...。kmer分析通常都是基于30到80×的二代测序数据去完成。 如何预估自己所需测序数据量？ 1. 流式细胞仪： 通过测量细胞核的DNA含量来估算基因组大小，1pg=978M； 2. 网站查询： 植物基因组大小查询：https://cvalues.science.kew.org/ ...
...24,6648232模式株22,33422,33458094675 因为SILVA数据库更新比较及时，因此是目前rRNA基因高通量测序后最常选用的参考数据库之一。此外，SILVA也可被用于平时菌种鉴定时，对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定，此时主要用...
...装不了桌面版docker。。 不知道问题出在哪里。。 我该i如何解决呢？
从云盘直接下载下来，没有修改，报错，请问应该如何修正？
采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时，出现报错，如何解决？
...就是连锁区域。在附近进行候选基因的筛选和排查，可以比较容易找到突变基因。问题：SNP位点一般为两个等位基因，与参考基因组比较我怎么知道哪个碱基是突变的？ 答：作者利用重测序的方法，对野生型品种（Hitomebore）进...
要提取外泌体做转录组或者蛋白组学测序时，如何检测分离出的外泌体？ 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献...
...新的数据质控软件，可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --trim_front1 15 --t...
...们进入了梅雨季节，真菌也如约而至。 真菌生长的相对比较慢，而且不会像细菌那样刚开始就对细胞生长产生很大的影响，刚开始污染如果只看细胞很可能就会忽略，但时间长之后，细胞的活力状态变差，培养液是清亮，不变...
...本中计算，掌握基本的运算方法很有必要，下面就是 4 种比较常见的运算方法，功能都是将 m + 1： 1. m=$[ m + 1 ] 2. m=`expr $m + 1` #注意 用 反引号 ` 字符包起来 3. let m=m+1 4. m=$(( m + 1 )) 来看一个实际的例子： #!/bin/bash m...
...拟南芥的数据库文件形式不同，没有对应的蛋白质ID，该如何解决？ 拟南芥AT.gff 拟南芥.pep.all.fa 水稻AT.gff 水稻.pep.all.fa
Q-Q图.pdf这两种模型该如何选择？BLINK的结果文件中有经过FDR检验显著的位点，FarmCPU没有。
...可以将差异表达的基因在癌症和癌旁中的数据拿出来进行比较一下，看看两者差别是否显著。 # 绘制差异表达基因在比对样本中的表达情况 # 将表达量进行log2 转换 normData1 <- log2(normData) # 对表达数据框进行转置 exprSet <- as.da...
老师好！PAV结果中，为什么PAV_gene.list中基因数量（204个）少于02.gene.family/check下gene.pep.fa中序列的数目（218个)？ 如何判断少的这14个属于PAV_gene.list中Fam_N列下的哪个基因？ 或者要重新分析？
...to use [0] # 指使用的线程数 下面来看几个例子，如果想要比较直观的结果，可以用软件自带的测试数据，在example文件夹中 # 将sam文件转换成bam文件 samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比...