文章 预测miRNA前体

...可以增加参数-q（比对错配数为1），脚本默认错配数为0 perl mapper.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf 1.1 对测序得到的reads进行物种miRNA定量。输入文件必需包括三...

文章 预测miRNA前体

...可以增加参数-q（比对错配数为1），脚本默认错配数为0 perl mapper.pl mapper.cfg -r 15  -c -j -l 18 -m -o 4 -v -n  -d -p dsRNAseq -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf 1.1 对测序得到的reads进行物种miRNA定量。输入文件必需包括三...

文章 ggplot2隐藏图例

...借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E")B = c(90,34,56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Nu...

问题 ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

文章 UpSetR包绘制多维的venn图

...言中的维恩图绘制有很多包，Vennerable（最多9维），VennDigram（最多5维），venn（最多7维），而UpSetR绘制的维恩图则更多，只是表现形式和其他图不太一样。示例代码不一样： #devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR") library(UpSetR) A <-s...

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...P概念也是一种方法创新。 经常遇到小伙伴问：哪种方法更好呢？我想两种方法取其优点结合一下才更好，有对此类长距离运输信使分子鉴定感兴趣的小伙伴欢迎添加微信：llcheng1314 咨询。 日常科研中你我经会常遇到看不懂的...

文章 TCGA数据库相关分析工具网站

...该网站在TCGA数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。下面我们就进入正题，网站主页是这样的： 接着我们还要提一下另外一个和Fire...

文章 群体遗传进化与GWAS分析动植物文献

... of rice germplasm·        基础数据:950水稻样品,来源于33个国家,4.1M snp·        数据过滤:maf 0.05NG-日本2016年水稻开花相关基因性状GWAS分析·        文章:Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes ...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

...标是离差平方和最小。 你有一些试验数据，很想对这个数据进行分析，找出里面的规律，对数据的分析，有一个办法一直使用的很好，就是回归的思想，或者说成是数据拟合，因为数据间的规律不能确定，对育种这件事来说...

文章 Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具

...同时具备灵活性和高效性。 Rush的工作方式是通过提供一个输入列表（例如文件列表，命令列表等）和一个命令模板，然后根据命令模板生成并行运行的命令。它通过内置的调度器，可以根据系统的可用资源（如CPU核心数）智能...

问题 两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？

老师您好，请问，两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？我看说的limma包至少每组要3个样品，不知道2个应该怎么对比

文章 envfit()的线性拟合：非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）

... 当然是可以的。在生态学统计的排序分析中（通常为了更好地用于反映生态学现象，解释生物意义，而可能会与严格的数学意义有出入），解释变量（通常为环境变量）向量（箭头）自身的长度相对于样方（点）来讲没有特殊...

文章 phytozome植物基因组下载网站

...的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功能结构域批量下载相关基因的CDS，PEP等序...

问题 circo图中基因名称的标签显示不全（可以修改的参数都修改了，总共106个基因，只显示了99个，请问是哪里出了错了？）

问题 老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？

老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？