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问题 微生物多样性分析课程:运行r脚本出错 ,提示there is no package called ‘getopt’

...是需要调用getopt这个包?服务器里是安装有这个包的,该如何解决?谢谢!

文章 genedoc做蛋白质比对图

...分子中结构和功能之间的关系。 这里简单介绍一下GeneDoc如何做蛋白质比对图。 1.导入多序列比对后的fasta序列,操作如下: 导入后点击 done。 2.勾上select选择导出行,输出结果至RTF文件 大功告成!RTF文件即一个Word...

文章 Win11怎么关闭Hyper-V?关闭Hyper-V的2种方法

...virthual box时,有时候就需要关闭hyper-v。很多用户不知道如何操作,接下来马上跟大家分享Win11怎么关闭Hyper-V。 关闭Hyper-V方法一: 首先,同时按【win+s】快捷键快速打开搜索,输入cmd或者power shell 并右键点击以管理原身份运行...

文章 将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

...TTTATACCTTCCAATCTGTGTGGCTGTCACTC 方法一:使用awk加条件判断(比较快) awk '{if($0~/>/) name=$0 ;else seq[name]=seq[name]$0;}END{for(i in seq) print i"\n"seq[i]}}' test.fa>seq1ATTAAAGGTTTATACCTTCCAATCTGTGTGGCTGTCACTCACACGAGTAACTCGTCTATC>seq2ATTAAAGGTTTATACCTTCCAATCTGTGTGGC...

文章 2018年测序相关国自然基金最全统计

...体情况要根据各个单位相应的财务制度而定。 当然了,编作为一个科技服务行业(更具体点应该是高通量测序技术服务以及蛋白质组学技术服务行业)的资深从业人员,更关心的是今年有多少项目涉及到了测序或者蛋白? ...

问题 安装Aspera 时报错“This script cannot be run as root, Aspera Connect must be installed per user”

安装Aspera 时报错“This script cannot be run as root,  Aspera Connect must be installed per user” ,这个问题如何解决?

文章 使用Mfuzz进行转录组基因表达模式聚类分析

...l.NA(gene.r,mode="mean") ## knn/wknn方法表现更好,但是计算起来比较复杂 gene.f <- fill.NA(gene.r,mode="knn") gene.f <- fill.NA(gene.r,mode="wknn") ## 过滤标准差为0的基因 tmp <- filter.std(gene.f,min.std=0) ## 标准化 gene.s <- standardise(tmp) 聚类时,我...

文章 转录组+?分析+?实验=2区文章

...做了一些测序项目,其中尤以转录组测序类最多。 今天编就给大家带来一篇2月28日发表在BMC Plant Biology(影响因子3.93,中科院分区二区)上的转录组测序文章。 该文章总的来说是转录组测序分析+荧光定量PCR验证+少量的实验...

文章 从GDC数据库下载TCGA的miRNA不同isoform表达量数据

...A 基因水平的表达量,而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢? 可以参考如下的代码: # 设置下载的参数 project <- "TCGA-CHOL" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Isoform Expression Quantification" w...

问题 在绘制circos图时 基因组之间的共线性关系无法用条带状表示

...  </link>    radius=0.40r    thickness=1 想请问大家该如何修改...是代码的问题还是缺少安装模块QAQ

问题 转录组自主分析课程中遇见的问题

...程用的基因ID又变成了AT1G02350。请问老师,这种ID的转化如何进行的?整个课程中并没有提到这一块。 是不是下面这条命令没有讲解呢?perl -ne 'if ($_ =~ /gene_id\s\"(ENSG\S+)\"\;/) { $id = $1; $name = undef; if ($_ =~ /gene_name\s\"(\S+)"\;/) { $name = ...

文章 Minimap2安装与使用

...工具相比,Minimap2 速度非常快,而且用法简单,比对结果比较不错,可谓是三代序列处理一大利器。主要的缺点就是耗内存,是牺牲内存换速度,二者不可兼得。 官方说明: https://github.com/lh3/minimap2#general https://lh3.github.io/min...

文章 电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

...义、作用、格式、分类等 - 知乎 (zhihu.com) 本地IP查看: 如何查看电脑IP地址? - 知乎 (zhihu.com) 子网掩码详细解释: 子网掩码是干什么用的?_子网源码是什么-CSDN博客

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

...不同类型的并行化(如多核并行、分布式计算)以及它们如何影响代码的执行和资源的使用

文章 TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解

..., data.format,  experimental.strategy, sample.type) 官方的参数说明比较简单: 简单的使用举例: query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC",                  data.category = "Copy Number Variation",                  data.type = "Copy Number Segment") GDCque...