文章 按物种拆分blast本地库

...本上所有现有已知物种的序列信息，在进行blast时，由于数据库较大，搜索时间会比较长，同时可能会有其他物种信息干扰。因此我们可以根据NCBI提供的物种分类号对其进行拆分，下面以nr库进行举例说明。 一、准备 1.1、数据...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

数据来源 我们今天的绘图流程和绘图数据来自一篇于2021年3月份发表在NG上的黑麦基因组文章“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes”，在这篇文章中，作者构建了一个高质量的威宁黑...

问题 (WGCNA) 已有基因模块分析结果，如何将其继续转换成可以用于cytoscape作图的文件？

...个样本中归一化的数值）。 其实就是WGCNA课程里将分析数据转换成cytoscape绘图文件之前的分析结果都以excel展示了，如何把这些excel结果继续转换成用于cytoscape绘图的文件？ 先谢过各位老师！ 我这些文件里没有基因-基因的对...

问题 想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

文章 R语言基础入门—矩阵介绍

...布局布置的R对象， 它们包含相同原子类型的元素。这种数据结构很类似于其它语言中的二维数组，但 R 提供了语言级的矩阵运算支持。 矩阵里的元素可以是数字、符号或数学式。 一个 M x N 的矩阵是一个由 M（row） 行 和 N ...

文章 电脑双显示器如何配置？

这年头搞生物的不学点生信还真不行，没学生信之前，数据不会分析，更不会深入挖掘；自从掌握了生信技能，办公效率高了，文章产出多了，科研也不再那么枯燥乏味了！爱生信，拥抱向上的生活！ 子曰“工欲善其事，必先...

文章 Perl数组排序--sort()函数

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

...plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0068529 基因组重测序与BSA数据分析视频课程：https://study.omicsclass.com/index

问题 有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

...据咱们转录组课程进行了实操，质控等正常，但是转录组数据比对到基因组这个步骤总是出现比对率只有零点几的情况，尝试了好几个转录组数据，从来没正常过。 水稻转录组测序数据显示如下，NCBI下载的单端数据：1 @SRR224196...

文章 科研人汇报必备神器-屏幕标注软件！值得拥有！免费领！

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做...

问题 老师您好，想咨询GEO问题

...同一平台，都是单通道芯片，样本信息显示如下图，那么数据信息是不是现成的已经经过标准化的数据？2.2.如果这3个GSE系列不在同一GPL，可以在GEO2R后可以直接求交集吗？3.单个GSE***中都有实验组和对照组，但是有的GSE中是配对...

问题 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

...A-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据，只找到了他们处理后的BigWig文件，使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时，用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别很大。应该如何处理。

文章 16S聚类还是降噪？

...) 得到OTU的方法近些年已经广泛应用于扩增子高通量测序数据的分析过程中。经典的Uparse就是通过序列之间的相似度为阈值(一般选择97%)将序列划分为OTUs。利用Semantic Scholar进行查询，Uparse目前总引用次数为6301，2015-2017年平均引...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

... for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 2，PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 PSI-BLAST is designed for more sensitive...

文章 subset_column.r 根据ID列表，取对应列的数据：

使用方法： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_column.r       [-h] -i input -m idlist [-c colname] [-o outdir] [-p prefix]get data by column IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input          ...