老师您好，请问，两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？我看说的limma包至少每组要3个样品，不知道2个应该怎么对比
...同时具备灵活性和高效性。 Rush的工作方式是通过提供一个输入列表（例如文件列表，命令列表等）和一个命令模板，然后根据命令模板生成并行运行的命令。它通过内置的调度器，可以根据系统的可用资源（如CPU核心数）智能...
... 当然是可以的。在生态学统计的排序分析中（通常为了更好地用于反映生态学现象，解释生物意义，而可能会与严格的数学意义有出入），解释变量（通常为环境变量）向量（箭头）自身的长度相对于样方（点）来讲没有特殊...
...的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功能结构域批量下载相关基因的CDS，PEP等序...
...标是离差平方和最小。 你有一些试验数据，很想对这个数据进行分析，找出里面的规律，对数据的分析，有一个办法一直使用的很好，就是回归的思想，或者说成是数据拟合，因为数据间的规律不能确定，对育种这件事来说...
老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？
使用方法: $Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT] [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX] CNV_Dumbbell_plot:https://www.omicsclass.com/article/1572 optional arguments: -h, --help ...
...ion/5477。我简化后还是出现如下报错： 后来我先画了2个物种，可以出来图，再画了3个物种，也可以出来，，增加到4个物种时就又开始出现类似报错，，所以我想原因不是我的ID，是我的mcscan_layout文件与mcscan_seqid文件，，我...
...= 0.5675, R = 0.7407, P <0.0001, 9999 permutations) ” 文章还列出个元素之间的spearson 系数，如下图。我想问一下，在制图过程中，怎么设置这个ρ和p的范围呢，是在conet 的method mean这个菜单中填入相应的值吗，还有permutations和bootstrap这...
... } }; ‘motifs’是个列表还是数组我不太明白，其下有数量不同的项，怎么把‘motifs’里边的值全打印出来？最好是一条序列的内容都在一行里~~~
...质量基因组数据。最终的基因组大小为 266.23 Mb，锚定在8个染色体上，N50=31.6Mb，BUSCO完整度为98.9%，QV序列一致性打分为48.75。 02. 基因组注释 （1）重复序列注释 方法： LTR_Finder和 LTR_retriever 识别非冗余的长末端重复序列； R...
...，让我们不断地认识新概念、发现新问题、挖掘新信息，更好的探索微生物的神奇世界。 课程推荐：微生物扩增子分析课程实操 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 一个小问题 不同方法对丰度阈值的选择存在差异...
...基因组的微卫星重复序列（SSR）、串联重复序列（Tandem repeats）的分布以及散在重复序列（Dispersed repeats）的共线性关系，简洁美观，今天带大家一起来画一下细胞器重复序列的圈图。 一、重复序列鉴定及整理 以下为鉴定...