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问题 WGCNA中绘制性状与模块相关性图出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions

之前完全没问题,绘图时出现错误 数据内容如下: 性状数据内容: textMatrix矩阵内容: 实在是不知道到底哪个矩阵的维度不对了...

问题 老师你好,我在qiime2分析数据的过程中在进行第二步生成特征标和代表序列时输出的文件在可视化指令执行后,就提示该qza文件is not a QIIME 2 Artifact (.qza),无法进行可视化分析,直接进行下一步物种分类时输入文件也存在相似问题,这几步在第一次分析时都没有问题,只是当时进行第三步分析时内存爆满,后重装c盘再次重新运行时出现了这些问题

文章 蛋白质组分析软件MaxQuant

...门,蛋白质组学也慢慢火起来了。 那么分析蛋白质组的数据的软件,那个值得推荐呢? 我查询了不少资料,发现不少蛋白质组分析软件都偏向于收费,而且很多都是windows上运行。在众多软件中,我比较推荐MaxQuant 。 主要有如...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

介绍一款Pacbio 三代数据分析的软件 PRAPI, 该软件相关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多,而且能结合二代和三代的数据一起分析...

文章 R语言补齐缺失值进行 聚类分析 PCA分析

在理想的状态我们希望数据没有缺失值。不幸的是,由于各种原因,缺失值会时有发生。这会带来问题。无法在不完整的数据矩阵上进行聚类分析。 Husson和Josse写了一个称为missMDA的包,可以用imputePCA()函数进行缺失值的填充...

文章 转录组必备说明书!

...份合格的“说明书”应该能够让0基础的同学看懂庞杂的数据结果,知道结果背后的生物学意义,解决“是什么”的问题。 主流测序公司在交付转录组结果时会分成“结题报告”和“结果文件”两部分。其中结题报告(通常是一...

问题 重测序分析,bam去重复,建立索引后,call SNP之前的步骤

重测序分析,当数据比对到参考基因组上,去重复并建立索引后,我们给的下一步是:对map结果进行QC分析,然后进行GATK的call SNP 对map结果进行QC分析,也没有根据这个结果对数据处理的流程 我看有的教程上是需要碱基质量...

文章 linux 文件权限详解及修改

...权限设定的作用 文件权限的设定是为了保护系统及用户数据的安全性。对于用户来说,最重要的事情就是数据、文件的私密性及安全性。从系统管理员到普通用户,从文件属性到文件特殊加密,无不围绕着一个主题:权限管理...

文章 使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗?

...kers_indels_IndelRealigner.php 对于普通的物种没有可靠的INDEL数据库,小编觉得也可以不用做IndelRealigner处理bam文件。 基因组重测序数据分析视频课程:https://study.163.com/course/introduction/1210221805.htm?share=1&shareId=1030291076或者扫码二...

文章 ai助手帮我构建新的qiime2分类器

在挖掘数据的时候发现有的数据用的是v2版本的,我手里只有全长的和v3-v4的,全长效果没那么好感觉,但是我好久没有看过qii2相关的东西了,有点忘了,刚好最近ai很火,我就尝试用ai帮我构建,过程如下 这里是完整的链接   https://w...

文章 R语言基础入门—函数

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具,它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网:https://proteowizard.sourceforge.io/ 一、软...

文章 嵌合抗体的制备工艺及其在多种领域的应用

...B 细胞。将骨髓瘤细胞与B细胞融合,形成杂交瘤细胞,并筛选产生抗原特异性IgG的阳性克隆。 ②从该克隆中分离编码小鼠VH和VL的DNA序列,并且从人细胞中分离编码人免疫球蛋白恒定区的DNA序列。通过基因工程构建小鼠/人嵌合...

文章 组学大讲堂征稿通知

...突出文章亮点; 2. 生物信息分析类 自研算法、流程、数据可视化软件等; 3. 分子实验类 高通量测序、蛋白质组代谢组等上/下游实验技能等; 4. 科研笔记类 科研项目经验、论文写作技巧、生信学习心得等; 5. 资讯类 生...

问题 请教老师,用自己的hmm文件,进行了domain的二次搜索,结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后,再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是,如果要这些部分的结果截取序列,做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的,又怕少了家族序列。只有一部对比上的,到底如何取舍呢?这样的情况如何处理,有没有相关的标准?谢谢