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文章 组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

...命性的全新扩增子微生物组分析流程。QIIME2不是QIIME1的一个简单升级，它是一次采用python3完全的重写，不仅支持聚类方法生成OTUtable，还支持最新的降噪方法生成feature table。QIIME2是一个综合的分析工具，它将是未来扩增子分析...

问题 用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/jcommon-1.0.23.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/phg.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/commons-math3-3.4.1.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/biojava-alignment...

文章 linux命令之mv

...件进行复制，文件个数增加了。语法mv(选项)(参数)选项--backup=<备份模式&gt;：若需覆盖文件，则覆盖前先行备份； -b：当文件存在时，覆盖前，为其创建一个备份； -f：若目标文件或目录与现有的文件或目录重复，则直接覆盖...

问题 老师，做all_sample_qc时候python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

[root@73d64505fa22  22:26:35 /work/my_rnaseq/2.data_qc]# python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

文章 转录组扫盲篇

...应该学着从整体上对转录组研究思路加以认识，这样才能更好的进行实验设计以及样品准备。 拿到转录组数据，你还是只关注差异表达基因码？你可知可变剪接、转录组因子才是待挖掘的“黑产”！ 今天给大家分享一个福利-...

文章 外源插入位置查找好方法

...想的结果，在插入位点左右两侧找到junction reads cluster； B：由于外源插入导致插入位点大片段缺失，导致两侧junction reads cluster 距离较远； C：表示只找到单侧的junction reads cluster，可能是由于外源插入而导致染色体异位或者重...

文章 腾讯云服务器获取指南

...时部署应用程序。腾讯云 CVM 支持用户自定义一切资源：CPU、内存、硬盘、网络、安全等等，并可在访问量和负载等需求发生变化时轻松地调整它们。   如何获得腾讯云服务器 1.注册腾讯云账户 腾讯云网站：https://cloud.tencen...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

... return id_list def fetch_summary_batch(article_ids): """获取一个批次的摘要信息""" try: handle = Entrez.esummary(db="pubmed", id=",".join(article_ids), retmode="xml") summaries = Entrez.read(handle) time.sleep(0.5) # 控制请求频率 return ...

文章 Beta多样性分析

...PCoA在内的缺点，即线性模型。NMDS的模型是非线性的，能更好地反映生态学数据的非线性结构，有的研究认为NMDS的效果优于PCA/PCoA。检验NMDS结果的优劣用胁迫系数（stress）来衡量，此值越小越好，当小于0.2是可以用NMDS的二维点...

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt ${lib}  echo -...

文章 转录组扫盲系列--转录组如何建库？

...常有人问我建库是先反转录还是先打断，今天就给大家一个明确的答案，真核转录组建库是先打断，然后再反转录，建库流程如下： 1. mRNA富集：RNA检测合格后，首先用带有Oligo（dT）的磁珠，通过A-T互补配对与mRNA的ployA尾结合...

文章 经验总结：毕业论文怎么修改？怎么降低查重率？

...反复多次的修改之后” “相信我，我是搞生物的” 这个biologist，真是看得学霸姐姐差点流下了心酸的眼泪....... 毕竟，写论文只是毕业流程的第一步，改论文才是重头戏！ 今年不管是本科毕业生，还是研究生毕业，论文审核...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

...lib/ahocorasick-0.2.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-alignment-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-core-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-genome-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-phylo-4.2.12.jar:/share/work/biosoft/t...

文章 linux中 利用rename 批量重命名文件 批量文件改名字

...tu(18),Mint(20)默认的是Perl版本$ rename --version/usr/bin/rename using File::Rename version 1.10# C语言版本 | Centos(7)默认的是C语言版本$ rename --versionrename，来自 util-linux 2.23.2 C语言版本, 支持通配符 C语言版本, 支持通配符 [常用通配符说明] ? ...

文章 VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

...本的linux作为服务器的操作系统。 Ubuntu系统适合安装到个人电脑中。 下载地址：https://wiki.centos.org/Download 中国的镜像地址下载更多版本： Alibaba Cloud Computinghttp://mirrors.aliyun.com/centos/Beijing Institute of Technologyhttp://mirror.bit.edu.cn/c...