文章 qiime2分类器的训练

...释在训练分类器之前，我们要弄清楚三点：1.选择合适的数据库；2.扩增引物；3测序序列长度分布（此步骤可选择使用）。 在本教程中，使用的16s rRNA 扩增子数据，引物为515f-806r，选用greengenes数据库进行比对。 提取扩增区命...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...大研究人员官方使用。逐渐的qiime2会替代qiime1，但是由于数据分析周期较长很多人还在使用qiime1并且也习惯使用qiime1的分析流程。因此我们提供这个ampliseq1镜像仍然安装qiime1，但也会安装：mothur ，usearch 软件方便大家分析数据，...

文章 cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

...的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。 Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模...

文章 免疫疫微环境（TIME）

...出120个免疫微环境相关细胞的得分；另外该软件还将TCGA数据库中的所有样本用这六个软件计算出了免疫得分，另外还提供了很多可视化的线上工具。大家感兴趣的话，可以看看这篇论文，去线上平台尝试一下。 3.2 xCELL xCell...

问题 perl双层哈希赋值

...ator/KAKS.txt" or die "$!";        #这个文件是blast输出并经过筛选的结果。 my @read=<IN>;foreach (@read){ $count++; if(/^[^#]/){  my @a = split /\t/,$read[$count];   $ID{$count}{$a[0]}=1;   $ID{$count}{$a[1]}=1; }}close (IN);#print Dumper(\%ID);for my $con(keys %...

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题

...载镜像reseq-v2.0运行work.sh脚本，前几个命令运行正常，# 数据质控：对原始序列进行去接头，删除低质量的reads等等，质控数据统计汇总：python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc 运行报错：ImportError:...

文章 linux系统使用-初学Linux推荐课程

Linux初学者入门到精通课程推荐：本课程针对生物数据分析开设的linux基础到进阶课，命令使用都以生物数据操作为例，即学即用。少走弯路，节约学习成本。 识别以下二维码直达课程： 如果安装过docker，可不用安装vbox的bioL...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

官方中心对照表：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/center-codes Code Center Name Center Type Display Name Short Name 中文 1 broad.mit.edu CGCC Broad Institute of MIT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 ...

文章 转录组扫盲系列--转录组如何建库？

...但你对转录组了解吗？知其然，更要知其所以然，才能对数据结果理解更深入，从本期起，小编给大家详细介绍下转录组实验及分析过程，里面肯定有你不知道的知识，赶紧get下吧！今天先介绍转录组建库原理。 RNA提取 转录...

问题 转录组的差异基因的注释

...，但是有几个问题不太明白，想请教您。 1.公司给的测序数据，用得到的差异基因的核苷酸序列去NCBI上找，找不到对应的基因，是因为有可能选择的基因组没有上传到NCBI吗？如果这样的基因比较多，是否需要考虑更换基因组？ ...

文章 read.table参数

...隔的文件使用“\t”quote    引用，指定用于包围字符型数据的字符dec    用来表示小数点的字符,指点小数点数row.names    保存着行名的向量活文件中的一个变量的序号或名字，缺省时行号为1，2，3，…col.names     指定列...

文章 基因结构图添加domain信息

...domain位于蛋白质上的终止位置 4.第四列为domain名称 导入数据与设置 如下图所示导入数据。 导入后生成，即可生成图片，TBtools可以自动计算domain在基因上的位置。在基因结构图里会显示出domain的位置信息。

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

视频课程推荐： 重测序数据自主分析：https://bdtcd.xet.tech/s/1VQOjQ群体遗传进化分析https://bdtcd.xet.tech/s/3QzQFb 重测序大家都不陌生，它是检测样本基因组变异（SNP，indel，SV，CNV）的主要手段之一，有了这些变异信息，后续可以...

问题 请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

文章 论文重复部分如何自动修改？！

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...