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问题 变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

这是我运行的命令 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \     --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  \     --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2  --max-alleles 2 |gzip - > all.clean.vcf.gz 这是我的报错 sing zlib versio...

文章 快速生成iTOL配置文件美化你的进化树

更好的阅读体验： https://mp.weixin.qq.com/s/jdBpM_cFBZLZtjtHUTl-8w iTOL（https://itol.embl.de/）是一款很好的进化树美化软件，但是他的配置文件制作非常麻烦，给大家的使用带来了不便，这里介绍一个工具帮助大家可以从表格文件中快速生...

文章 时隔4年，四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉！

我想很多人应该对这个新闻还记忆犹新：2016 年 7 月，Nature 报道了这一新闻：四川大学华西医院卢铀教授研究小组计划利用 CRISPR 技术编辑的T细胞（敲除 PD-1 基因）治疗转移性非小细胞肺癌患者。 全球首例，国际领先，一时...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

...计数据的可视化，在 R中，很多R包用于绘制饼图，例如ggplot2、ggsunburst就能绘制出好看的饼图，操作如下” 1. 加载所需要的包 library(RColorBrewer)  #调色模板library(ggplot2)  #绘图library(dplyr)  #数据处理、数据操作 2. 加载数据 #数...

文章 真菌比较基因组组装，三代真菌基因组组装

Comparative and population genomic landscape of Phellinus noxius: A hypervariable fungus causing root rot in trees. 二代和三代组装方法，以及基因预测方法 Genome assembly Genome assembly of different species was carried out with Falcon (ver 0.5.0; Chin et al., 2016) and were imp...

文章 R markdown 常用设置

1.knitr::opts_chunk$set（） 全局设定，“（）”内加入参数就可以对整篇报告进行设置 2.如果希望代码用R的大于号提示符开始， 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。 3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段...

文章 细胞培养中的胎牛血清正确使用指南

...新生牛血清和小牛血清，三者的优劣顺序为：胎牛血清>新生牛血清>小牛血清。 一般细胞建议使用胎牛血清培养，部分细胞可使用新生牛血清培养，小牛血清则不建议用于细胞培养。 血清在生产中受采血来源，条件和生产...

文章 生信挖掘GEO+TCGA 文献速览

“AKAP12 and RNF11 as Diagnostic Markers of Fibromyalgia and Their Correlation with Immune Infiltration”，这篇文章于2022年10月4日发表在Oxid Med Cell Longev期刊上，影响因子为7.31。纤维肌痛（FM）是一种慢性非关节风湿性疾病，主要特征为弥漫性播散性...

文章 如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧

...必不可少的基本技能。 在搜索文献时，我们常常会用到PubMed数据库。通过关键词搜索文献是最简单也最常用的方法，比如搜索和"transcriptome"相关的文章，搜索结果是50437篇文章。如此多的文章，我们该如何找到我们想要的呢？ ...

文章 按物种拆分blast本地库

...以nr库进行举例说明。 一、准备 1.1、数据： nr库：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/accession2taxid: https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gztaxdump: https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz 以上文件下载完后最...

问题 老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

...数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改...

文章 【前沿研究】肺癌转移机制的新靶点-- lncRNA AC026904.1

... noncoding RNAs AC026904.1 is essential for TGF-β-induced migration and epithelial-mesenchymal transition through functioning as an enhancer of Slug in lung cancer cells”的文章，研究lncRNA AC026904.1在肺癌转移中的作用。发现AC026904.1在转录水平上调Slug表达，进而...

文章 linux NFS 服务手动挂载nas文件

...具 nfs-utils：包含NFS服务端守护进程和NFS客户端的工具 rpcbind：提供RPC的端口映射的守护进程及其相关文档、执行文件等 yum -y install nfs-utils rpcbind NFS使用/etc/exports定义需要共享的目录及访问对象的控制，默认无,可以自己创建 ...

文章 细胞被污染补救措施大全！细菌真菌黑胶虫支原体一网打尽

相信有这种烦恼的童鞋不止我一个人，所以，今天我们来探讨一下细胞的污染的问题。 首先，要知道什么是细胞污染——凡是对细胞生长有危害的成分或者造成细胞不纯的异物都视为污染。细胞污染根据污染源可以分为...

文章 NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

...别是什么呢？ SRA Lite是NCBI里对SRA文件的另一个格式（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-data-formats/） 我们平常下载的SRA文件属于SRA Normalized Format，它和SRA Lite之间最大的区别就是SRA Lite采用了简化的quality scores，具体它是如何简化...