问题 在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

err.79151 15:54:41.391 WARN  GenomicsDBImport - GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes Written : 0 15:54:41.529 WAR...

文章 R语言宽型与长型数据转换tidyr包

...换。而今天所要学习的tidyr包可以看作是reshape2包的进化版本，该包的作者依旧是Rstudio的首席科学家，R语言界的大神Hadley Wickham。tidyr包往往与dplyr包结合使用，目前渐有取代reshape2包之势, 是值得关注的一个R包。 在tidyr包中，有...

问题 NCBI中下载SRA数据不成功

看了组学大讲堂里面的几篇贴子，用了2种方法都没有成功下载数据 第一种，按照操作方法获得了SRR List文件： 按照规律生成ftp下载地址： 粘到迅雷中发现都是空的。   第二种方法是获得了SraRunInfo.csv文件，如下： 在bi...

文章 GWAS与遗传进化中的一些名词解释

...的阈值严格，因为在病例中违反HWE法则可表明。GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq

问题 Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

...    --allow-extra-chr  --keep-allele-order #admixture 群体结构分析 for k in {2..8};do     echo "admixture -j2 -C 0.01 --cv admixture.ped $k >admixture.log$k.out"     admixture -j2 -C 0.01 --cv admixture.ped $k >admixture.log$k.out done 结果基本都这样admixture....

文章 ggtree绘图lable显示不全如何调整

...发育树文件并进行绘图。 当使用ggtree绘图出现lable显示不全的情况： p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tiplab(size=4)+ geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1)) ...

问题 二倍体高杂合基因组装，hifiasm初步组装的基因组大小比预估的大，可以先用purge_dup去冗余，然后再用nextpolish进行polish吗

...预估大10%，也就是100M。我分别用purge_dup和nextpolish进行了分析。purge_dup直接移除了一个40M的contig。nextpolish把每条大的contig都删去了6-10M左右。两个分析的结果虽然各有优劣，但都还是不理想。可以先用purge_dup去冗余，然后再用next...

问题 eclipse 安装好了，也打开了，不过安装不了Perl和pydev.既不显示，也下载不了

问题 win10怎么和Linux互相粘贴复制，下面截图中一直和视频中显示的不一样

问题 在获取染色体的长度信息的时候samtools faidx一直运行不出来，是为什么？

问题 跟拟南芥同源的基因太少，导致绘制不出来蛋白互作网络图怎么办

问题 老师，请问下载不来的link文件链接到原文件位置后到R在下载吗？

文章 circos当中的颜色介绍

...后一列染色体颜色的设置，这个文件染色体的设置，好像不支持其他颜色，大家一定要注意； 更多circos颜色设置可参考官方说明： http://circos.ca/documentation/tutorials/configuration/colors/lesson 更多生物信息课程：https://study.omicsclass...

问题 老师 您看一下 我分别用两种酶做的 一样做不出来

这种是mboI做出来的错误 这个是我用Dnpⅱ做出来的错误 老师  我想说的是两种酶都跑啦一遍都不能做出来  您看一下这两种错误 希望这次老师能给我解决 谢谢

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

...展成熟的MK-iPSC之后，iPLAT中敲除B2M（A，B）。流式细胞仪分析生成的CD41a + CD42b + iPLAT，以及imMKCL，iPLAT，JRC血小板和K562细胞（C，D和E）上B2M和HLA-ABC和HLA-E的细胞表面表达。 基因点突变iPSC的研究案例： 通过CRISPR/Cas9和iPS细胞...