甲基化数据需要标准化吗？用什么方法
老师您好，请问在基于sqlite数据库运用pasa进行基因组注释时出现了以下问题，是什么原因呀，应该怎么解决呀
老师，在泛基因家族分析中家族成员存在缺失分析中，得到的家族基因成员较多，1240个，且大多数物种特优基因，想在系统发育树及存在缺失热图中不显示这些物种特异基因，该怎么处理数据呢？
我用最新版的基因组数据进行序列相似性（blastp）和结构域分析，得到的基因家族个数只有别人文章里的一半。请问您觉得我是哪里出问题了？您有更准确的基因家族鉴定的方法嘛？