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文章 linux之sed用法详解

...         s  ∶取代,可以直接进行取代的工作哩!通常这个 s 的动作可以搭配正规表示法!例如 1,20s/old/new/g 就是啦! 例子: sed '2,$d' file           #删除第二行最后一行 sed -n '2,$p' file        #显示第二行最后一行...

文章 Linux创建新用户时初始化环境变量文件

...存放配置新用户文件的目录,当我们添加新用户的时候,这个目录下的文件都会全部自动地复制新添加的用户的家目录下 /etc/skel/下的文件都是隐藏文件。 linux服务器在创建新用户时需要统一生成配置文件。这时可以使用/et...

文章 PubMed文献按影响因子排序

...文献按照影响因子进行分类,如下图所示: 做这个只需简单三步就能完成: 注册NCBI账号 :(如果有账号直接登录)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/进入PubMed 网页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed制作过滤器,保存并激活 最...

文章 给大家推荐两个预测植物顺势作用元件的网站

...ARE 地址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/,这个网站的优点就是很多文章使用,可以引用,缺点很明显:效率比较低,一次这能输入一条序列,出结果慢。

问题 是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3

课程中是用数量进行的TPS1/2/3命名,但是我感觉这个对研究命名好像没有什么意义,听课程里老师是这么说的,因为是泛基因组中的,我按照别的问答中老师说pan.list用同源聚类,这个是26个玉米基因组中的TPS,我是否可以按照...

文章 Shell字符串截取(非常详细)

...,只能从指定字符(子字符串)截取字符串末尾。Shell 可以截取指定字符(子字符串)右边的所有字符,可以截取左边的所有字符。 1) 使用 # 号截取右边字符 使用#号可以截取指定字符(或者子字符串)右边的所有字符,...

文章 如何鉴定测序文库是不是链特异性

...会存在一定比例的GC偏离。 但是这不是绝对的,有时候这个比例不是那么的明显。这就要采用更加准确的方法去统计Reads在基因的正反向的分布情况 2. Reads在基因正反向上的分布 要统计Reads在基因上的分布情况,需要将原始...

文章 bowtie2 将fasta序列比对参考基因组

...fasta reference_index 这里,reference_index 是输出索引的前缀。这个命令会生成一组以 reference_index 为前缀的索引文件。 2.将 FASTA 序列比对参考基因组: 假设你有一个名为 query_sequences.fasta 的文件,其中包含要比对的序列。使用以...

文章 docker 工具高级用法

... 问题1:有时候我们运行一条命令可能需要很长时间,在这个过程中无意间关闭了终端,我的任务还在运行吗?还可以继续吗? 答:我们的任务还在运行,不必担心,docker容器还在后台保持运行。这时候我们还可以再进入那个...

文章 教你如何使用u盘安装Linux系统

...为小编的一个朋友告诉小编的,然后小编就多了解了一下这个方面的内容,所以现在小编就再来将使用u盘进行安装Linux系统的安装方法来分享给小伙伴们。 第一步:制作Linux启动u盘 1,首先准备好大于的8G U盘一个,因为现在的...

文章 GSDS基因promoter区绘制顺势作用原件出现异常

...出现上述问题,例如: 解决办法,就是去除重复,将这个文件内容粘贴,excel 文件去除重复,重新绘制就会正常显示文章最开始的图。去除重复方法,如下图: 更多生物信息课程: 更多生物信息课程:1. 文章越来越...

文章 LASSO 回归分析原理与R语言实现

...Least absolute shrinkage and selection operator)一种数据挖掘方法,可以在模型参数估计的同时实现变量(因素)的选择,较好的解决回归分析中的多重共线性问题,并且能够很好的解释结果。 一、LASSO简要介绍        随着科技的进...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

...连锁图和QTL。区别于遗传图谱中遗传距离,我们这里直接可以基因在染色体上的物理位置信息,可以利用Mapchart画图。 软件Mapchart 下载地址: https://www.wur.nl/en/Research-Results/Research-Institutes/plant-research/Biometris-1/Software-Servic...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 需要测序多少合适?

...果要想覆盖大部分的基因, 需要测序数多少才合适呢? 这个问题可以采用数据来说话。 以人类的Universal Human Reference RNA(来自10个细胞系,增加样本内基因的多样性)为例,分别统计在不同测序量1cell 10个cell的情况下,基因...

问题 rocks系统,登录节点切换计算节点是,环境怎么一起同步呢

登录节点的环境都配置的比较好,但是有时候任务投递计算节点后,计算节点在运行的时候,系统环境用的是自己的,没有用登录节点的环境,导致报错,这里能不能ssh切换的时候,登录节点的的环境跟着同步