在进行基因上游顺势作用原件分析时，根据位置信息提取，promoter序列 1500，只能提取部分基因的序列，运行过程中遇到如下问题： 下面截图分别是基因在染色体上的位置信息以及基因组信息
...，用了好长时间才解决掉。这里记录一下。 首先，报错信息如下图： 解决方法： 出现这种问题是因为操作系统（win7,XP等系统会出现这个问题）的原因，需要安装KB3024777补丁，可以参考https://community.oracle.com/thread/3639877。 ...
这个文件是空的 这个文件正常 这个文件没有变异类型，和教程示例不一样
...的方法快速上传自己的数据到GEO。 第一步 向GEO提交联系信息 正常登录NCBI，如果是首次进入GEO，页面会出现两个选项，如下图： 对于之前从未上传数据到GEO的同学，请选择第二个选项。 按照要求填写相应的信息，包括注...
...丁名 Homo sapiens搜索: 搜索结果如下： 包括基因组的信息，gff信息，蛋白质信息等等都可以点击下载，如果基因组组装有多个版本可点击browse list，查看多个版本， 最后的信息为基因组的组装结果等等：
查看Triticum_aestivum.IWGSC.42.gff3 Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt 这两个文件也没错误
...要来源于NCBI的RefSeq数据库，但是增添了更加详细的注释信息，例如CRISPR序列、信号肽、非编码RNA、功能基因等。IMG基于COG、Pfam、TIGRfam、InterPro、GO和KEGG等数据库产生基因家族的注释信息。其主页如下所示： IMG整理了详细的微...
特简介 在生物信息学研究中，获取准确和全面的基因注释信息是至关重要的。mygene.info是一个提供全面、准确和最新基因注释信息的在线服务。该服务由Scripps研究所提供，并以RESTful API的形式开放给公众。在本文中，我们将探...
...g富集分析之后，除了会得到差异基因和KO编号对应的KOlist信息，还会拿到kegg pathway map的信息，分为html和png的结果展示，大概是这样的结果： 一般来说我们最好检查一下，这里面涉及到得基因和我们的差异基因是不是一致。这...
...分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA barcode的7个编码信息，每个编码信息用横杠-隔开，如下所示： 第一次分析TCGA数据看着这么长的样品编号感觉很是难以理解(例如：TCGA-3M-AB46-01A-11D-A410-08,TCGA-3M-AB47-01A-22D-A410-08,TCGA-B7-5816-01A...
比如在Fst.top0.05.gene.txt中，最后一排的数值（31569）代表是什么意思？ NC_063982.126600013090000NC_063982.1Gnomongene26370752691570.+.ID=gene-LOC105388771;Dbxref=GeneID:105388771;Name=LOC105388771;gbkey=Gene;gene=LOC105388771;gene_biotype=protein_coding31569 这个最后一个...
...家分享一些经验，希望能起到抛砖引玉的作用。 在生物信息学领域，从 GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载数据是常见操作。然而，一个普遍存在的问题是，样本信息往往分散在不同的表格中。要想深入分析这些数据，就需要...