问题 宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

文章 Blast比对软件

...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...

问题 生物信息学分析软件

想学习一些分析DNA进化，起源、适应、synteny， 插入、重排、掉失、获得、二倍化、基因转录方向、排列顺序、启动子活性等的分析软件，但不知都涉及哪些软件，还望指点！有赏金！

文章 R 语言赋值运算符区别：`

...上文所说，如果不是有人会这么无聊在R 语言里进行数据分析时用 <-弄个这么坑爹的函数参数，这个赋值号的意义本身是很清晰的。<- 长得像箭头，实质上也是个箭头，如果觉得从右向左赋值让你觉得不爽的话，用 -> ...

问题 疾病与正常对照的微生物群落CoNet分析

老师，请问我在进行疾病与正常对照的微生态群落分析，在环境因子中无法设置连续变量值，是否可填入0、1进行分组分析呢？或者应该如何进行这类的网络分析？

问题 疾病与正常对照的微生物群落CoNet分析

老师，请问我在进行疾病与正常对照的微生态群落分析，在环境因子中无法设置连续变量值，是否可填入0、1进行分组分析呢？或者应该如何进行这类的网络分析？

问题 用tassel进行vcf和hapmap格式转换时，在对vcf文件排序时报错： Chromosome: name can't be null or empty。可是染色体都有名字呀，不知道哪里有问题，希望有懂的大神帮忙回答一下

在此之前已经通过grep -v -E "^##|^Contig"过滤掉以##和Contig开头的行了，染色体名字也从LG01转变成1了

问题 GWAS分析时，基于不同模型分析结果P值计算的膨胀系数相差很大，请问这是什么原因导致，该如何解决。

您好，我在做GWAS分析的时候，使用了MLM、FarmCPU和Blink三种模型，从QQ-plot图看，MLM拟合较好且膨胀系数为1.02，但FarmCPU和Blink都出现了较早的上偏，膨胀系数都大于1.2。我已经将PCA前5个主成分作为协变量进行群体结构校正了，请...

问题 关于基因家族分析中可能有问题导致结构无法分析得到的各文件截图

老师您好，这里是我大概文件的截图，其中转录本ID的话，我中间应该是有一步出现问题了，所以我后来又重新建立了转录本ID LIST文件，这一步怎么做的我给您截图了，麻烦老师您帮忙看看了！如果老师您觉得这样看不是很方便...

问题 老师您好，我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析，在GWAS分析之前，可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗？要是可以的话，重测序所需要的fastq格式的怎么弄，我现在只有基因型的格式（txt）

问题 老师就BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的这个我还有点疑惑

老师就是这个阈值计算，您的R里面需要提供3个参数，能否指导下这三个参数分别是什么呢？或者有没有示例数据和代码呢？这个我研究了好久都没搞懂 谢谢老师！ https://www.omicsclass.com/article/1305就是这个链接里面的R代码

文章 读博的目的，就是为了进高校当老师？真相是——

...就是为了毕业之后直接进大学当老师，一辈子就安安稳稳不用愁了! ...... 唉，还是太年轻了...... 你以为博士毕业了，就真的能当大学老师? 想进985/211院校当大学老师，至少得是博士+留学经验， 没有去海外镀个金，基本是...

问题 老师 在做WGCNA分析中，只有一份表达数据 没有性状数据。。能仅继续做共表达分析吗 应该略过哪段代码

问题 您好，我买了conet分析的课，用提供百度网盘的文件分析，总是显示错误，不能正确运行，请问您知道是什么原因吗？

问题 在进行基因结构分析时，原GFF文件里有UTR信息，但是提取出来的文件里没有，可以进行下一步分析吗