找到约 15 条结果

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

数据来源 我们今天的绘图流程和绘图数据来自一篇于2021年3月份发表在NG上的黑麦基因组文章“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes”，在这篇文章中，作者构建了一个高质量的威宁黑...

问题 老师您好，想咨询GEO问题

...同一平台，都是单通道芯片，样本信息显示如下图，那么数据信息是不是现成的已经经过标准化的数据？2.2.如果这3个GSE系列不在同一GPL，可以在GEO2R后可以直接求交集吗？3.单个GSE***中都有实验组和对照组，但是有的GSE中是配对...

问题 有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

...据咱们转录组课程进行了实操，质控等正常，但是转录组数据比对到基因组这个步骤总是出现比对率只有零点几的情况，尝试了好几个转录组数据，从来没正常过。 水稻转录组测序数据显示如下，NCBI下载的单端数据：1 @SRR224196...

文章 科研人汇报必备神器-屏幕标注软件！值得拥有！免费领！

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做...

问题 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

...A-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据，只找到了他们处理后的BigWig文件，使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时，用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别很大。应该如何处理。

问题 扩增子16s分析：heatmap plot报错

老师您好，我用自己的数据和您视频提供的数据做heatmap plot都提示如下错误，请问需要怎么解决？谢谢老师！ Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.da...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

... for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 2，PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 PSI-BLAST is designed for more sensitive...

文章 subset_column.r 根据ID列表，取对应列的数据：

使用方法： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_column.r       [-h] -i input -m idlist [-c colname] [-o outdir] [-p prefix]get data by column IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input          ...

文章 用Ai助手帮我写脚本

当我们想在linux下批量处理数据时，已有的脚本不一定能达到我们想要处理的效果，这时就需要我们对脚本进行修改编写。 但是对于初学者来说，一些生信脚本是非常晦涩难懂的，google百度得到的回答也时常不连贯，很难顺利...

文章 16S聚类还是降噪？

...) 得到OTU的方法近些年已经广泛应用于扩增子高通量测序数据的分析过程中。经典的Uparse就是通过序列之间的相似度为阈值(一般选择97%)将序列划分为OTUs。利用Semantic Scholar进行查询，Uparse目前总引用次数为6301，2015-2017年平均引...

文章 MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

...plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0068529 基因组重测序与BSA数据分析视频课程：https://study.omicsclass.com/index

问题 WGCNA分析没有给出powerEstimate，如何选择power值/β值？

如上图，输入sft代码后，没有给出合适的powerEstimate。我根据R2值不小于0.8，slope值接近-1，平均连通性尽可能大的原则选择了power值等于7，是否合理？根据图中的数据，本次数据是否适合做WGCNA的分析，结果的可靠性高吗？

文章 wget 下载并解压

...任何想做的事，只要管道右侧的命令允许从标准输入读取数据即可。 要做到边下载边解压，需要使用 wget 命令 -q 选项关闭下载状态的标准输出，然后组合使用 wget 命令 -O 选项，指定标准输出作为文件。 在 wget 当使用连字符 - ...

文章 ai助手帮我画环形堆叠柱状图

...  https://www.cici.com/thread/w0ed44c9006bd080c 还是可以的 示例数据,没啥区分度,看起来不是很好看,也正常,但是直接就有了框架,还是很好的,毕竟后面我只用自己的数据,然后稍微美化一下就行,美化的工作也可以交给ai,ai画图还是挺好用...

问题 如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办？

我看文献里做基因家族分析都是从pfam数据库里下载结构域的hmm文件，然后在自己物种的基因组里进行基因家族的鉴定，但是我想研究的基因家族CDPK在pfam数据库里没有现成的结构域，怎么办？还能分析吗？