...x 除此之外，Seqkit还有许多其他实用的Fasta/Fastq文件处理功能，期待大家进一步挖掘和分享。
基于CRISPR的工具彻底改变了靶向与疾病相关的基因突变的能力，如今，CRISPR的工具箱一年比一年更加扩大， 作为CRISPR技术的先驱，张锋教授自从2013年发现CRISPR/Cas系统可用来编辑DNA、让基因疗法成为可能之后，近年来也一直...
1.序列输入 主要功能是Bio.SeqIO.parse()获取file handle（或文件名）和格式名称，并返回 SeqRecord迭代器。这使您可以执行以下操作： from Bio import SeqIO for record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"): print(record.id) or using a handle: from Bio imp...
...ATAC-seq，RNA-seq数据，以及分析指导。以下背景优先： 1.基于高通量测序的表观遗传学技术 2. Linux、r或python编程、功能基因组分析 3. 蛋白质/核酸化学、分子机器设计、超分子化学 相关待遇： 1、按照福建农林大学研...
...ing，下面我们来看看几个常用的命令 1.view view命令的主要功能是：将sam文件与bam文件互换；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；...
...ithub.com/bartongroup/Proteus 1. 软件包安装 由于该软件包的源代码放在了github 上，所以需要采用devtools 进行安装，安装方式可以查看github 上的说明文档，安装代码如下。 install.packages("devtools") devtools::install_github("bartongroup/proteusLabelF...
...on of the maize ARF gene family”的泛基因家族文章。” 本研究基于玉米泛基因组数据，全面鉴定了ZmARF家族成员，分析了其基因结构、染色体分布、进化关系及变异特征。结合不同组织及胁迫条件下的表达数据，验证了关键ZmARF基因...
...的非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验检测出biomarker。 Step2：基于上步的显著差异物种基因，进行两两组之间的Wilcoxon秩和检验，检测出组间差异。 Step3：线性判别分析（LDA）对biomarker进行评估差异显著的物种的影响力（即LDA score）...
...类似的任务，因此这些被细分的线程之间可以共享相同的代码段，数据段和文件句柄等资源。有了进程，我们可以在一台单 CPU 计算机系统上同时运行 Firefox 和 Microsoft Office Word 等多个程序；有了线程，我们可以使 Firefox ...
...rgene.phy -format Phylip_Inter 1. FastTree 构建进化树 FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件，它最大的特点就是运行速度快，支持几百万条序列的建树任务。但是fasttree不支持bootstrap检验以及支持的替换模型有限。官网如下：http...
...不同的驯化物种，如牛、猪、羊、兔子和水稻。 1. 基于群体分化（FST 法） 群体的固定系数 F 反映了群体等位基因杂合性水平。固定系数 F 是 F 统计量（FST）的一个特例：FST 分析扫描全基因组范围内的 SNP 位点，计算每...
老师您好! 做了选择清除分析后，得到了候选基因。 候选基因的gene id是这种格式：MA_10437256g0010。 这属于什么格式呢，我要怎么把这种格式转换成gene name、symbol（比如：ACOX1式）呢？
基因组重测序数据分析视频课程： https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 或者扫码二维码： 可以使用tassel GWAS分析软件 转换： perl /share/work/biosoft/tassel/tasseladmin-tassel-v5/run_pipeline.pl -Xms64G -Xmx64G -fork1 -vcf ../gwas_sub/snp.sorted.vcf -export ./hapm...
....names = F, quote = F) TCGAbiolinks 是专门下载和分析TCGA的R包，功能强大，可以满足你下载，分析，挖掘TCGA数据的不少需求，值得学习和研究。 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我们的TCGA相关课程： 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基...
...粒：利用TRF和着丝粒区域中低密度基因分布的独特特征，基于BEDTools 来计算10kb窗口内的 TRF和基因覆盖率。和 Hi-C 相互作用热图、大空白区域、低基因密度区域和高 LTR/Gypsy 密度区域整合，预测了染色体内的 8 个着丝粒区域，长...