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文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...(National Center for Biotechnology Information)，是我们经常使用的数据库，其本身在数据以外也为我们提供了很多好用的小工具。病毒的基因组比较小，通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件，此时如果我们想获得病毒的...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...在2013年推出后受广大研究者青睐，这款软件依赖Greengene数据库，对输入的OTU信息进行比对，输出样本/分组的功能count值信息（图3）。通过对比研究发现在肠道微生物、土壤菌群等常规类型样本中，这种功能预测分析的结果与宏...

问题 老师您好，咨询一下转录组和基因家族结合发文的问题

...结合的发文思路。基因家族发文结合自己未发表的转录组数据会不会增加接收几率？（现在看很多文章都是用的数据库下载的转录组）您觉得刚测的转录组和基因家族单独发文性价比高还是结合起来发会好一点？

文章 R批量读取文件

...t; ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容，例如第一个文件： > ABC[[1]] V1 V21 A 1> 把文件的名字（前缀）赋给每个读取到的数据 > for (i in 1:length(ABC)){+ assign(m...

文章 R语言基础入门—判断语句

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 WGCNA输出的cytoscape的文件出现格式错误

...状代码： 十分感谢老师百忙之中的帮助！ 我用课程的数据做了下，前面的图都还正常，到了这个图，跟我用自己的数据做出来的样子差不多，跟正常图比起来有点。。

问题 用MENA对16S OTU进行网络图分析

...MENA对16S 的OTU进行网络图分析的时候，为什么上传的原始数据的OTU ID和最后分析出来的node name并不是对应的？如原始数据中的ID是OTU1-900，但是分析后node name就会变成V4-16S+数字或者别的数字，那这样的话，在用cytoscape可视化的时...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...解lncRNAs与HCC中miRNA结合介导的mRNAs的影响，作者基于上述数据构建了一个ceRNA网络，并使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB，miRTarBase和TargetScan数据库综合分析，最后使用26个DElncRNA，4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。...

文章 从GTF中提取lncRNA的编号和名称

从TCGA数据中提取lncRNA的表达量时，需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。提取的话，可以采用如下的代码实现。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $biotype_file = shift @ARGV; my $gtf = shift @ARGV; my $biotype = shift @A...

文章 天宫一号曾为农业做出的贡献！

...，并进驻了航天员。 2016年3月16日，天宫一号正式终止数据服务，光荣完成历史使命，进入了轨道衰减期。北京时间2018年4月2日早 8 时 15 分左右，在太空中飞行了六年半的天宫一号目标飞行器已再入大气层，再入落区位于南太...

文章 分享转录组学与新一代高通量测序PPT讲义

...ysis.pdf 1、通过实例了解、认识第二代测序仪产 生的生物数据常见的存储格式 2、通过实例了解转录组和miRNA的数据 分析思路及常用方法 • RNA-seq Transcriptome Technology • RNA-seq Data Format • RNA-seq Data Analysis Strategy • Case Report

问题 请问如何合并VCF文件中同一样本的生物学重复信息

...生物学重复，请问这种情况下我该怎么合并这三个重复的数据呢？因为不知道怎么处理我目前是只用了其中一组数据来进行的定位。

文章 Linux重定向以及nohup不输出的方法

...情况下，它与终端设备（键盘）连接，可以通过键盘输入数据。程序可以使用标准输入来读取用户的命令、数据或其他输入内容。 1：表示标准输出(stdout)，默认情况下，它与终端设备（显示器）连接，程序可以通过标准输出将...

文章 从月球回来的水稻种子怎么样了？

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...

文章 绘制HIC热图

...t_genome.py  -r  mboi -o  genome.final  genome.final.fa    #指定HIC数据使用的酶   mboi：GATC；dpnii：GATC ；bglii：AGATCT；hindiii：AAGCTT 文件格式如下： chr2    0       579     HIC_chr2_1      0       +chr2    579     1817    HIC_chr2_2     ...