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文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

...  --case S1 --control  S2 指定metadata 分组列名，分组里面的比较组名字，如果分组名字有空格，应该用引号引起来："Stage IA" --fdr 0.05 --fc 2 设置差异基因的筛选条件：显著性和差异倍数（默认fdr=0.05，fold change=2） 使用举例： ...

文章 层次聚类方法详解

...中的一个相异程度，两个绝对距离较大的对象在一个分布比较分散的数据集中的 Maholanobis 距离有可能会比两个绝对距离较小的对象在一个分布比较密集的数据集中的 Maholanobis 距离更小。更细致地来讲，Maholanobis 距离是这样计算...

文章 SNP不能转化成CAPS标记？来试试dCAPS吧！

之前在 如何将SNP标记转化成可跑胶验证的CAPS标记 文章中介绍了一种将SNP标记转换为CAPS标记的方法，今天，小编再给大家介绍一种应用范围更广的标记——dCAPS。 dCAPS简介 dCAPS听名字就知道和CAPS有很大的关系，它是由CAPS标记...

文章 获取关系矩阵（WGCNA)

...譬如A行，反应了基因A和ABC...12个基因之间的pearson相关性系数，如果需要进行pvalue值计算需要借助其他的函数 > correlationDat1=cor(dat1,method = "pearson",use="p")> correlationDat1            A           B           C...

文章 Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

...发者）完全手动安装和配置 使用conda安装简单好操作，比较适合小白，但会依赖各种各样的包，所以我使用了第二种安装方法。 一、安装GetOrganelle软件 mkdir software          #如果在根目录(利用cd进入的目录)下创建目录 softw...

文章 两个诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和个性化医学

...与移植后2个月使用iPSC WT KCs / FBs生成的3D HSEs进行组织学比较。 H＆E染色显示正常的表皮和真皮形态。在移植后2个月，使用LH7.2抗体通过免疫荧光（IF）染色（绿色信号）证明了C7的沉积。在校正的，突变的和WT异种移植物上对角...

文章 R语言用tidyr包进行长宽数据转换

...之势, 是值得关注的一个R包。接下来我们用例子学习一下如何使用tidyr包进行长宽数据转换。我们先建立一个简单的数据框：widedata <- data.frame(ID=c(1,1,2,2),                       Time=c(1,2,1,2),                       x1=c(3,4,5...

文章 最新基因家族分析文献详解-冬枣扩展蛋白基因家族分析-11月8日接收

...谈了，通过这篇发表于11月8日的文章来看，此类文章依然比较好发；家族基因鉴定、染色体位置分布及基因结构分析、系统发育分析、基因加倍复制事件及结合家族内基因表达模式分析，仅需这5块分析内容就可以发表一篇gene、B...

文章 总结：组织芯片在肿瘤研究中的应用及制备步骤

...一系列复杂因素导致的组内或批间差异，使一次性多样本比较分析的准确性大为提高，可以分析出各个肿瘤标本之间的更加细微的组学差异(例如蛋白表达谱)。其次，组织芯片上所取组织样本定位准确，无效组织的数量大大减少...

文章 轻松下载k8s.gcr.io，gcr.io，quay.io镜像

...quay.io是Red Hat运营的镜像库，虽然没有被墙，但下载还是比较慢，可以使用中科大镜像，如下所示：[root@k8scloude2 ~]# docker pull quay.io/kubevirt/virt-api:v0.45.0 #换成 [root@k8scloude2 ~]# docker pull quay.mirrors.ustc.edu.cn/kubevirt/virt-api:v0.45.0

文章 biolinux操作系统简介

...equence comparison viewer based on Artemis基于Artemis的DN序列可视化比较工具ampliconnoise1bl-0Programs for the removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons去除454测序PCR扩增噪音序列arb1:1bl1-3Graphical sequence and data analysis tools.图形化序列分析工具archaeoptery...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...究的可重复性应该不那么乐观， 不仅如此，大家一定也比较怀疑：一张社交网站的图像，真的能代表一个人的情绪状态吗? 还有，个人照片的快乐程度与其学术成就大小一致，这只能说明这2者有一定的相关性，但是因果性则...

问题 重复序列注释问题

...docker 镜像进行基因组重复序列注释时，出现如下错误该如何解决？  W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory; LD_LIBRARY_PATH...

文章 项目管理工具到底有什么用?

...生的是消极的影响，但是有时候也会出现积极影响。无论如何，不可预见的情况和风险影响任务的持续时间、进度、期限、预算、参与者等等。如果你从事一个长期而复杂的项目，风险管理这个功能是必须的。因此，为了避免不...

文章 你所不知道的，华为项目管理之道！

...议不是好事。但是，频率适当的会议可以使团队在问题尚小之前能够发现和解决。 在时间短、强度高的项目中，晨会对于团队成员汇报工作还是相当必要的。一些公司的晨会站着开，鼓励就关键信息作简短扼要的报告。 除...