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文章 用Ai助手帮我写脚本

当我们想在linux下批量处理数据时,已有的脚本不一定能达到我们想要处理的效果,这时就需要我们对脚本进行修改编写。 但是对于初学者来说,一些生信脚本是非常晦涩难懂的,google百度得到的回答也时常不连贯,很难顺利...

问题 扩增子16s分析:heatmap plot报错

老师您好,我用自己的数据和您视频提供的数据做heatmap plot都提示如下错误,请问需要怎么解决?谢谢老师! Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.da...

问题 WGCNA分析没有给出powerEstimate,如何选择power值/β值?

如上图,输入sft代码后,没有给出合适的powerEstimate。我根据R2值不小于0.8,slope值接近-1,平均连通性尽可能大的原则选择了power值等于7,是否合理?根据图中的数据,本次数据是否适合做WGCNA的分析,结果的可靠性高吗?

文章 wget 下载并解压

...任何想做的事,只要管道右侧的命令允许从标准输入读取数据即可。 要做到边下载边解压,需要使用 wget 命令 -q 选项关闭下载状态的标准输出,然后组合使用 wget 命令 -O 选项,指定标准输出作为文件。 在 wget 当使用连字符 - ...

文章 ai助手帮我画环形堆叠柱状图

...  https://www.cici.com/thread/w0ed44c9006bd080c 还是可以的 示例数据,没啥区分度,看起来不是很好看,也正常,但是直接就有了框架,还是很好的,毕竟后面我只用自己的数据,然后稍微美化一下就行,美化的工作也可以交给ai,ai画图还是挺好用...

问题 如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办?

我看文献里做基因家族分析都是从pfam数据库里下载结构域的hmm文件,然后在自己物种的基因组里进行基因家族的鉴定,但是我想研究的基因家族CDPK在pfam数据库里没有现成的结构域,怎么办?还能分析吗?

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...在2013年推出后受广大研究者青睐,这款软件依赖Greengene数据库,对输入的OTU信息进行比对,输出样本/分组的功能count值信息(图3)。通过对比研究发现在肠道微生物、土壤菌群等常规类型样本中,这种功能预测分析的结果与宏...

文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...(National Center for Biotechnology Information),是我们经常使用的数据库,其本身在数据以外也为我们提供了很多好用的小工具。病毒的基因组比较小,通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件,此时如果我们想获得病毒的...

文章 R语言基础入门—判断语句

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 老师您好,咨询一下转录组和基因家族结合发文的问题

...结合的发文思路。基因家族发文结合自己未发表的转录组数据会不会增加接收几率?(现在看很多文章都是用的数据库下载的转录组)您觉得刚测的转录组和基因家族单独发文性价比高还是结合起来发会好一点?

文章 R批量读取文件

...t; ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容,例如第一个文件: > ABC[[1]] V1 V21 A 1> 把文件的名字(前缀)赋给每个读取到的数据 > for (i in 1:length(ABC)){+ assign(m...

问题 WGCNA输出的cytoscape的文件出现格式错误

...状代码: 十分感谢老师百忙之中的帮助! 我用课程的数据做了下,前面的图都还正常,到了这个图,跟我用自己的数据做出来的样子差不多,跟正常图比起来有点。。

问题 用MENA对16S OTU进行网络图分析

...MENA对16S 的OTU进行网络图分析的时候,为什么上传的原始数据的OTU ID和最后分析出来的node name并不是对应的?如原始数据中的ID是OTU1-900,但是分析后node name就会变成V4-16S+数字或者别的数字,那这样的话,在用cytoscape可视化的时...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...解lncRNAs与HCC中miRNA结合介导的mRNAs的影响,作者基于上述数据构建了一个ceRNA网络,并使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB,miRTarBase和TargetScan数据库综合分析,最后使用26个DElncRNA,4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。...

文章 从GTF中提取lncRNA的编号和名称

从TCGA数据中提取lncRNA的表达量时,需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。提取的话,可以采用如下的代码实现。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $biotype_file = shift @ARGV; my $gtf = shift @ARGV; my $biotype = shift @A...