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文章 linux系统使用-初学Linux推荐课程

...也能生成矢量高清大图 | 投稿时-文章中图片大分辨率如何设置 | 绘一棵超酷炫的系统发育树 | 教你绘制绘制circos图 | 转录组结果解读 | 微生物多样性结果解读 | 

问题 基因组注释解压 database.tar.gz.* 问题

...错误,而且服务器中是已经安装了 gzip 包的,请问老师该如何解决?

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...icle?id=11097该阈值选择来自于GATK4官网的推荐,阈值依据于比较真 vs. 假 snp的特征值(annotation values)统计分布 One of the most helpful ways to approach hard-filtering is to visualize the distribution of annotation values for a truth set called using a particular p...

文章 cactus 软件:从基因组比到泛基因组分析​

...actus主要用在哪里 1 经典应用:全基因组比对 1.1 跨物种比较(如人-鼠-鸡):分析保守区域、基因家族演化。 1.2 同物种群体分析(如不同水稻品种):检测SNP、结构变异(SV)、存在-缺失变异(PAV)。 2 延伸应用:泛基因...

文章 同是转录组,人家发6分,你为什么发2分?

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

问题 使用plotQ绘制structuretu图的问题

...者最上面显示样品名而不是在每个图下面显示,代码因该如何修改 这个是绘图的代码 p<-plotQ(qlist,imgoutput="join",#showlegend=T,returnplot=T,exportplot=F,quiet=T,basesize=11,grplab=onelabset,grplabsize=2,linesize=0.8,clustercol=clist[[opt$pallete]],showindlab=T,sh...

文章 aggregate对数据分组处理

aggregate这个函数的功能比较强大,它首先将数据进行分组(按行),然后对每一组数据进行函数统计,根据数据对象不同它有三种用法,分别应用于数据框(data.frame)、公式(formula)和时间序列(ts): aggregate(x, by, FUN, ..., si...

问题 jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

...体都分开,看他们彼此间的贡献性关系,我想请问一下您如何对这些染色体进行拆分,和您的这个图一样: 这种两条染色体要咋分开捏

问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

...mic 的镜像生成 genome.chain 文件时,出现如下错误,老师该如何解决 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容: Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       1392056    + Chr15   30651747    ...

文章 过滤fasta文件

...的字符(例如乱码),就需要过滤掉这些序列。过滤方法比较简单,一个脚本就可以完成,避免重复的手动删除。 脚本运行命令: perl  fasta.filter.pl  -in in.fasta  -o out.fasta 其中 : fasta.filter.pl:脚本名称; -in:输入选项,后...

文章 提取 VCF 文件中的基因型信息

...因组中的遗传变异数据,特别是单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失(Indel)等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成,可以用文本编辑器进行查看和编辑。每个 VCF 文件通常包含多行记录,每一行表示一个位点上的变异。这些记...

问题 基因家族启动子顺势作用元件预测网站plantcare对昆虫适用嘛?

...,请问是否有适用于动物的网站,或者根据植物预测结果如何联系动物进行分析? 此外还想请教一下根据mitof分析结果可以看到在一个基因位置基因id:9852 发生了2个拷贝,这种情况需要把这个基因拆成2个吗?9852在基因组注释结...

文章 R语言中实现T检验及可视化

...分布。T检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均数的差异是否显著。在R语言中T检验用的方法为:t.test(),如果数据不符合正态分布,也就是数据当中有较大的离群值时,可选用非参数秩和检验法,如Wilcoxon test...

文章 TeamViewer 解决外网远程访问内网

...问的电脑,没有公网的IP, 信号无法寻址到该机器。那么如何解决这个问题呢? 当然是借助第三方的转发。第三方的转发,有很多种,最简单的可以采用TeamViewer 软件进行屏幕的投射,就如果QQ远程桌面一样。 1.  被访问服务...

问题 合并gvcf的问题

...的,图中我截取了前面几行)。请问老师,这种情况我该如何完成gvcf的合并呢?