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文章 linux中sed 替换

...第十行sed -i '$s/A/a/g' file.txt       只替换最后一行sed -i '2,$s/A/a/g' file.txt       替换第二行到最后一行

文章 Rocky 9.0(Centos 9)服务器安装

服务器R430. 1.开机，F11进入boot manager。 2. 设置一次性USB启动。 3.修改服务器label，最大长度11个字符，再多就会报错。 选择第一行，按Tab键修改label。 移动光标，从后往前删到x。 删除后如下图，回车安装： 4.开始安...

文章 Blast比对软件

...tions: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identities, 2 = Query-anchored no identities, 3 = Flat query-anchored showing identities, 4 = Flat query-anchored no identities, 5 = BLAST XML, 6 = Tabular, 7 = Tabular with comment lines, 8 = Seqalign (Text...

问题 GATK 很慢，怎样分染色体CALL 变异

....bam \     -O ${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2 \     -ERC GVCF --tmp-dir $tmpdir 如果分染色体的话，怎样设置命令呢?

问题 老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

...ist却没有？我按照老师的指令awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=113;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list得到的这个表，请问是不是哪里需要修改呢？

文章 再挖TCGA，发篇SCI

...行TCGA数据库挖掘，就能发的SCI的金思路。接下来以一篇2018年7月30日发表在Cellular Physiology and Biochemistry（IF=5.5）上题为Genome-Wide Analysis of Prognostic lncRNAs, miRNAs, and mRNAs Forming a Competing Endogenous RNA Network in Hepatocellular Carcinoma 的文章为...

文章 CDS、ORF、cDNA、mRNA、外显子、内含子等区别与联系

...元件等都是DNA序列上的结构概念，mRNA里面是不包含的！ 2. cDNA： cDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA，是mRNA链互补的DNA链，其内部已无内含子等结构，值得说明的是，目前火热的二代测序均是先...

文章 分享转录组学与新一代高通量测序PPT讲义

...解、认识第二代测序仪产 生的生物数据常见的存储格式 2、通过实例了解转录组和miRNA的数据 分析思路及常用方法 • RNA-seq Transcriptome Technology • RNA-seq Data Format • RNA-seq Data Analysis Strategy • Case Report

文章 iTOL修改进化树的标签基因ID名称

...bel for leaf node 96064530 Oryza sativa45157 Cyanidioschyzon merolae237895 Cryptosporidium hominis184922 Giardia lamblia56636 Aeropyrum pernix3702 Arabidopsis thaliana33169 Eremothecium gossypii222523 Bacillus cereus ATCC 109871423 Bacillus subtilis216816 Bifidobacterium...

问题 老师，下载数据是出现图片这个错误，我该怎么办？

...我自己在TCGA里下载的数据有4个G，使用rstudio下载目前有2个G，我感觉还差一半。我重新跑了Rscript $scriptdir/tcga_gene_exp_download.r -p TCGA-KIRC  -m 这个代码，还是出现这个错误。接下来我该怎么操作？

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接...

文章 Ka/Ks与进化选择压力

...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接...

问题 用无参转录组做基因家族分析

...族来确定？是否还需要用hmmer对unigene的pep文件进行筛选？2.无参转录组筛选出的基因家族与基因组筛选出来的基因家族代表的意义是否一样？转录组筛选出的cluster是代表一个基因不同的转录本么？还是代表不同基因的转录本？谢...

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

.../gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -p /wtmp2/user049/yushiyan/phenotype/pheno.txt -c /wtmp2/user049/yushiyan/pca/cpca_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 Readi...

问题 获取保守结构域序列

...本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推 perl script/domain_xulie.pl  WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt  Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa  WRKY_domain_confirmed.fa 0.1