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文章 conda一直卡在Solving environment

...Solving environment这一步,查了不少攻略也没能解决问题, 结果换了mamba后瞬间就安装上了,安装非常方便 conda install mamba -c conda-forge 上后续使用更加方便,只需要把开头的conda换成mamba就行了,比如rgi的安装命令 manba create --name...

问题 老师,我在学习基因家族视频,用perl脚本预测基因顺式作用元件时出现了问题,提取不了位置信息

...izhi,得到gene_weizhi.txt文件,如下图 一共得到了2万多个结果,我的基因一共才六十几个,我查看了一下GFF文件(下图),发现这2万多个结果(就是NW开头这一栏)是GFF里面所有注释的gene,也就是说不是按照我的基因ID来提取的...

文章 使用vcftools对vcf文件做滑窗处理

... 5 --window-pi 指定窗口大小, --window-pi-step 指定步长大小 结果文件格式如下:

文章 超大基因组,超长染色体,凤丹牡丹基因组怎一个难字了得!

...达基因、非表达基因和假基因在牡丹的基因和基因间区域显示出不同的甲基化模式,且甲基化影响基因的表达类型;ChIP-seq分析表明,特异性组蛋白主要富集在基因间区的启动子上,这说明凤丹牡丹大多数基因的结构和功能不受...

问题 关于基因上游顺势作用原件的分析及绘图操作步骤

...进行操作的时候出现了以下情况 然后导致我所得到的结果只有一条 我所用到的mrna_location.txt文件如下 还有物种染色体基因组文件如下 所有染色体都有 且基因位置信息没有错误 所以我想请教一下到底是怎么回事呢?

文章 相关性分析及散点图绘制-脚本使用

...系数。相关性散点图可以更直观清晰地展现相关性分析的结果,常用于生信分析中。 例如:在一篇2021年发表于Briefings in Bioinformatics上的影响因子为11.62的文献中,作者大量地进行相关性分析并绘制了散点图,更好地展示了相关...

问题 isoseq3使用问题

...连接物去除的功能。请问,没有refine 这步会影响最后的结果吗?

问题 群体遗传构建进化树格式转换报错

...-ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter” 得到了如下结果,一直提示不能有染色体名称为空的行,但是我检查了我的vcf文件,第一列没有是空的行啊,请问这种情况怎么解决?

问题 各位老师好,jcvi使用时报错如下,请问应该如何解决呢?非常感谢!

使用jcvi绘制共线性线图时报错如下: 网上搜索的说有空行或者是因为没有填颜色,但我的layout文件没有这些问题,请问应该如何解决呢?

问题 各位老师好,jcvi使用时报错如下,请问应该如何解决呢?非常感谢!

使用jcvi绘制共线性线图时报错如下: 网上搜索的说有空行或者是因为没有填颜色,但我的layout文件没有这些问题,请问应该如何解决呢?

问题 verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

...组装后genome.fa文件进行与hic数据的比对,但是verkko的组装结果文件里似乎没有这个文件?

问题 老师您好,我在文件共享时出现不能共享的问题,具体操作如下:

sudo mount -t vboxsf windows-share /home/manager/share 结果为:/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device,该怎么解决,谢谢

文章 maftools 癌症组织突变频谱展示工具

...,每种癌症类型的样本量超过200种。由体细胞变体组成的结果数据以MAF格式形式存储。 只要数据采用MAF格式,该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总,分析,注释和可视化MAF文件. 使用说明: https://www.bioconducto...

文章 TCGA临床数据下载—TCGAbiolinks

...据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分...

问题 请教!基因结构分析出现这样的问题如何解决?

... ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果,之后手动筛选出来,却没有exon等,用GSDS也没有结构,请问这个是不是无法分析?谢谢!