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文章 主成分分析（PCA）如何计算方差解释率

我们常看到的PCA图（如下）中，每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常，求得了PCA降维后的特征向量，我们就可以绘图，但各个维度的方差解释率没有得到，就无法获得PC坐标的百分比。 （文章链接：https://doi.org/10.1038/...

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

...需要看看一看基因的功能。比较常见方法就是查看基因的GO，KEGG注释和富集情况。 我在《转录组数据分析》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支持20种模式物种的注释，但其实不止这些，软件的作者也给出了，...

文章 Sci-hub一键下载文献-真香！内有详细设置教程！

...2、安装谷歌访问助手，这个插件安装成功之后可以让你更好的使用谷歌浏览器，同时可以正常的使用谷歌学术搜索文献。安装方法可以参考我们之前的文章《谷歌学术搜索可以用了！》（此处可以点击）；3、安装tampermonkey（俗...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

我在ncbi上 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=tobacco 下载了普通烟草的genome的fasta文件和gff注释文件，把gff转为gtf后，提取剪接位点位置信息和外显子位置信息，之后用如下命令： hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File}...

问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

问题 tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

[Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Starting net.maizegenetics.analysis.filter.FilterTaxaBuilderPlugin: time: Feb 16, 2024 15:09:50 [Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin -  FilterTaxaBuilderPlugin Parameters filterName: Filter minNotMissing: 0.0 mi...

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

使用方法: $Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/deseq_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case ...

文章 简述一代、二代、三代测序技术在应用上的区别

...，让人类第一次能够直接探索生物体的本质差异，放到整个科学史上也是极其重要的事件！ 现如今，成本越来越低，测序已经走进了寻常生物实验室，成为了一种基础技术。但很多人还是分不清各种测序技术的区别和应用场景...

文章 make Cladogram with microbiomemarker

...R包用于绘制Cladogram，直接附上代码： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } ​ BiocManager::install("microbiomeMarker") ​ library(microbiomeMarker) library(ggplot2) ​ #方便起见，直接使用该包自带的数据，构建...

文章 SCI文章投稿各阶段的电子邮件模板合集

...见回答，切忌一定不能有遗漏 针对不同的问题有下列几个礼貌术语可适当用用： We are very sorry for our negligence of ……... We are very sorry for our incorrect writing ……... It is really true as Reviewer suggested that…… We have made correction according...

问题 win10专业版是已激活的正版（见图1）却没有hyper-v选项（见图2），使用代码（见如下文本）进行重新安装也显示找不到文件（见图3）

pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*Hyper-V*.mum >hyper-v.txtfor /f %%i in ('findstr /i . hyper-v.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del hyper-v.txtDism /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Hyper-V-All /LimitAc...

文章 常见的OrgDB包，方便对应物种注释

列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 物种 OrgDB 按蚊（Anopheles） org.Ag.eg.db 拟南芥（Arabidopsis） org.At.tair.db 牛（Brovine) org.Bt.eg.db 蠕虫（Worm） org.Ce.eg.db 犬（Canine） or...

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...需要去GO下载GO的obo文件,这里我使用go-basic.obo然后我写了个脚本可以把obo文件解析为如下格式： http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo GO DESC CLASS GO:0000001 mitochondrion inheritance biological_process GO:0000007 low-affinity zinc ion transm...

文章 单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

...A1" ,"CD8A", "FCGR3A", "MS4A7" ,    "GNLY", "NKG7", "FCER1A" ,"CST3" ,"PPBP" )#设置自己喜欢的细胞排布顺序celltype_order<-c("CD14+ Mono", "FCGR3A+ Mono",     "CD4+ Naive T", "CD4+ Memory T" ,"CD8+ T" ,     "B", "NK", "T activated", "Platelet", "pDC", "mDC")#设置需要显...

文章 欢迎加入组学大讲堂问答社区

...今后还会不断的更新新的课程，可查看所有相关课程，为更好的服务购买课程的学员，使学员的问题能够及时有效得到老师专业细致的回答，VIP学员可把问题详细信息更新到问答社区，然后通过VIP QQ群将链接发给相应讲课老师邀...