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文章 测序数据文件中MD5是个啥 ?不要无视我的存在!

...其实是错的,不同文件MD5可能会一样,但是概率非常非常,理解时不用太过在意)。 例如,我们常常在某些软件下载站点的软件信息中看到其MD5值,它的作用就在于我们可以在下载该软件后,对下载后的文件用专门的软件(...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...es.tsv.gz    features.tsv.gz    matrix.mtx.gz 这里的步骤关键是如何批量提取文件中的样本名字,以下是我的提示语 让ai给我生成bash命令批量完成: 点击链接查看对话详情: https://www.doubao.com/thread/w19bbe94b644bac3d 给我的命令: #...

文章 为考研有多拼?——这位医学生给自己扎针醒脑!

...硬核的吗? 这难道就是传说中的悬梁刺股? 嗯,这位哥学以致用,是个狼人! 当然也有学医的同学声表示:这是case,我们平时都是扎自己练手的。。。。 虽然是很拼,但这位同学是专业人士,大家就不要随意模仿...

文章 TWAS分析的原理和工具

...碍,少数已发表的表达和复杂性状研究比单独研究性状要几个数量级。因此,许多表达-性状关联无法检测到,尤其是那些影响较的关联。为了减轻样本量导致的功效降低,最好的解决办法是选取影响基因表达的遗传变异...

文章 2019年转录组文章该怎么写?

...过去,2019年的转录组文章到底该怎么写?难or易? 这里编给您带来一篇2019年1月21日发表在BMC Plant Biology(影响因子3.93,中科院分区二区)上的转录组测序文章。该篇文章样品不多,思路明了,分析简单,没有过多的复杂的补...

问题 如果提取基因一条代表CDS序列不成功,mRNA与CDS,GENE的ID都不一致(马铃薯数据库)

...把里面的全部mRNA全都改为cds时 显示   请问该如何修改脚本,可以得到基因对应cds的 ID呢   ST_PGSC_DM_v3.4_cds.fasta中的序列开头是>cds mRNA(格式), 如果可以让它们前后交换也可以,这样就可以用mRNA提取了 相关脚...

文章 perl中判断数组中是否含有某个元素

...和第二个参数间没有逗号! 看几个grep的列子: 过滤掉数字 my @numbers = qw(8 2 5 3 1 7); my @big_numbers = grep { $_ > 4 } @numbers; print "@big_numbers\n"; # (8, 5, 7) grep返回大于4的值,过滤掉不大于4的值。 过滤掉新文件 my @files = glob "...

文章 下载TCGA临床信息

...便。 那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例,看看如何下载数据。 # 加载需要的包 library(SummarizedExperiment) library(TCGAbiolinks) ########################################################### # GDC: https://portal.gdc.cancer.gov/ ##############################...

文章 跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析(PCA)

...作,那么如果我们用蛋白质序列,能不能做主成分分析,如何做呢? 答案是可以做,让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~ 文献思路 文献中的思路是先用Batch CD-Search批量提交序列搜索保守结构域,把感兴趣的(文献...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

比较基因组学,单拷贝直系同源基因研究物种遗传进化: 一篇查找单拷贝直系同源基因研究真菌遗传进化的方法,可以参考: Species tree construction and gene family expansion analysis Together with L.edodes, 26 fungal species assigned to Basidiomycota...

问题 非模式物种eggnog 批量注释,输出的pep.fa没有内容

...这个脚本用来做非模式物种,使用R 语言获得的org.Oar.eg.db如何才能加载到脚本中,或者说这个文件应该存放在什么地方?

问题 非模式物种eggnog 批量注释,输出的pep.fa没有内容

...这个脚本用来做非模式物种,使用R 语言获得的org.Oar.eg.db如何才能加载到脚本中,或者说这个文件应该存放在什么地方?

文章 文本去重并统计重复次数

...利用linux命令能实现好多强大的功能。本文这里举例说明如何利用Linux命令行进行文本按行去重并按重复次数排序。主要用到的命令有sort,uniq。其中,sort主要功能是排序,uniq主要功能是实现相邻文本行的去重。 用于演示的测...

问题 微生物多样性分析课程镜像ampliseq-q2运行出错:there is no package called ‘BiocManager’

...个包?是镜像ampliseq-q2中缺乏呢,还是系统本身缺少,该如何解决,谢谢!

文章 多基因组基因水平共线性分析

...因水平的共线性  和  基因组间共线性分析  里讲了MCscan如何做基因组共线性分析,这里再说说多基因组基因水平的共线性分析。 方法是两两基因组做共线性分析。还是以桃子,葡萄和可可为例,方法如下: $ python -m jcvi.compar...