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问题 Blast分析筛选不到串联重复基因

...析串联重复基因,没有筛选得到串联重复基因。把比对的结果导出来后,找到我的基因家族的基因全长,通过计算发现相对于较长基因的比对率都很低,然后发现我的cds文件并不是基因的CDS,而是mRNA的序列,请问是不是mRNA会比C...

问题 请问Divergence-Time是 T = K s /2 r 计算吗?

https://academic.oup.com/gbe/article/8/2/302/2574013 把KaKs_Calculator结果里面的ks除以2被的突变速率就是分化时间吗?

文章 内参基因的筛选

...的内参基因,取均值后校正目的基因,从而得到更可靠的结果。     如果与前人研究的物种相同,可直接利用文献中选择的内参基因;如果没有已知可用的内参基因,可用选择多个管家基因进行内参基因的筛选与验证,一...

问题 微生物16S分析时候,两端测序数据拼接

...hreads  7 \     --o-merged-sequences demux-joined.qza后,查看合并结果,发现合并前后数据少了特别多。例如:合并前正反向序列均为3万多,合并后就剩下4000多了,想问下是什么原因造成的?还能用于后续的分析吗?

问题 #运行MCSCANX 查找共线性 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT 出错

老师 共线性分析没结果!可是用拟南芥的就可以 是不是我文件的问题啊?我检查了也没检查出来问题。麻烦帮我看一下 谢谢!

问题 用无参转录组做基因家族分析

...题:1.无参转录组中有unigene的pfam注释文件,能不能直接搜索我要找的基因家族来确定?是否还需要用hmmer对unigene的pep文件进行筛选?2.无参转录组筛选出的基因家族与基因组筛选出来的基因家族代表的意义是否一样?转录组筛选...

文章 分享一个破解版 endnote X7 文献管理软件 带中文界面

...e当中方便管理: 例如我将我以前的文献批量导入得到的结果: 对于写sci论文需要插入文献的人来说 endnote是很好的文献管理工具;

问题 awk命令提取两个txt中第一列内容相同的行

有两个文件,想让第一个文件的第一列,如果与第二个文件相同的话,则输出第一个文件的整行,例如 第一个 1.txta b 1b d 2c r 6d w 3e t 9第二个文件2.txtac输出的结果a b 1c r 6 类似于从gff文件中提取目标基因的注释

文章 文章问题撰写及发布审核要求

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问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的?

老师好,GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选,但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师,有没有这部分的教程?

问题 vegan包问题请教

...问按照vegan包绘制物种累积曲线的时候,最后得不到图的结果,而得出以下内容: require(vegan)> otu <- read.table("C:/Users/CHEN/Desktop/otu_table.txt", header = T,+                   sep = "\t",row.names=1)> all <- specaccum(otu, method = "random")...

问题 请问老师我同学做简化基因组做物种鉴定,遇到这种问题。

...的序列上改一些核苷酸编码筹够另外2条吗?老师急着要结果  同学急着毕业,测序公司在WH,近期公司也不能工作。  很急!

问题 转录组的差异基因的注释

...是不是所要的目的基因?还是说,只要数据库里有注释到搜索的关键词,就可以默认有这个基因。

问题 WGCNA分析中模块与性状相关性与MM vs GS相反?

WGCNA分析中,在某红色格子里成负相关(p<0.05),然后在做Module membership vs. gene significance时,结果反而为正相关,也有意义,可以帮我解释一下吗?性状都是二分类,0,1. 谢谢!

文章 进化树构建的方法及原理详解

...得最慢的贝叶斯法确是最准确,而算得最快的基于距离法结果确是最粗糙。从实用的角度,建议使用最大似然法。因为这种方法无论从速度还是准确度都比较适中。 进化树构建方法讲解 虽然软件可以快速自动地完成系统发生...